Su nombre Cartagena fue puesto por la especie de columnas de tierra que, además de dar la sensación de fortaleza, guarda una ligera semejanza con las murallas de Cartagena de Indias. En reconocimiento a la raza nativa se le agregó "del Chairá", que era el nombre del Cacique Huitoto que traduce cueva de tigres; nombre que se le asignó a la laguna que se encuentra cercana a la población

De acuerdo con la página oficial de la gobernación:

“Los habitantes de Cartagena del Chairá, son en su mayoría colonos procedentes de todos los rincones del País, atraídos por las expectativas comerciales de la región. Entre esas personalidades se destaca Don Isidro Pimentel, a quien se le atribuye la Fundación del Municipio en el año de 1963, y elevado a la categoría de Municipio el 12 de noviembre de 1985 por la Ordenanza Nº. 03/85.

El nombre del Municipio se le dio porque en su territorio se presentaban unos paisajes con la forma de columnas que asemejaban fortalezas como las construidas por los españoles en la Ciudad de Cartagena de Indias.”

Sus antiguos pobladores eran indígenas de la étnia Huitoto, quienes le llamaron “Chairá”, que quiere decir “cueva de tigres”.