Una vez vendida la propiedad a Manuel Alejandro Aguirre, pariente de Prilidiano, la casa sufrió algunas modificaciones, sobre todo entre 1911 y 1912, periodo en el cual la habitó el presidente de la Nación, Roque Sáenz Peña. Debido a las múltiples visitas que recibían el presidente y su esposa, se decidió empapelar las paredes de algunas habitaciones, a las cuales se les introdujo también cielorrasos de yeso.
En el momento en que la Municipalidad de San Isidro decidió adquirir la propiedad, la casa y sus alrededores habían comenzado a deteriorarse. Finalmente, una vez fundado el Museo Pueyrredón, el Director, presbítero Francisco Actis, dirigió los criterios de restauración de la casa.
La remodelación debía ajustarse a ciertas normas, las cuales establecían que “no era la arquitectura sino la historia la que decidiría en lo general y en lo particular; no lo artístico, sino lo veraz; no lo menos costoso, sino lo mas auténtico, no la imitación sino cuando y hasta donde fuera posible, la conservación, la reparación y, en último caso, la reconstrucción”.
Además de la construcción principal, el predio contaba con dos construcciones que aun existen: la casa de los chacareros y la caballeriza, los cuales representan un claro ejemplo de la arquitectura pre nacional. En la casa de los chacareros se encuentra emplazado un ingenioso horno de pan diseñado por Prilidiano Pueyrredón.
Los trabajos de restauración llevados a cabo desde el año 2007 y concluidos en abril de 2009 fueron realizados por la Dirección Nacional de Arquitectura (dependiente de la Secretaría de Obras Públicas de la Nación) por instrucción de la Comisión Nacional de Museos, Monumentos y Lugares Históricos. incluyeron: impermeabilización de las cubiertas, tratamiento contra humedad, reparaciones en revoques, carpintería, pintura e instalaciones eléctricas, respetando estructuras y diseños originales. Guillermo Villa fue el ingeniero responsable de los trabajos, supervisados por el arquitecto Marcel Marcev, de la Dirección Nacional de Arquitectura.