Su carrera como docente comenzó en la Universidad de Navarra donde desde febrero a septiembre de 1964 fue ayudante. Allí sería a continuación profesor adjunto, desde el curso 1964/65 hasta el 1968/69. Se convirtió en profesor agregado de aquella universidad el 1 de septiembre de 1969, lo será hasta el 30 de septiembre de 1972.
Obtuvo la plaza de catedrático de Derecho Canónico de la Universidad de Santiago en 1972. Se había constituido el tribunal que habría de adjudicar aquella plaza el 5 de mayo de aquel año. Estaba compuesto por Manuel de Jesús García Garrido, que lo presidía, Miguel Hernández Ascó, Pedro Lombardía, José Maldonado, que eran vocales, y, actuando como secretario, Xavier Hervada. La fecha de la votación y la propuesta de Souto como catedrático es el 29 de mayo de 1972. La orden de 7 de junio en la que se le nombraba catedrático se publicó en el BOE del día 21 de junio. En la Facultad de Derecho de la Universidad de Santiago será catedrático hasta el 30 de septiembre de 1982. Fue decano de aquella Facultad desde 1975 a 1979.
En octubre de 1982 se convirtió en catedrático de Derecho Canónico de la Universidad Española de Educación a Distancia (UNED), aunque estuvo excedente del 1 de junio de 1986 al 30 de septiembre de 1987 y desde el 21 de noviembre de 1989 hasta el 28 de enero de 1993, periodo en el que fue diputado en el Congreso. Precisamente el 29 de enero de 1993 pasaría a ser catedrático de Derecho Eclesiástico de Derecho Eclesiástico del Estado en la Universidad Complutense de Madrid (Segunda cátedra) aunque continuó en situación de excedencia hasta el 29 de junio de 1993 fecha en la que, al dejar de ser diputado, se reincorporó a las tareas docentes y académicas en aquella Universidad hasta su jubilación. Fue director del Departamento de Derecho Eclesiástico del Estado de la Universidad Complutense y durante algún tiempo desempeñó el cargo de vicedecano.