Durante los tres cursos académicos completos que van desde el año 1842 al 1845, con motivo de la postración por enfermedad de su titular, el profesor D. José de Mier, desempeñó la interinidad de la Cátedra de Práctica Forense (8º año de Jurisprudencia), por nombramiento del Claustro de profesores; haciéndolo - a decir por el Vicesecretario de la Universidad de aquél entonces, D. Pedro Martín Villa – “con suma inteligencia, calo, honradez y notable aprovechamiento de sus alumnos”, lo que le valió, además, un voto de gracias, acordado por el Claustro de Catedráticos, al haberla llevado a cabo sin retribución alguna. Ese hecho, le sirvió después para formular solicitud de opción al título de Regente (acogiéndose a la disposición 5ª, de la RO de 28 de septiembre de 1845).

Recibió el nombramiento de Regente agregado, en interinidad (segundo), a la Facultad de Jurisprudencia, el 25 de octubre de 1845; y más tarde, el de Regente agregado, en propiedad (primera clase) - por virtud del artículo 10, del RD de 30 de enero de 1846, en instancia documentaria de 25 de febrero, de ese mismo año - por RO de 8 de julio de 1847 (con sueldo de 6000 reales anuales).

Desempeñó temporalmente, por sustitución (designación en 16 de agosto de 1847) la Secretaría de la Facultad de Jurisprudencia, así como los grados académicos correspondientes, con motivo de hallarse enfermo el Dr. D. Manuel Amor Laraña.

Durante ese tiempo, y hasta que fuera nombrado Auxiliar para la Cátedra de Práctica Forense de la Universidad Literaria (Sevilla) - por RO de 18 de septiembre de 1850 (con sueldo anual de 5000 reales vellón), tomando posesión el 30 de septiembre -, se le encomendó el desempeño de las asignaturas del primer año de Jurisprudencia – en octubre de 1847 y enero de 1848 -, la de segundo año – en octubre de 1847 -, la clase de sexto año – en enero y noviembre de 1846 – y la de séptimo año – en febrero y mayo de 1848 -, todas ellas en sustitución por enfermedad del Catedrático titular. Además, se le asignó la Cátedra de repaso – en octubre de 1847 -, por ausencia de D. Máximo Fernández Reinoso, y la sustitución en la docencia y en actos académicos, del Catedrático D. José María Álava – en mayo de 1848 -. Todo ello, según consta certificado, en documento emitido en Sevilla, el 15 de mayo de 1851, por D. Antonio Martín Villa, Secretario general, por entonces, de la Universidad (de Sevilla).

Con los citados méritos, el 12 de julio de 1851 – tras haberse suprimido la categoría de Agregado, en agosto del ‘50 -, se le declara comprendido en el art. 134 del Plan de Estudios Vigente, habiendo mostrado su disconformidad al respecto, al entender que no se le habían computado todos los años realmente prestados al servicio de la academia –no sólo desde su inicial nombramiento interino, en 1845, sino incluso los tres años anteriores, desde 1842 -, por lo que entendía que debía estar comprendido en el art. 135 (“Catedrático sin oposición”) – reclamación que llevó a cabo inicialmente en 6 de agosto de 1851, pero que repitió con posterioridad cada vez que necesitó argumentar su categoría académica (enero y julio del ‘52, marzo del ‘53, abril del ‘56 y octubre del ‘57) -, sin que nunca consiguiera su reconocimiento.

En enero de 1852, y luego en marzo de 1853, solicitó, con los méritos que alegaba, la propiedad de la cátedra de 5º año de Jurisprudencia - cuyo destino se encontraba vacante por salida a otro, de Don Carlos Ramón Fort -; y así, se le nombra Catedrático de Historia y Disciplina general de la Iglesia y de la particular de España, de la Universidad de Sevilla, por RO de 10 de abril de 1853, tomando posesión el 20 de abril (con sueldo reconocido del equivalente a 3500 pts.).

No obstante, a pesar de su nombramiento, en 1854 surge un conflicto con relación a su cátedra, pues habiéndolo sido con posterioridad al 28 de agosto de 1850, se resolvió por RO de 28 de octubre de 1854, la suspensión de la misma, hasta tanto se pronunciase el Consejo de Instrucción Pública sobre su expediente personal, cosa que no sucedió hasta mucho después.

Entre tanto, en base a un RD ya promulgado, el día 9 de septiembre de ese mismo año de 1854 - que permitía la interinidad de algunos nombramientos de cátedras que habían quedado anulados, aunque por motivos diferentes – se solicita que se resuelva la duda de si puede continuar o no en el cargo de catedrático, aun cuando lo sea a título de interino. Así, desde la Universidad de Sevilla, D. A. Martín Villa, eleva escritos al Ministro de Gracia y Justicia para que resuelva, con urgencia, el asunto – primero el 18 de noviembre, y luego el 15 de enero, del año siguiente –, dado que por ahora – argumenta - no parece correcto encargarle al Sr. Arboleya la dirección de la clase, y teniendo en cuenta que sólo se dispone de un profesor sustituto para los dos cursos que abraza las enseñanzas de cánones, al estar enfermo el otro titular. La contestación se recibe por RO de 3 de marzo de 1855, disponiendo que el interesado continúe en la cátedra con el carácter de interino, sin que esta declaración le sirva para “alegar derechos a la propiedad” de la misma.

En 1857 se promulga la Ley de Instrucción Pública, cuya disposición transitoria 3ª rezaba que “serán declarados numerarios todos aquellos á quienes con anterioridad a esta lei les estuviese declarado derecho á la propiedad de las Cátedras que sirven”. En base a ello, se tramitó solicitud – 6 de octubre - en la que se pedía el nombramiento como Catedrático numerario, confirmándose el que se hiciera con fecha 10 de abril de 1853. Sin embargo, aun cuando la RO de 30 de abril de 1858 le confirma en el nombramiento de Catedrático numerario en la asignatura de Disciplina general de la Iglesia y particular de España, se hace en conformidad con el dictamen emitido días antes por el Real Consejo de Instrucción pública – de 12 de abril (cuyo expediente completo instruido consta en los archivos) -, en el que se dice que el afectado no se encuentra incluido en el primer supuesto que contempla la DT 3ª, pues no lleva siete años de Catedrático – ni interino, ni titular -; pero podría entenderse incluido en el segundo supuesto de la citada norma, no tanto en cuanto que fuera nombrado propietario en su día – pues tal nombramiento quedó sin efecto por RO posterior -, sino en cuanto que de una “significación rigurosa de la ley, se descubre en su espíritu la intención de echar un velo sobre ilegalidades pasadas; por esto la Sección propone que se acceda a lo que solicita el Doctor Arboleya, deseando que en la era que tiene por punto de partida la nueva ley de instrucción pública el nombramiento de catedráticos se arregle á sus prescripciones, sin lo cual se retardará desgraciadamente el día en que el Profesorado español llegue á la altura que al decoro de la nación conviene, y corresponda á la ventaja que en los últimos años ha obtenido.”

El 10 de junio de 1861, presenta instancia documentada solicitando acceder por méritos a alguna de las categorías de ascenso que se encontraban vacantes en su Facultad de Sevilla; solicitud que se repite cada vez que se promueve un concurso en tal sentido – así, el 8 de febrero y el 24 de diciembre de 1862, el 15 de marzo de 1866 y el 6 de mayo de 1867 -. En esta última fecha, a propuesta del Decano, se le da el encargo de asumir también las enseñanzas de la Cátedra de Práctica Forense, que estaba vacante (con gratificación anual de trescientos escudos) – título de 21 de octubre de 1867 -; del cual, sin embargo, quedó relevado días más tarde – el 16 de diciembre – por venir a ocuparlas, en comisión desde Santiago, el catedrático de Derecho canónico D. José López Romero.