El 14 de noviembre de 1837 se recibió de abogado en la Audiencia Territorial de Cataluña y el 21 de enero de 1839 se incorporó en el Colegio de abogados de Barcelona.

Por el claustro de la Universidad de Cervera fue nombrado el 31 de diciembre de 1833 ayudante de secretario, que sirvió gratuitamente hasta la traslación de la misma a la ciudad de Barcelona. A este respecto conviene destacar que el padre del interesado –el ya recordado D. Francisco Bagils y Morlius– después de haber sido secretario interino de la Universidad de Cervera (por nombramiento del 21 de febrero de 1816), fue secretario en propiedad de la misma (por real Cédula de 22 de enero de 1820); y que mantendría luego el cargo en la Universidad de Barcelona, hasta el día de su fallecimiento

Entre los distintos cargos administrativos desempeñados interesa destacar que, por nombramiento del 28 de diciembre de 1838 fue secretario de la Junta de Plantificación y Gobierno de la Biblioteca pública provincial mientras ésta estuvo a cargo de la Universidad de Barcelona y uno de los encargados del arreglo y clasificación de libros. En 10 de marzo de 1843 fue comisionado por el claustro de profesores para el arreglo del archivo de la Universidad.

Por orden del Rector de 20 de enero de 1849, desempeñó gratuitamente la secretaría general de la Universidad durante el curso de 1848 a 1849 por enfermedad de su titular (que, como sabemos, era su padre).

Comisionado por el Rector para asistir a los ejercicios para la recepción de los grados de bachiller en Filosofía a fin de los cursos 1849-1850 y 1850-1851, respectivamente, en el Instituto provincial de Tarragona y balear.

Socio de la Económica barcelonesa de amigos del País (desde el 26 de enero de 1852) y socio corresponsal de la Económica de amigos del País de Cervera.

Socio primitivo de la Academia de Jurisprudencia y Legislación de Barcelona. Se lee en el Acta referida a la sesión del día 2 de diciembre de 1857 –en que esta Academia (bajo la presidencia de D. Ramón Roig y Rey) reanudaba sus sesiones suspendidas desde el año 1842– que los Señores D. Francisco Permanyer, D. Francisco Javier Bagils y D. Pedro Dalmases presentaron una proposición “a fin de que la Academia pueda formar oportunamente […] opinión propia” sobre las cuestiones “que deben resolverse en el nuevo código civil que está en proyecto y el altísimo interés que tiene el Principado de Cataluña en la acertada solución”. Puesta a votación la referida proposición fue aprobada por unanimidad. Cabe al respecto señalar que la Academia barcelonesa de Jurisprudencia y Legislación había ya intervenido sobre tales cuestiones en la primera etapa de su existencia (1840-1842), en la sesión de 2 de diciembre de 1841.

Por nombramiento del Rector de 2 de enero de 1865 fue uno de los dos individuos del claustro para formar parte de la comisión interina que se ocupaba de “las manifestaciones de aprecio que se quiere tributar a la memoria del ilustre patricio el Excmo. Sr. D. Francisco Permanyer y Tuyet”.

Unos pocos días antes de fallecer, formaba parte, gratuitamente, del Tribunal de oposiciones a las Notarías (el 9 de febrero de 1877).