Le iniciaron expediente de depuración el 20 de enero de 1937 en Zaragoza. En dicho expediente se encuentra un informe del Gobierno Civil de Granada, en el que se dice que Bonilla Marín es “marxista de acción y revolucionario cabecilla”; el Rectorado de Granada lo acusó de realizar actividades políticas contrarias al Movimiento Nacional y de ser director de Izquierda Republicana en su sector más extremista, además de dirigente de actividades revolucionarias y masón. El 7 de mayo de 1937 la Junta Técnica del Estado acordó imponerle las sanciones de separación definitiva del servicio, baja en el escalafón e inhabilitación para ejercer cargos públicos.

El 23 de mayo de 1942 se le formó proceso ante el Tribunal Especial para la Represión de la Masonería y el Comunismo (TERMC), instruyendo el sumario el Juez especial nº 2, bajo el número 702/1942. Según la documentación resguardada en el Centro Documental de la Memoria Histórica, perteneció a la masonería, con el nombre simbólico de “Iliberi”. En cuanto a su trayectoria en esta sociedad, se menciona que fue “iniciado” en noviembre de 1924 en la Logia Trabajo número 12 de Sevilla, la que le expidió el certificado de Aprendiz el 9 de diciembre del mismo año; el 8 de junio de 1925 le fue otorgado el certificado de Compañero por la misma logia; el 13 de junio de 1925 la Logia Alhambra de Granada lo nombró Maestro, en esta misma Logia, en 1927, fue Venerable Maestro. En 1927 recibió una carta de Diego Martínez Barrio, en papel membretado de la Gran Logia Regional del Mediodía de España, en la que se refiere a Bonilla como “querido amigo y h[ermano]” y le informaba de un viaje que haría Martínez Barrios a Granada, además de transmitirle “los recuerdos mas expresivos para V. de parte de Demófilo [de Buen], queda suyo afmo. Buen amigo y h[ermano]”. En la documentación consta un certificado a nombre de Gabriel Bonilla Marín en la que se expresa que en 1924 era masón regular y está firmada por el Gran Maestre, Diego Martínez Barrios.

El 17 de junio de 1942, el juez instructor del TERMC solicitó al Director General de Seguridad que se procediera a la busca y captura de Bonilla Marín. Posteriormente, el 16 de septiembre de 1942, se fechó el auto de procesamiento, en rebeldía del inculpado. El 17 de septiembre de 1942 el juez instructor declaró terminado el sumario y propuso imponer como pena la “reclusión mayor con sus accesorias correspondientes”. El TERMC lo sentenció, el 30 de octubre de 1942, “como autor de un delito consumado de Masonería sin la concurrencia de circunstancias modificativas de la responsabilidad criminal a la pena de DOCE AÑOS Y UN DIA DE RECLUSION MENOR y accesorios legales de inhabilitación absoluta perpetua para el ejercicio de cualquier cargo del Estado, Corporaciones Públicas u Oficiales, Entidades Subvencionadas, Empresas Concesionarias, Gerencias y Consejos de Administración de Empresas Privadas, así como cargos de confianza, mando y dirección en las mismas, separándolo definitivamente de los aludidos cargos”. Para la fijación de responsabilidades civiles se remitió testimonio de la sentencia al presidente del Tribunal Nacional de Responsabilidades Políticas; además, se envió testimonio al Ministro de la Gobernación a efectos de su publicación el B.O.E., en el que apareció el 13 de enero de 1943; también se ofició la sentencia al Director General de Seguridad para que procediera a la busca, captura y prisión de Bonilla Marín.

En 1959 María Eugenia Cañadas Bueno, apoderada y hermana política de Bonilla Marín, solicitó a la Comisión de Rehabilitación y Penas Accesorias, del Ministerio de Justicia, la cancelación de los antecedentes penales de Bonilla Marín. El TERMC acordó negar la petición “por no haberse presentado a legalizar su situación en la causa que se le ha seguido”. La resolución fue firmada en Madrid el 16 de diciembre de 1959.

Gabriel Bonilla Marín regresó a España el 16 de julio de 1962, debidamente autorizado por la Comisión Interministerial de Repatriaciones, y fijó su residencia en Madrid, calle Álvarez Quinteros número 2, 1º derecha. El 21 de julio del año citado, compareció por medio de escrito de su puño y letra ante el presidente del TERMC para solicitar personalmente, como le había sido indicado, la certificación negativa de antecedentes penales, documento que le solicitaron en el expediente de jubilación instruido por el Ministerio de Hacienda.

El TERMC le concedió audiencia contra la resolución de 30 de octubre de 1942, para que manifestara lo oportuno. El 24 de septiembre de 1962 compareció Bonilla Marín ante el Tribunal y declaró pertenecer a la masonería desde 1924, a la que ingresó en Sevilla, en la Logia Trabajo, en la que estuvo poco tiempo por no vivir en esa población y que posteriormente, cuando se organizó en Granada la Logia Alhambra, se dio de alta en la misma con el nombre simbólico de “Iliberi”, llegando a obtener el grado tercero de Maestro masón y desempeñando el cargo de Venerable Maestro. También declaró que en la Logia de Granada estuvo unos meses y se separó de la misma en la época de la Monarquía, hacía el año 1929 o 1930, no habiendo tenido desde entonces ningún otro contacto con la masonería en España ni en México. Asimismo, expresó que no presentó la retractación por ignorar la existencia de la Ley que así lo establecía por encontrarse fuera de España.

El 25 de septiembre de 1962, en su escrito de defensa manifestó que formó parte de la masonería por poco tiempo; que su participación en la masonería fue anterior a la promulgación de la Ley de primero de marzo de 1940; que en ninguna de las pocas reuniones a las que asistió se trataron asuntos de carácter político o religioso; que profesaba la religión católica; que “el principal motivo de mi separación de la masonería se debe al haber observado que algunos de los miembros de la Logia Alhambra habían ingresado en ella por su creencia y deseo de conseguir beneficios, sin tener escrúpulo en lo que respecta a los procedimientos para obtenerlos” y que por haber sido pasante de Melquiades Álvarez se inició en la política e ingresó al partido Reformador y después formó parte del partido Izquierda Republicana.

El 8 de octubre de 1962 se reunió el Tribunal en sesión secreta y acordaron, de forma unánime, confirmar la sentencia de 30 de octubre de 1942. Asimismo, acordó dirigirse al Gobierno sugiriendo la conveniencia de conmutar la pena impuesta por la de seis años y un día de prisión mayor. Lo anterior al considerar el Tribunal dos circunstancias favorables al procesado: su pronto apartamiento de la vida activa masónica y su falta de peligrosidad, dada su avanzada edad (tenía 73 años).

El 13 de octubre de 1962 se decretó la prisión atenuada de Bonilla Marín en su domicilio, ubicado en Madrid, Hotel Bristol, Avenida de José Antonio; con la obligación de presentarse al Tribunal los días y horas que le fueran señalados. Se menciona en el expediente que este mismo día se le autorizó para volver a México, lugar de su residencia habitual.

El 27 de junio de 1963 se le conmutó la pena por la de 6 años y un día de reclusión mayor e inhabilitación, pena que debía cumplir en libertad vigilada, hasta el 9 de octubre de 1968.

El 7 de agosto de 1963 la Jefatura Superior de Policía de Granada comunicó que Bonilla Marín vivía en México “y según los informes obtenidos, no tiene intenciones de hacer de nuevo este año el viaje a España”. Ante los anteriores informes se decidió proceder al archivo de las actuaciones sin más diligencias.

En febrero de 1964, ante la petición de Bonilla Marín, le concedieron la certificación negativa de antecedentes penales únicamente para los efectos de la jubilación.

Por otra parte, la Audiencia de Granada, en funciones de Tribunal de Responsabilidades Políticas, lo procesó y el 7 de marzo de 1945 lo condenó a la sanción de 15 años de confinamiento en las Islas Baleares y pago al Estado de 200 000 pesetas. En 1948, por medio de un abogado representante, Bonilla Marín interpuso recurso de Alzada contra esta sentencia, ante la Comisión Liquidadora de Responsabilidades Políticas. El 7 de octubre de 1948 se dictó sentencia en el recurso antes dicho, por la cual se revocó parcialmente la sentencia recurrida y se condenó a Bonilla Marín a la sanción económica de 20 000 pesetas.