1897, 5 de noviembre. Firma la cátedra de Derecho Natural, Universidad de Valladolid. Obtiene en la votación final (abril, 1900) dos votos y es declarado por unanimidad primero en la lista de mérito relativo.

1899, 30 de octubre. Firma las oposiciones a la cátedra de Economía Política y Estadística y Hacienda Pública General y Española de la Universidad de Valladolid.

1900, de 17 de noviembre. Firma la oposición para la cátedra de Derecho Mercantil de España y de las principales naciones de Europa y América, Universidad de Valencia.

1901, 14 de enero. Firma las cátedras de “Teoría de la literatura y de las artes” vacantes en las Universidades de Madrid, Barcelona, Granada y Salamanca. Con ese fin elabora un “trabajo de firma” y un cuidado programa de la asignatura, que ve la luz bajo el título de Arte simbólico. Estudio de una teoría de las formas artística, Madrid, Vda. de Tello, 1902, 54 pp. Un “Apéndice II” advierte al lector que “la narración de lo ocurrido en estas memorables oposiciones podría formar un sabroso é instructivo capítulo de la Historia de las ideas regeneradoras en España” y recuerda “cierta protesta unida á las actas del Tribunal y firmada por el más ilustre de sus individuos”, esto es, Leopoldo de Eguilaz. Se transcribe finalmente una carta de varias personalidades (Madrid, 17 de mayo, 1902) que asistieron a la votación, donde se denuncia “la candidatura cerrada” que sostuvo una mayoría de jueces y se consuela a Bonilla, que obtuvo algunos votos (del recordado Eguilaz, pero también de Hermenegildo de los Ríos y de Manuel Arroyo) como el mejor opositor (“ha logrado V. el lugar más airoso en esa lucha”).

1902, 24 de octubre. Firma las cátedras de Derecho Natural, Universidad de Oviedo, y la de Historia de la Filosofía, Universidad Central.

1903, 6 de abril. Nombrado en virtud de oposición para la cátedra de Derecho Mercantil de la Universidad de Valencia. Toma posesión el 25.

1905, 28 de febrero. Cesa como catedrático de Derecho Mercantil de la Universidad de Valencia.

1905, 1 de marzo. Nombramiento como catedrático de Historia de la Filosofía, facultad de Filosofía y Letras (sección de estudios filosóficos), Universidad Central, en virtud de oposición.

1909, 15 de julio. A propuesta de la facultad, se le autoriza la acumulación de la cátedra de Psicología superior, con una gratificación anual de mil pesetas.

1914–1915. Discurso inaugural del año académico en la Universidad Central, sobre La vida corporativa de los estudiantes españoles en sus relaciones con la vida de las Universidades.

1915, 25 de mayo. Se le autoriza a viajar a California los meses de junio a septiembre, tras haber sido invitado por la Universidad de California (Berkeley) para “dar un curso de verano y varias conferencias sobre temas referentes a España”.

1924, 21 de marzo. Autorizado para viajar de abril a octubre a Norteamérica, para dar cursos en las universidades de Illinois y California, con derecho a percibir sus haberes. Se hace cargo del decanato por antigüedad Eduardo Ibarra.

1924, 27 de octubre. Comunica su regreso de un viaje a América, encargándose nuevamente del decanato.

1925, 18 de junio. Comunica su regreso de La Habana, haciéndose cargo del decanato.