El 27 de enero de 1940 se publicó la resolución del Juzgado Instructor para la depuración del profesorado Universitario, rehabilitando al profesor José Valenzuela Soler en su cátedra de Derecho Administrativo de la Universidad de Valencia, sin imposición de sanción, por considerarlo “desafecto al gobierno rojo, perseguido, encarcelado y destituido de su cargo de catedrático y considerándole además persona afecta al Glorioso Movimiento Nacional”.

Su expediente no pasó a la Comisión Superior Dictaminadora. En el mismo se aporta una declaración jurada que comprende el interrogatorio fechado el 14 de abril de 1939, que establecía el decreto de 21 de enero de 1939. Según el mismo, se encontraba de vacaciones en Torrelodones (Madrid) el 18 de julio.

Presentó su adhesión al gobierno de la República al decano de la Universidad de Valencia, así como al Ministerio de Trabajo, ya que también era profesor de Elementos de Derecho Público en la Escuela Social de Valencia, dependiente de ese ministerio. Según su declaración, aquella adhesión fue meramente “formularia y correcta”. Fue declarado cesante por decreto de 19 de septiembre de 1936 junto a Mariano Pugdollers Oliver y Juan Contreras y López de Ayala. Sin embargo, cuando el gobierno de la República acordó la readmisión de los cesantes, José Valenzuela no solicitó dicha readmisión.

Intentó huir a través del cónsul de Haití, Manuel Raventós, afecto a la embajada de Cuba, pero no lo consiguió.

En su expediente de depuración presentó como testigos a Mariano Puigdollers y al marqués de Lozoya, Juan Contreras y López de Ayala. Para su acreditar su estancia en Madrid presentó como testigo a Ángel Pérez Jáuregui y a Pascual Cebollada. Con el primero actuó en el Socorro Blanco; el segundo “fue condenado a 30 años de prisión por los rojos”. Acusó “por referencias”, ya que había estado “alejado de Valencia” al Subsecretario de Instrucción Pública el catedrático Wenceslao Roces, por “su mal proceder y sectaria conducta”. En la declaración jurada señalaba al decano y al rector como “los más destacados izquierdistas”.

Presentaba también un avalista, Darío Boned Cubero, natural de Inogés (Zaragoza) y residente en Madrid, cesante en el ministerio de Agricultura (Pósitos) el 15 de septiembre de 1936 y detenido durante el mes de diciembre de 1936 en la checa de Marqués Riscal, 9. También a Pascual Cebollada García, natural de Ferreruela de Huerva (Teruel) y residente en Madrid, detenido por el SIM el 1 de abril de 138 y condenado a 30 de años de trabajo en un campo de concentración.

El 30 de mayo de 1939 el juez instructor de los Juzgados militares de Funcionarios dictaminaba no encontrar responsabilidad criminal contra José Valenzuela Soler.

Se presentó ante el Ministerio de Educación Nacional el 3 de abril de 1939, poniéndose a disposición del vice-rector de la Universidad de Madrid y del rector de la Universidad de Valencia.