1936, 18 de noviembre. El rector de Granada comunica a la Junta Técnica del Estado la incorporación de Corts Grau a su destino.

1937, 27 de septiembre. Según declaración jurada en el procedimiento de depuración por decreto de esa fecha fue declarado por la administración republicana disponible gubernativo como “desafecto al régimen”. Se le abonaron las dos terceras partes de sus haberes (de 8000 ptas.).

1939, 10 de abril. Pedro Laín Entralgo, jefe de ediciones del Servicio Nacional de Propaganda, certifica que Corts “es persona absolutamente afecta al Alzamiento, lo cual puede acreditarlo por la íntima amistad que le une a él desde hace 15 años”.

1939, 14 de abril. Declaración jurada, ante el Ministerio de Educación Nacional. Como “destacados izquierdistas” menciona Joaquín García Labella y Gabriel Bonilla, catedráticos de su facultad. García Labella había muerto en la represión franquista en Granada en agosto de 1936. García Bonilla, del que ya desde 1937 figuraba un informe del gobierno civil de Granada como "marxista de acción y cabecilla revolucionario", y que desde el 7 de mayo de 1937 se le impuso la sanción de la separación definitiva del servicio, baja en el escalafón e inhabilitación para ejercer cargos públicos, optó por el exilio y en 1939 se encontraba ya en México. José Corts Grau conocía ambas situaciones, por lo que su declaración, intencionadamente por su parte, resultó irrelevante. Véase la tesis doctoral: "La dimensión vital e intelectual de José Corts Grau". 

1939, 6 de mayo. En solicitud de reintegro provisional en su cátedra y en declaración jurada adjunta, de la misma fecha, dice haberse encontrado el 18 de julio en Valencia, huyendo luego a Fortaleny tras firmar unos papeles ante el rector de Valencia, permaneciendo allí escondido hasta que su quinta (1926) fue movilizada; sirvió en Baza como soldado en el ejército rojo; fue licenciado a petición propia en 14 de marzo del actual y permaneció en Valencia “hasta su liberación”. Estrechamente vigilado no pudo pasar a “la Gloriosa Zona Nacional”; en todo caso, “su ideario como Catedrático de Filosofía es y ha sido siempre francamente derechista y opuesto por tanto a todo lo que signifique marxismo”, presentándose el 30 de marzo en Valencia para acatar el Movimiento. Sin disponer de documentación, invoca el testimonio de Alfonso García Valdecasas, Mariano Puigdollers Oliver, marqués de Lozoya, Antonio de Luna y otros. Miembro de la Asociación Nacional de Propagandistas desde 1927, era secretario de la Junta Diocesana de Acción Católica de Granada al estallar la guerra; autor del manifiesto dirigido por la misma Junta a los católicos en vista de las elecciones de febrero, 1936.

1939, 6 de mayo. El rector de Granada eleva al ministerio instancia documentada en solicitud de reingreso y depuración, e informa que “es persona de gran prestigio y que en los Claustros, permaneció siempre apoyando a los elementos de derechas contra los marxistas, significándose por el carácter de su asignatura de Filosofía del derecho, como un elemento francamente derechista, y por ello, la Universidad se vería muy honrada con su reingreso”.

1939, 15 de mayo. Vuelve a su cátedra con carácter provisional hasta resolución del expediente de depuración.

1940, 18 de enero. Visto el expediente instruido, de conformidad con la propuesta del juez instructor (8 de enero) se reintegra a la función activa, sin sanción.