En julio del 36 Eugenio Cuello Calón, según su propia declaración jurada, se encontraba en Esles de Cayón (aldea perteneciente al término municipal de Santa María de Cayón, Partido de Villacarriedo, Provincia de Santander); residiendo allí durante trece meses hasta la llegada del Ejército Nacional en agosto de 1937. Hace su “presentación” el 29 de agosto en Santander, a los pocos días de su “liberación”, ante el Delegado de la Comisión de Cultura y Enseñanza. En septiembre, el Juzgado Militar acuerda el sobreseimiento del sumarísimo de D. Eugenio. Éste solicita entonces su adscripción a la Universidad de Salamanca, siendo aceptada en los primeros días del mes de octubre, por el Vicepresidente de la Comisión de Cultura en Burgos. Sin embargo, el Expediente completo de Depuración no se resolverá sino por O. de 17 de noviembre 1939 (B.O.E. nº 335, de 1 de diciembre 1939), con la CONFIRMACIÓN EN EL CARGO.

Los hechos, según consta en la documentación de su expediente personal en el Ministerio de Educación, parece que transcurrieron así:

El 25 de agosto de 1937, el Comandante Jefe del Batallón “B” Cazadores de Ceriñola nº 6, Columna Sagardia, tras la ocupación de la aldea de Esles por el Ejército Nacional, lugar donde Don Eugenio residía desde que se produjo el Alzamiento Nacional, lo designa Alcalde Provisional en virtud de los informes recibidos de los vecinos, dada la necesidad de nombrar una persona capacitada y de solvencia que se encargue de la Administración local. En esa misma fecha, y por el mismo Comandante, se autoriza al “Sr. D. Eugenio Cuello Calón para que se traslade a la plaza de Burgos, para que como funcionario público se presente a las Autoridades Españolas, ofreciendo sus servicios. Esle, 25 de agosto de 1937. Segundo Año Triunfal”.

Según parece se desarrolló por esas fechas un juicio que concluyó el 18 de septiembre de 1937, por el que el Juzgado Militar acuerda el “sobreseimiento del sumarísimo (cuyo original se dice contener "en la carpeta de provincia” [que no se ha podido localizar]) de Cuello Calón, Eugenio, Catedrático de la Universidad de Barcelona”.

El 30 de septiembre de 1937, D. Eugenio envía escrito al Presidente de la Comisión de Cultura y Enseñanza de la Junta Técnica del Estado, con el ruego de ser adscrito a la Universidad de Salamanca; adjuntando declaración jurada [que se transcribe literalmente a continuación]; declaración de la misma fecha, dado también en Burgos, donde a petición del interesado, se dice que Eugenio Cuello Calón goza de alto prestigio profesional y que honra a España en el extranjero, por lo que se tiene la convicción de que su colaboración es tan deseable como útil a las tareas de la España Nacional [con firma de trazos que parecen poner Reauif, pero que quizás sea de R. Calleja, que se cita en la pregunta 9 de su declaración]; y certificación de Miguel Artigas donde dice conocer a Eugenio Cuello Calón desde hace muchos años y que es persona de gran prestigio intelectual y moral, constándole que sus ideas, desde hace años, “ son del todo coincidentes con las doctrinas y tendencias del actual movimiento nacional a cuyo triunfo ha contribuido y ha de contribuir sin duda a su consolidación y al mayor esplendor de la cultura patria.”

Con fecha 5 de octubre de 1937 se expide por el Vicepresidente de la Comisión de Cultura en Burgos, documento en el que se notifica al Rector el acuerdo de adscripción al Centro (Universidad de Salamanca) de D. Eugenio Cuello Calón, para que aproveche y disponga de sus servicios académicos y ordene su inclusión en nómina como Catedrático Universitario a partir del 29 de agosto último, en que realizó su presentación ante el Delegado de esta Comisión. No obstante, el día 5 de febrero de 1938 consta una nueva solicitud, esta vez dirigida al Delegado de Educación en Barcelona, para que intermedie en su ingreso al Escalafón General de Catedráticos.

El 31 de mayo de 1939 consta en su expediente una declaración de D. Jesús Sánchez Durán, Decano accidental de la Facultad en Barcelona: “el citado Dr. ha cumplido puntual y diligentemente con los deberes inherentes a su cargo docente, y que en el aspecto político-social fue destacada su actuación frente al extinguido Patronato de esta Universidad y es conocidísima su significación acusadamente españolista”. El día 6 de junio de 1939 emite nueva declaración jurada, en Esles de Cayón, donde se repiten manifestaciones vertidas con anterioridad respecto al lugar donde se encontraba al iniciarse el alzamiento nacional del Ejército y a la imposibilidad de sumarse a él por las dificultades del terreno, con grave peligro para su mujer e hijo. Al ser preguntado (nº 21) por el idioma en que explicó sus clases, contesta que en castellano.

El 3 de julio de 1939, se eleva la propuesta del Juez Instructor, Francisco Gómez del Campillo: “…en vista de las diligencias practicadas en este expediente de las que resulta claramente demostrada la adhesión al Glorioso Movimiento Nacional prestada por el Dr. D. Eugenio Cuello y Calón… corroborada por su clara y patriótica actuación anterior al 18 de julio de 1936 que motivó su destitución por el Gobierno de la extinguida Generalidad de Cataluña en el mes de agosto de dicho año, y confirmada por nuestro Gobierno al nombrarle Vocal de la Comisión Codificadora, propone a V.E. la ADMISIÓN del mismo de acuerdo con lo preceptuado en el apartado A. del art. 5 de la mencionada Ley (de 10 de febrero de 1939)… Barcelona, tres de julio de mil novecientos treinta y nueve. Año de la Victoria. (firma y sello)”

Finalmente, el expediente se resuelve por O. 17 de noviembre 1939 (B.O.E. n.º 335, de 1 de diciembre de 1939), con la “CONFIRMACIÓN EN EL CARGO”.