El 22 de septiembre de 1881, fue nombrado auxiliar de la facultad de derecho de Barcelona por orden del rectorado.

Tras haber ganado la correspondiente oposición, y con arreglo a la propuesta unipersonal del tribunal de la misma, fue nombrado catedrático de disciplina general de la Iglesia y particular de la de España en la Universidad de Barcelona por real orden de 29 de abril de 1882. El 23 de mayo tomaba posesión de su plaza.

Siendo ministro del ramo Germán Gamazo, se aprobó el real decreto de 2 de septiembre de 1883 reformando la organización de los estudios en las facultades de derecho. En el nuevo plan, las materias canónicas quedaban reducidas a una sola asignatura de tercer año denominada «Elementos de Derecho eclesiástico general y particular de España». Como la reforma requería distribuir las nuevas materias entre el profesorado, el 12 de septiembre se aprobó una real orden que establecía el procedimiento a seguir para tal fin. En lo que afectaba al profesor Estanyol y Colom, la citada disposición indicaba, en su punto quinto, que «los actuales Catedráticos de Derecho canónico y Disciplina eclesiástica se pondrán de acuerdo para determinar la enseñanza de Elementos de Derecho eclesiástico general y particular de España. El que resultare excedente podrá elegir cualquiera de las nuevas cátedras creadas». A su vez, el punto décimo añadía que los rectores habrían de reunir a los claustros de las facultades de derecho para levantar acta «de los conciertos que para la distribución de asignaturas verifiquen entre sí los Profesores, conforme á las reglas que preceden».

En cumplimiento de dichas disposiciones, se celebró una sesión del claustro de la facultad de derecho de Barcelona en ese mismo mes de septiembre. De ella, y con el acuerdo del rector, salió la propuesta de conceder a Estanyol y Colom la cátedra de elementos de derecho eclesiástico general y particular de España, mientras que al otro profesor de materia canónica, Tomás de la Fuente y Pinillos, se le atribuía derecho internacional público y privado. No obstante el citado acuerdo, el ministerio nombró a De la Fuente como titular de la asignatura eclesiástica y a Estanyol para la materia internacional.

La decisión fue controvertida por disconformidad de Estanyol. El mismo 4 de octubre, el canonista catalán suplicaba al ministerio, por conducto del rector, que dejase «sin efecto el nombramiento hecho á favor del Doctor Don Tomás de la Fuente y Pinillos». El 3 de noviembre, la Dirección General de Instrucción Pública devolvía la instancia al rector para que informase de nuevo acerca de la distribución pertinente, dando previamente audiencia a De la Fuente.

En los descargos presentados por el citado profesor el 19 de noviembre se contestaba a dos puntos: el relativo a su nombramiento como titular de la cátedra canónica y otro referido a un presunto «convenio particular celebrado» por él con Estanyol. En lo que concierne al primer extremo, De la Fuente alegaba que si el «Excmo. Sr. Ministro de Fomento» había preferido desoír la propuesta del claustro dando preferencia al catedrático más antiguo, es decir, a él mismo, no podía «suponerse que procediera con arbitrariedad ni ligereza», contando seguramente para ello con «fundadas y poderosas razones que no esta[ban] á [su] alcance». «Pensar de otra manera –continuaba De la Fuente–, sobre ser injurioso á los Excmos. Sres. Ministros de Fomento, no conduciría más que á desprestigiar tan alta institucion, poniendo en tela de juicio sus actos». En cuanto al pacto cerrado con Estanyol, aunque no negaba su existencia, indicaba que, al momento en que le fue propuesto, lo desechó por «indecoroso á la dignidad del profesor y á la nobleza de la ciencia», y si al final terminó aceptándolo fue, siempre según su pliego de descargos, «con harta repugnancia y contra mi voluntad y deseos, por más que otra cosa aparezca en el escrito». Aunque, de todas formas, «un convenio de esta especie» no podía, a su juicio, «destruir un Real nombramiento», colocado «por encima de los convenios privados».

Pese al tenor de los descargos de De la Fuente, el rectorado continuaba apoyando a Estanyol. En este sentido, indicaba que el profesor que había resultado beneficiario del nombramiento ministerial ni había asistido a la junta de facultad «en que debía tratarse de la distribución de las nuevas asignaturas», ni había excusado «su falta de asistencia, como reglamentariamente debía», ni había manifestado que se reservara «el derecho de conformarse ó no con el acuerdo». Por otra parte, el rectorado pensaba que si De la Fuente afirmaba ahora que había sellado un convenio con Estanyol venciendo su «repugnancia», eso equivalía a «decir que no supo defender lo que el creía su derecho», o bien a sostener tácitamente que se había ejercido «presión sobre su ánimo por medios poco dignos», lo cual resultaba «por todo extremo ofensivo».

En definitiva, se censuraba tácitamente a De la Fuente el hecho de haber aceptado por omisión el acuerdo del claustro, al tiempo que trataba de negociar directamente con el ministro para ganarse el nombramiento. La única razón que en teoría hubiera podido asistirle era la de su mayor antigüedad, pero debía haberla alegado en su favor en la junta de facultad. De todos modos, la real orden del 12 de septiembre no establecía la preferencia por antigüedad. Y, además, Estanyol contaba con el importante mérito de haber ingresado en la cátedra que reclamaba por oposición directa, algo que no se daba en el caso de De la Fuente.

El 29 de enero de 1884, el recurso planteado por el rector para revocar el nombramiento ministerial era aceptado a trámite. El 6 de febrero se resolvía rectificando el sentido de la primera real orden. Eran así nombrados De la Fuente para la cátedra internacionalista y Estanyol para la canónica.

Estanyol tomó posesión de elementos de derecho eclesiástico general y particular de España de la Universidad de Barcelona el 18 de febrero. A inicios del curso siguiente, a causa de un cambio en la denominación de la asignatura, se le asignó la cátedra de instituciones de derecho canónico.

El 17 de julio de 1895 le era concedida la categoría de ascenso. Y el 27 de diciembre de 1908 obtenía la de término.