Con fecha de 12 de enero de 1942 se convocan oposiciones turno auxiliares para la provisión de las cátedras de Derecho civil de las Universidades de Granada y Santiago y la del mismo nombre turno libre de La Laguna. La orden de convocatoria fue publicada en el BOE del 21 de enero. Unas oposiciones que se regirán todavía con arreglo a lo ordenado por Decreto de 25 de junio de 1931. El nombramiento del Tribunal se efectuó por Orden de 4 de febrero de 1942, que sería publicada en el BOE del 15 del mismo mes y estuvo finalmente formado por Clemente de Diego, José Castán, José Viñas, Francisco Bonet y José Beltrán de Heredia que actuaría como secretario. Concurrían como opositores además de Amadeo de Fuenmayor, Espín Cánovas, Hernández Gil, Royo Martínez y Valiente Soriano. La oposición comenzó el 11 de diciembre de 1942. El 13 de enero de 1943 intervenía por primera vez Fuenmayor, y según consta lo hizo exponiendo con claridad los principios que fundamentan los trabajos que presenta: “La revocación de la propiedad”, “Derecho sucesorio del cónyuge putativo”, “Deuda alimenticia del donatario” y “Estirpe única y representación hereditaria”. Este ejercicio según el tribunal dio lugar a que el opositor mostrara una cultura jurídica estimable. No obstante uno de los candidatos Royo Martínez presentó objeciones y solicitó aclaraciones sobre alguna de las obras presentadas por Fuenmayor. Más tarde elegiría desarrollar la lección 171 de su programa, que tenía 183, era la dedicada a los “Pactos sucesorios”. Entre las lecciones que le corresponden por sorteo escoge “Las fuentes de las obligaciones”, era ya el 22 de febrero de 1943. El caso práctico lo realizó junto a los demás opositores el 15 de marzo de 1943. En el sexto ejercicio tuvo que referirse a “El Derecho de troncalidad en la legislación foral navarra” y a juicio del tribunal realizó un ejercicio “perfectamente construido se hace una interesante y documentada exposición del concepto, caracteres diferenciales, elementos y contenidos de la troncalidad en general y de la troncalidad navarra”. El 26 de marzo de 1943 de reúne el tribunal para deliberar y después para analizar los trabajos presentados por los opositores. En la primera votación de los miembros del Tribunal, el 30 de marzo, sólo Viña votó en primer lugar a Fuenmayor. Pero todos los demás que habían votado al candidato Hernández Gil como primero le votaron a él como segundo y de este modo se procedió al nombramiento como catedráticos de Antonio Hernández Gil, Amadeo de Fuenmayor y José Valiente Soriano, mediante Orden de 13 de abril de 1943, aparecida en el BOE del 29 de abril. Se les asignarían respectivamente las cátedras de Granada, Santiago y La Laguna. Fuenmayor se traslada entonces a Santiago donde además de la cátedra ejercerá como abogado en los Colegios de Santiago y la Coruña.

El Director General de enseñanza universitaria, el 15 de diciembre de 1947, le comunica al Rector de la Universidad de Santiago que Amadeo de Fuenmayor, catedrático de Derecho civil en Santiago solicitó la dispensa de la función docente durante el curso 1947/48 para realizar trabajos de investigación en el Instituto Nacional de Estudios jurídicos y que el Ministerio le había concedido esa gracia.

José Ibáñez Martín, entonces Ministro de Educación Nacional, le asciende siendo catedrático numerario de la Universidad de Santiago a la quinta categoría del escalafón con el sueldo anual de 18.000 ptas. Así lo firma el 8 de enero del 48, tomado posesión de este ascenso el 16 de febrero de 1948.

El 17 de octubre de 1948, el Director General de Enseñanza universitaria le comunica al Rector de Santiago que Fuenmayor había presentado una instancia solicitando la excedencia voluntaria y que se le concedió en virtud del art. 59 de la ley de 29 de julio de 1943, modificada por la de 17 de julio de 1948 por un periodo mínimo de un año y un máximo de 10. Casi un año después, el 14 de noviembre de 1949 sería ordenado sacerdote. En 1948 acabó pues su carrera académica en la Universidad pública española, pero tras un periodo en el que se dedicaría a labores sacerdotales y muy especialmente a las tareas de gobierno en el Opus Dei, volvería a impartir clases. Al iniciar el Curso 1965/66 se incorporó a la docencia activa en la Universidad de Navarra en la Facultad de Derecho Canónico, como Profesor de Derecho Eclesiástico del Estado, disciplina desconocida hasta entonces en los planes de estudio de las Universidades españolas. Al curso siguiente, 1967/68 se incorporó como Profesor Ordinario de Derecho Civil a la Facultad de Derecho de la misma Universidad. Fue además nombrado Decano de la Facultad de Derecho Canónico en 1968, en sustitución del que fuera primer Decano de la Facultad, el Prof. José Orlandis. Fuenmayor, permaneció como Decano de aquella Facultad hasta 1987. En el período, que se extiende entre 1967 y 1985, dirigió cerca de cincuenta tesis doctorales; la mayoría de ellas se refieren a materias de Derecho Eclesiástico, pero también dirigió algunas sobre Derecho Canónico, y, como Ordinario de Derecho Civil en la Facultad de Derecho, dirigió otras tesis sobre materias de Derecho civil.