1836: nombrado sustituto en claustro de catedráticos de la facultad de teología de la Universidad de Valladolid para explicar en casos de ausencia o enfermedad del catedrático propietario de instituciones teológicas Antonio María del Valle. Ocupa este puesto de sustituto personal por elección del claustro de forma ininterrumpida hasta su nombramiento como agregado en 1848. En este periodo, sustituyendo por ausencias y enfermedades, se encarga de la docencia de varias asignaturas como teología moral, elocuencia sagrada, teología dogmática y, en la facultad de filosofía y letras, rudimentos de la gramática castellana y latina, o filosofía de primer año.

Además de a la enseñanza pública, se dedica a la enseñanza privada de los estudiantes.

Octubre de 1847: comienza a desempeñar a título de propietario la asignatura de moral y religión impartida en el seminario conciliar de Valladolid incorporado a la propia universidad. Se encarga de la misma todos los cursos hasta 1852, además de las asignaturas de historia general y filosofía moral.

31 de marzo de 1848: en acta de tal fecha se da testimonio de haber participado y aprobado los exámenes para obtener el título de regente de segunda clase con destino a la asignatura de literatura española de la facultad de filosofía y letras de la Universidad de Valladolid.

9 de mayo de 1848: se le nombra, por real orden de la fecha, tercer agregado sin sueldo de la facultad de teología de la Universidad de Valladolid.

2 de junio de 1849: en acta de tal fecha se da testimonio de haberse presentado y de haber aprobado los exámenes necesarios para obtener el título de regente de primera clase de la facultad de teología de Valladolid.

18 de julio de 1849: se le expide título de regente de primera clase de dicha facultad.

28 de agosto de 1850: cesa como agregado por haber sido suprimidas estas plazas por el plan de estudio que entró en vigor.

18 de septiembre de 1850: solicita se le nombre como catedrático de literatura española en la Escuela Normal de Filosofía que se iba a establecer en Madrid para la formación de profesores.

11 de diciembre de 1850: nombrado sustituto de la propia facultad vallisoletana de teología, en cuya virtud desempeñó en ese curso y el siguiente la cátedra de teología moral por enfermedad del propietario.

26 de marzo de 1851: solicita que se clasifiquen sus servicios en la enseñanza de acuerdo con el nuevo plan de estudios, art. 135, que permitía declarar al profesor agregado con opción a cátedra en caso de que se diesen ciertos requisitos de antigüedad (cinco años) o de méritos (haber opositado, siendo propuesto en terna). El Consejo de Instrucción Pública, en su dictamen preceptivo, considera que no está comprendido en el supuesto al haber desempeñado el puesto de agregado solo dos años y tres meses. Por resolución del 30 de mayo, y visto el dictamen del consejo, se le declara comprendido en el art. 134, que rezaba así: «Queda suprimida la clase de agregados creada por los últimos planes de estudio. El Gobierno tendrá presentes á estos profesores para colocarlos en las ayudantías, bibliotecas, secretarías y otros destinos que tengan analogía con los conocimientos y aptitud de que hubieren dado respectivamente pruebas en el desempeño de sus cargos».

En 1853 le afecta la supresión de las facultades de teología en todo el reino.

31 de octubre de 1854: nombrado sustituto de primer año de la facultad de teología de la Universidad Central a propuesta del rector. Toma posesión el 3 de noviembre.

7 de noviembre de 1855: solicita ser admitido a los ejercicios de oposición a las cátedras vacantes de la facultad de teología de la Universidad Central.

4 de enero de 1856: solicita ser clasificado con arreglo al art. 135 del vigente plan de estudios (el de 1850) a fin de poder contar con opción a cátedra.

Abril de 1856: aprueba los ejercicios de las oposiciones a las cátedras de fundamentos de religión, lugares teológicos y teología dogmática de diversas universidades celebradas en abril de 1856. Propuesto en tres ternas.

4 de diciembre de 1856: nombrado catedrático de teología dogmática de la Universidad de Sevilla, cargo que desempeñará hasta la supresión de la facultad.

9 de diciembre de 1856: solicita tomar parte en las oposiciones a la cátedra de teología dogmática vacante en la Universidad Central, y para tal fin solicita a su vez autorización para desplazarse y residir en Madrid durante la celebración de las oposiciones, licencia que le resulta concedida, por mes y medio, el 13 de enero de 1857. El 24 de febrero solicita una prórroga de la licencia visto que los ejercicios ni siquiera habían comenzado aún, pidiendo, ya en marzo, que la ausencia no fuese en perjuicio de la percepción íntegra de su retribución. El 12 de marzo se le concede la prórroga por el tiempo que durasen las oposiciones sin merma de su sueldo. El 14 de mayo, supongo que con las oposiciones concluidas (el día 8, por informaciones aparecidas en la prensa, se estaba realizando el último de los ejercicios, aunque fue el día 22 el que se votó la terna, quedando en primer lugar Francisco Mateos Gago, y Tomás de la Fuente en tercero), vuelve a solicitar licencia para continuar residiendo en Madrid, alegando en este caso problemas de salud. El 9 de junio siguiente le conceden dos meses de licencia. Se incorpora, por tanto, a su puesto en Sevilla a comienzos del curso 1857/58.

1858-1860: aparte de la que es titular, desempeña por encargo de las autoridades académicas, a propuesta del rectorado de la Universidad de Sevilla, la cátedra de oratoria sagrada.

6 de octubre de 1865: el rectorado informa a la Dirección General de Instrucción Pública que De la Fuente ha comunicado desde Madrid que no se podrá presentar a primeros de curso por padecer enfermedad que se lo imposibilita, acompañando certificado médico. El 12 de octubre se ordena por error al rectorado de Valladolid que se compruebe la veracidad de sus alegaciones, respondiendo dicho rectorado que ha sido imposible su localización. El 13 de noviembre, habiéndose presentado ya a servir su cátedra, se ordena que se considere el periodo que ha estado ausente como de licencia para el restablecimiento de su salud.

10 de diciembre de 1868: se le declara excedente con dos tercios del sueldo por supresión de su asignatura.

6 de agosto de 1871: solicita ser nombrado catedrático de derecho canónico de la Universidad de Valencia.

26 de octubre de 1871: nombrado catedrático de procedimientos judiciales y práctica forense de la Universidad de Oviedo conforme a lo previsto en el decreto de 11 de julio del mismo año, que trataba de combatir la gran cantidad de catedráticos de teología excedentes, disponiendo la posibilidad de su ingreso a cátedras de derecho canónico o disciplina eclesiástica, o, en caso de que tuviesen el grado de doctor en derecho, como era el de Tomás de la Fuente, en cualquier otra cátedra jurídica «análoga». Hasta donde alcanzo a saber, no llegó a tomar posesión de la citada cátedra.

19 de diciembre de 1871: solicita la cátedra de disciplina general de la Iglesia vacante en la Universidad de Sevilla.

27 de febrero de 1877: apoyándose en el decreto de 21 de julio de 1876, que volvía a permitir a los catedráticos de teología en situación de excedencia forzosa solicitar cátedras de derecho canónico o disciplina eclesiástica, solicitó la de derecho canónico de la Universidad de Barcelona, vacante por fallecimiento de su titular.

8 de marzo de 1877: nombrado catedrático de derecho canónico de la Universidad de Barcelona, tomando posesión el 19 de abril.

25 de septiembre de 1884: debido a la reorganización de los estudios de las facultades de derecho, se le encomienda la cátedra de derecho internacional público y privado de la Universidad de Barcelona. Tras este cambio de asignatura, a principios de curso, solicita licencia para el restablecimiento de su salud, y días después de serle concedida, el 24 de noviembre pedirá que se le conceda la jubilación por no serle posible continuar en la enseñanza debido al mal estado de su salud.

27 de febrero de 1885: se le declara jubilado a su instancia, cesando el 10 de marzo posterior.