El 18 de octubre de 1827 fue nombrado sustituto del octavo año de Leyes con un sueldo de 3000 pesetas anuales. Más tarde, el 12 de diciembre de 1828 fue designado sustituto del quinto año de Cánones con idéntica remuneración.

Una real cédula de 13 mayo de 1829 declaró su nombramiento para la cátedra de ascenso de Práctica forense de la Universidad de Granada, obtenida por oposición. Tomó posesión de la plaza el 1 de junio de 1829.

Mediante otra real cédula, de 14 de septiembre de 1833, se le nombró para la cátedra de término de Leyes, de Novísima Recopilación en la Universidad de Granada, previa superación de la correspondiente oposición.

El 13 enero de 1835 solicitó al Ministerio del Interior cuatro meses de licencia para pasar un tiempo en algún pueblo de clima templado con objeto de restablecer su salud, que afirmaba quebrantada por su esmero en la enseñanza y agravada con los trabajos que había dedicado al arreglo de la biblioteca, en la Junta de Hacienda, en informes pedidos por el Gobierno y en los oficios de la Judicatura Fiscal. Apoyaba su petición con sendos certificados de dos catedráticos de Medicina, que acreditaban que padecía una inflamación crónica de estómago e hígado que le impedía entregarse al estudio y a las labores propias de la enseñanza, por lo que aconsejaban que en el período invernal se trasladase a una población costera de clima templado. A favor de su solicitud también remitieron informes el Gobernador civil de Granada y el Rector de la Universidad de Granada, quien en su escrito manifestaba que García Valenzuela era uno de los catedráticos más beneméritos de la Universidad, más apegados a sus deberes y más celebrados por los discípulos que escuchaban sus explicaciones por su brillante talento y sus extensos conocimientos. Finalmente, la Dirección General de Estudios resolvió, concediéndole la licencia por cuatro meses.

Tenemos, asimismo, noticia de que en estos años asumió, por iniciativa personal y sin recibir emolumento alguno, la impartición de algunas asignaturas, la adquisición, a su propia costa de algunos libros, para ser entregados a los niños pobres, y la realización, en 1832, de un inventario general de la biblioteca.

También desempeñó varios cargos dentro de la Universidad. Así, el 15 de julio de 1831 fue nombrado en claustro pleno de doctores y en dos diferentes épocas para examinar las cuentas rendidas por su Junta de Hacienda e informar del resultado. El 1 de marzo de 1832 fue designado asesor del juzgado privativo de la universidad. Y el 19 enero de 1833 fue nombrado por el claustro general síndico fiscal de la misma.

Sabemos, además, que en los años 1839 y 1840 explicó en el Liceo granadino la asignatura Filosofía del Derecho y que fue nombrado consejero de la junta de gobierno de la Academia Científica de Jurisprudencia formada en la Universidad.

Hay, no obstante, un capítulo muy destacado en la vida académica de García Valenzuela, que merece ser relatado con mayor detenimiento. Su origen estuvo en su negativa a aceptar la autoridad de la Junta establecida en Granada a consecuencia de las agitaciones revolucionarias acaecidas en septiembre de 1835, lo que le trajo como consecuencia una larga separación de la cátedra, ya que la pronta restitución del control gubernativo frente a estos movimientos de escisión no se tradujo, a diferencia de lo ocurrido con otros catedráticos, en su inmediata reposición en su puesto. A pesar de lo cual continúo ofreciendo clases de leyes a los estudiantes de los últimos años en su propio domicilio.

Ante la prolongación de esta situación, con fecha de 1 de mayo de 1839 dirigió una instancia al Ministerio, solicitando la restitución en su cátedra. Tanto en éste como en posteriores escritos, alegaría en su defensa que para su apartamiento de la cátedra no se formó causa ni se sustanció instrucción alguna, apelando a su condición de catedrático propietario más antiguo de la Facultad y a ser el único que había alcanzado la categoría de término.

Su petición fue apoyada por el Rector, haciendo alusión a su buena conducta política y a su participación con buena disposición y con celo en todos los servicios patrióticos organizados en la Universidad, así como la plena adecuación de sus enseñanzas a las instituciones vigentes. Y también fue decididamente respaldada por el Jefe Político de la provincia, quien, diciendo haber escuchado previamente el testimonio de varias autoridades, evacuó un informe, manifestando que García Valenzuela disfrutaba de su mayor concepto por su talento e instrucción, y que había demostrado una conducta ejemplar, señalando, además, como causa de su desgracia la casualidad de haber tenido un pariente empleado en un alto puesto durante la época del absolutismo, lo que le había obligado a contraer algunos compromisos políticos, que eran origen de la prevención y desconfianza con la que era observado por el partido liberal. Añadía, también, que no era cierto que hubiera pertenecido a Junta de Estado alguna, sino solamente que había sido designado fiscal en varias causas de Estado, no pudiendo oponerse a hacerse cargo de las mismas, pero actuando siempre con suma pureza y legalidad y favoreciendo, en lo posible, a los perseguidos. De igual manera, desmentía la falsa acusación de que hubiese influido directa o indirectamente en la famosa sentencia dictaba contra Mariana Pineda, pues constaba que la causa había sido conducida por otro fiscal. Haciendo, finalmente, alusión a las gestiones realizadas por muchos estudiantes, bachilleres y licenciados para propiciar su reposición en la cátedra que desempeñaba.

El asunto adquirió, no obstante, una amplia trascendencia, debido a la importancia de los acontecimientos políticos en los que se le involucraba. Así, el 2 de febrero de 1840 aparecía en el diario La Legalidad un escrito firmado por Juan José Rubí, padre de un activista revolucionario ejecutado durante la última etapa absolutista de Fernando VII, en el que se acusaba a García Valenzuela de haber pedido diversas penas capitales no justificadas legalmente en su actuación como fiscal. Denuncia que fue contestada en otra extensa carta, publicada el 26 de febrero en el diario El Mensajero y firmada por otro personaje llamado Juan Manuel Pérez, en la que se rebatían muchas de las afirmaciones vertidas en la anterior y se defendía el buen nombre de García Valenzuela, autor a su vez de una réplica al escrito de Rubí, publicada en igual fecha en este mismo periódico.

Sea porque el esclarecimiento de estas controvertidas circunstancias no era sencillo o sea debido a la complicada índole política de esta cuestión, García Valenzuela estuvo nueve años apartado de su cátedra, en la que fue, por fin, repuesto por una real orden de 23 de abril de 1844.

Sin embargo, pocos días después, presentó la solicitud de que se le restituyese en una cátedra de término, como la de Nueva Recopilación que ocupaba en el momento de su separación, y no una de ascenso e inferior en sus emolumentos, como la de Procedimiento forense, que ahora se le adjudicaba. Finalmente, mediante una real orden de 1 de junio de 1844, se accedió a su petición de que le fuese asignada una cátedra de término, si bien no la del quinto año de Jurisprudencia que reclamaba, y que era desempeñada por otro catedrático, Juan Hurtado Leiva, que había adquirido derechos sobre ella con posterioridad a la separación de García Valenzuela, sino una del octavo y último curso de Jurisprudencia, que gozaba de dicha condición.

Merece ser señalado que en una nota emitida en abril de 1845 por el Vicerrector Mariano Martínez Robledo, se calificaba su aptitud para la enseñanza como superior, y como constante su celo y asiduidad, al tiempo que se destacaba su conducta moral, subrayándose, al respecto, que no pertenecía a logia o sociedad secreta alguna.

En el primer escalafón aparece como catedrático de Academia teórico-práctica en la facultad de jurisprudencia de la Universidad de Granada. Impartió también oratoria forense. En 1849 su cátedra se convirtió en Teoría de los procedimientos.

El 14 de septiembre de 1857 fue ascendido al puesto número 70 del escalafón, con un sueldo anual de 16000 pesetas. El 28 de febrero de 1866 fue ascendido al número 30 del escalafón, con un sueldo de 1600 escudos anuales.

En noviembre de 1861 fue trasladado de su catedra de Teoría de los Procedimientos judiciales de España y Práctica forense a la de Disciplina eclesiástica, que había quedado vacante por fallecimiento de su titular Juan Bautista Jiménez de la Serna. Una real orden de 20 de julio de 1867 dispuso su regreso a la cátedra de la que procedía.

Después de una larga serie de años en la que carecemos de noticias sobre su actividad académica, una hoja de servicios presentada en 1877 nos permite conocer que, por entonces, ocupaba la cátedra de Teoría de los Procedimientos judiciales y práctica forense, habiendo cubierto con anterioridad las de Oratoria forense y la citada de Disciplina Eclesiástica, siempre con el carácter de propietario y categoría de término. Su sueldo anual era, en dicho momento, de 6500 pesetas.

El 14 de febrero de 1876 fue designado individuo de la junta de revisión de expedientes de reválida y grados verificados desde el 10 de septiembre de 1868 hasta el fin del año 1879.

Desempeñó, además, importantes cargos académicos. Así, por una real orden de 7 de diciembre de 1853 fue nombrado Decano de la Facultad de Jurisprudencia de la Universidad de Granada, tomando posesión el 4 febrero de 1854. Se mantuvo en este puesto sin interrupción hasta la presentación de su renuncia en junio de 1870. Con ocasión de la recepción del escrito de renuncia, el Rector manifestó que este profesor gozaba de gran reputación dentro y fuera de la Facultad, justamente adquirida gracias a su saber, su celo y su antigüedad, y que aunque no se aludía a causa alguna cabía entender que se basaba en circunstancias particulares como su edad y su salud. No obstante, otra real orden de 18 de noviembre de 1875 dispuso su reincorporación al cargo, por renuncia, debida a motivos de salud, de su sucesor. Tomó, de nuevo, posesión el 22 de noviembre.

Más tarde, en virtud de una real orden de 1 de noviembre de 1876, fue nombrado Vicerrector, tomando posesión el 25 de noviembre de dicho año, sin perjuicio de seguir ejerciendo su puesto de Decano, que conservó hasta el momento mismo de su jubilación.

Habiendo cumplido setenta y un años, el 14 de marzo de 1878 presento un escrito solicitando su jubilación. El 4 de enero de 1879 la Dirección General de Instrucción Pública, accediendo a esta petición, emitió orden de jubilación, que se hizo efectiva el 9 de enero.