Comenzó siendo profesor auxiliar interino en la Universidad de Zaragoza, nombrado el 3 de marzo de 1897. El 5 de noviembre de ese mismo año fue nombrado profesor auxiliar numerario en dicha Universidad. Tomó posesión el 13 de noviembre.

Opositó en 1897 a la cátedra de Derecho Internacional Público y Privado, vacante en la Universidad de Santiago. Se conserva un ejemplar manuscrito del Programa y de la memoria.

Opositó en 1901 a la cátedra de Derecho Civil Español, Común y Foral, vacante en las Universidades de Madrid y Zaragoza. Se conservan los siguientes textos impresos que adjuntó a su instancia: La Extradición ante el Derecho Internacional, Zaragoza, Tip. de M. Turmo, Zaragoza, 1896, 161 pp.; Educación Social y Política, Zaragoza, Tip. De E. Casañal, 1897, 30 pp.; Programa de Derecho Político Español Comparado con el Extranjero, Zaragoza, Tip. De E. Casañal, 1900, 19 pp.; Programa de Derecho Internacional Privado, Zaragoza, Tip. De E. Casañal, 1900, 14 pp.; La Reforma de la Segunda Enseñanza en Francia, Zaragoza, Tip. De La Derecha, 1901, 35 pp.

Opositó en 1901 a la cátedra de Derecho Administrativo, vacante en la Universidad de Santiago. A los impresos relacionados en la oposición anterior, añadió el siguiente: Apuntes de Derecho Político Extranjero, Zaragoza, Tip. De E. Casañal, 1901, 151 pp.

Opositó en 1901 a la cátedra de Instituciones de Derecho Romano, vacante en la Universidad de Barcelona. Adjuntó los mismos trabajos que en el caso de la cátedra arriba citada de Derecho Civil Español, Común y Foral.

Ese mismo año oposita a la cátedra de Derecho Político y Administrativo de la Universidad de Sevilla, ganándola y siendo nombrado catedrático numerario el 7 de abril de 1902. Tomó posesión de la cátedra el 14 de abril de 1902.

El 15 de febrero de 1907 fue nombrado catedrático de Derecho Internacional público y privado de la Universidad de Zaragoza por concurso de traslado. Por Orden del 7 de octubre de 1909 pasó a ocupar la cátedra de Derecho Administrativo en la Universidad de Zaragoza.

Durante el curso 1908-1909, fue designado por el rector de la Universidad de Zaragoza representante de la misma en el intercambio de profesores con la Universidad de Burdeos. Disertó acerca de "Las doctrinas de los escritores españoles de Derecho Administrativo en relación con las de los franceses". Se le comunicó por el rectorado a satisfacción y gratitud por el brillante resultado de su cometido.

Durante el curso 1911-1912, explicó un curso de extensión universitaria sobre Derecho Obrero en la Escuela de Artes e Industrias.

Por acuerdo del claustro de la Universidad de Zaragoza, de 24 de enero de 1911, fue nombrado vocal del Instituto de Estudios Sociales y de Extensión Universitaria.

Durante el curso 1912-13 dio un curso de enseñanza especial sobre “Policía Técnica”. Curso 1913-14: “Ampliación del derecho Administrativo” igual que durante el curso 1914-15 (Enseñanzas especiales).

En el curso 1915 tomó parte del Curso de perfeccionamiento para maestros.

En 1912 opositó a la cátedra de Derecho Administrativo de la Universidad de Madrid que se llevó a cabo en 1916. La oposición comenzó el 18 de abril de 1916. El tribunal estuvo presidido por Augusto González Besada; como vocales actuaron: Javier Ugarte, Eduardo Sanz Escartín, Adolfo González Posada; y como secretario, Cirilo Palomo. Este tribunal ya había sido nombrado por RO de 31 de julio de 1912. Al día siguiente, el tribunal aprobó el cuestionario de 152 temas para el primer ejercicio de oposición.

El 1 de mayo de 1916 comparecieron los opositores: José Gascón Marín y Pablo de Azcárate Flores. Hicieron entrega de su trabajo de investigación y del programa. También se presentó un individuo en nombre de Cándido Cerdeira, imposibilitado de presentarse en un plazo de 30 días por una afección reumática en Tánger. Solicitaba el aplazamiento de los ejercicios. Se desestimó por el tribunal. Extraídos dos temas a suerte (Tema 15: “La noción política y jurídica de poder del Estado en relación con la teoría de la división de los poderes. la administración del estado, ¿es un poder?¿Es una función del ejecutivo? y tema 18:”Consecuencias jurídicas de la existencia o no existencia de una potestad discrecional en la administración”), los opositores Gascón y Azcárate pasaron a desarrollarlos por escrito y luego a su defensa oral, el día 4 de mayo de 1916.

Al día siguiente, José Gascón y Marín expuso oralmente cinco temas del cuestionario aprobado por el tribunal: Tema 37: “La descentralización y las desconcentración administrativas. La descentralización por servicios”; Tema 66: “El régimen provincial: la provincia como unidad local Sus órganos. El gobernador considerado especialmente con relación al régimen y administración de la provincia”; Tema 119: “El estado y la vida económica. Influjo de los criterios individualista, socialista e intervencionista en la administración pública”; Tema 125: “la segunda enseñanza. Concepto, carácter. Organización actual en España”; Tema 146: “El procedimiento administrativo. Su concepto. Legislación vigente”

El día 6 de mayo de 1916 tuvo lugar el ejercicio práctico que versó sobre la siguiente cuestión: “¿Cabe el recurso contencioso-administrativo contra la inconstitucionalidad de una resolución ministerial? Caso negativo: ¿De qué otro procedimiento se dispone dentro de la normalidad de la vida jurídica para restablecer las condiciones fundamentales de la organización del estado?”. Después de su lectura el tribunal en sesión secreta los consideró aptos a los dos candidatos.

El 9 de mayo de 1916 se realizó el cuarto ejercicio. Consistía en desarrollar un tema de tres del programa presentado por el candidato sacados a suerte. José Gascón y Marín eligió el 7, de los temas 7, 10 y 60 (de 78 temas de su programa): “Fines de la administración. Efectividad administrativa. Sujetos de la actividad administrativa. Sujetos de derecho público. Sujetos de derecho privado. Actos administrativos, doctrina general.” Realizó el tema por escrito, incomunicado durante seis horas. En su posterior exposición oral, Azcárate hizo objeciones a Gascón durante 20 minutos. Aquél le contestó por otros veinte minutos.

El 11 de mayo de 1916, Gascón hizo la defensa del programa presentado por él.

Finalmente, el 12 de mayo de 1916 en sesión secreta del tribunal, se pasó por parte de éste al examen de méritos, trabajos de investigación o doctrinales de los opositores. Coincidieron todos “en que, si bien se habían apreciado ligeras diferencias en el trabajo de los opositores, los ejercicios practicados por uno y por otro habían sido de un mérito tan relevante y tan completa la erudición, cultura competencia, capacidad y aptitudes pedagógicas demostradas por los mismos, que consideraban a ambos dignos y merecedores de la cátedra, lamentando verse obligados por exigencias del reglamento a tener que hacer la propuesta de forma unipersonal; en vista de lo que acordó el tribunal por unanimidad que constasen en el acta estas manifestaciones para conocimiento del ministerio de Instrucción Pública, por si en alguna ocasión estimase oportuno utilizar los servicios del opositor que ahora no sea propuesto en la enseñanza de la Universidad Central.” La votación quedó de la siguiente manera: El secretario votó a Gascón; Adolfo Posada a Azcárate; Sanz Escartín a Gascón; Ugarte a Gascón; y el presidente a Gascón. Por orden de 2 de junio de 1916 pasó a la Universidad de Madrid, por oposición.

Cuando Gascón y Marín tomó posesión de la cátedra de Derecho Administrativo en la Central también se le encomendó “el que se encargará desde este día de la cátedra de Política social y legislación comparada del trabajo” que se haya vacante en la actualidad por jubilación del Sr. D. Gumersindo de Azcárate”.

Fue nombrado Decano de la Facultad de Derecho de la Universidad de Madrid el 29 de mayo de 1930, tras el fallecimiento de Rafael Ureña.

Tomó parte en tareas de extensión universitaria en Madrid, Sevilla, Valencia, Murcia y Zaragoza. Ofreció conferencias y diversos cursos en la Academia de Derecho Internacional de la Haya, en la Academia de Ciencias Morales de París y en la Federación de Estudios Internacionales. También en el Instituto Internacional de Derecho Público de París.

Fue jubilado el 14 de febrero de 1945, a la edad reglamentaria de 70 años. No obstante, se le autorizó para que continuara en la cátedra hasta que acabara el curso académico. Previamente, el 31 de enero de 1945, fue nombrado Decano Honorario de la Facultad de Derecho de la Universidad de Madrid.