Catedrático de Filosofía del Derecho y Derecho Internacional en el doctorado de la Universidad Central, 20 de julio, 1867 (tomó posesión el 13 de agosto). Curiosamente, le tocaron ante todo en suerte puntos de derecho internacional. La votación fue disputada y hubo de repetirse, según dictamen del Consejo de Instrucción Pública, para lograr una mayoría en cabeza de la terna propuesta; el fallecimiento de dos jueces permitió que Giner de los Ríos reuniera esa mayoría. Por lo demás, el ministro (Manuel Orovio) recibió varias recomendaciones a favor de otros candidatos propuestos con menos votos (Melchor Salvá, Clemente Fernández Elías).

Elevó al Ministerio (29 de enero, 1868) una exposición sobre la separación de los catedráticos de Filosofía Julián Sanz del Río y Nicolás Salmerón (RR.OO. de 31 de diciembre, 1867 y 8 de enero, 1868), manifestándose contra el control gubernativo de las enseñanzas. Poco después hubo de defender ante el rector Marqués de Zafra su compatibilidad para dar un curso privado (11 de febrero, 1868).

Por R.O. de 14 de marzo, 1868, el Ministerio devolvió al rector la instancia relativa a la separación de Sanz del Río y de Salmerón y se le ordenó instruir expediente; Giner habría de pronunciarse además sobre sus creencias en los dogmas de la Santa Madre Iglesia Apostólica y Romana, sobre la legitimidad de la reina y de su augusta dinastía y sobre sus intenciones cuando declaró compartir el espíritu y sentido científico de esos dos profesores y exponer sus enseñanzas con tal espíritu. Mientras, Giner fue suspendido de sus funciones.

21 de marzo, 1868. Acta de las declaraciones de Giner. Conminado a contestar a la pregunta sobre sus creencias en la Iglesia etc. con un sí o un no, “dijo que no contestaba ni sí, ni no”. Preguntado sobre la legitimidad de la reina y su dinastía, “dijo lo mismo que á la pregunta anterior”. Pidiéndosele explicación sobre sus manifestaciones de compartir el espíritu científico de los sancionados, “dijo que en el acto no puede contestar”. Por R.O. de 14 de mayo, 1868, fue suspendido de su cátedra.

Fue repuesto en la misma por R.O. de 19 de octubre, 1868.

1 de junio, 1868. El rector de Madrid elevó al Ministro de Fomento oficio (con papeleta adjunta) sobre el curso de Filosofía del Derecho que privadamente ofrecía Giner; la matrícula mensual ascendía a 60 reales en concepto de honorarios, ofreciéndose tres lecciones por semana, desde el 15 de junio; la matrícula se abría en la librería de Moya y Plaza, calle de Carretas, Madrid.

13 de mayo, 1870. Instancia a las Cortes Constituyentes de Giner y Nicolás Salmerón oponiéndose a la separación de profesores que habían rehusado jurar la Constitución (1869), razonando contra ese juramento desde la deseable separación de las instancias políticas y las actividades de enseñanza.

10 de enero, 1872. Al ser su cátedra de Filosofía del Derecho y Derecho Internacional del doctorado, tanto en la sección de Civil y Canónico como de Administrativo, solicitó ser incluido con tal carácter en el escalafón, a fin de optar a los concursos de categoría de la sección de Administrativo.
Separado nuevamente del servicio por R.O. de 17 de julio, 1875. La R.O. 3 de marzo, 1881 le recolocó en el lugar correspondiente en el escalafón.

12 de mayo, 1887. Solicitó fuese declarada optativa la enseñanza de su cátedra de Doctorado, habida cuenta de la enseñanza obligatoria de Derecho natural en la licenciatura.
Excedente "por supresión ilegal" a tenor de la R.O. de 28 de julio, 1892, fue repuesto por R.O. de 31 de agosto, 1893.

10 de enero, 1894. Renunció a la categoría honorífica de término, concedida por R.O. de 13 de diciembre, 1893.

21 de diciembre, 1912. Instancia de Giner, que ha cumplido 73 años, solicitando nueva declaración de aptitud para seguir de servicio, expirado el plazo de dos años que se le concedió. Con fecha 4 de julio, 1913, el rector informa favorablemente el expediente instruido a raíz de esa solicitud, acreditada su aptitud física (solamente padecía de hemorroides) e intelectual y la asiduidad con que atendía la enseñanza.
Real Orden de 6 de agosto, 1913, disponiendo que continuase Giner en el servicio activo de la enseñanza.