Fue separado definitivamente de sus funciones en abril de 1937 y dado de baja en el escalafón por la Junta Técnica del Estado, marchó al exilio. El expediente de abril de 1937 recogía el informe del gobierno civil de Valladolid en el que se le acusa de abandono de la cátedra, de tener bufete abierto en Madrid y de que “no obstante su condición de sacerdote, hace vida en compañía de una mujer con quien se asegura ha contraído matrimonio civil”. El informe de la Audiencia de Valladolid lo acusaba igualmente de sacerdote renegado, de significado izquierdista, y a consecuencia de ello, de incumplimiento de sus deberes académicos. Por su parte la Jefatura Superior de Policía incidía en las mismas faltas, señalándolo como “protegido del señor Sánchez Román y de casi todas las personas de izquierdas... Malo por todos los conceptos (...) estallada la guerra y encontrándose en Madrid, fue encarcelado en agosto de 1936, por haber alojado en su domicilio de Madrid a un primo carnal suyo exdiputado de la CEDA. Durante algún tiempo fue también perseguido por su gobierno y por esa causa fue encarcelado. El documento está firmado por Manuel Márquez, decano de Medicina de Madrid, José Puche, rector de Valencia, Manuel Tuñón de Lara, representante de la U.F. de E.H. y José María Ots Capdequí, decano de Derecho en Valencia y jefe de la sección de universidades. Pero no sería rehabilitado en ninguna de las dos ocasiones. En noviembre de 1945 se le concedió la nulidad de su orden sacerdotal. En 1952 volvió a suplicar el ingreso en el escalafón.