1936, 11 ó 15 de noviembre. Encontrándose en Alemania al iniciarse la guerra civil consigue volver en esta fecha (en el vapor Monte Pascual, vía Lisboa); se conserva carta dirigida al rector de la Universidad de Sevilla (19 de octubre) manifestando su imposibilidad momentánea de ir a su destino, poniéndose a disposición de las autoridades académicas.

1937, 26 de febrero. Incoación del expediente de depuración. Obran varios informes: de la autoridad miliar de S.M.I. (“izquierdista, gran propagandista”), rectorado hispalense (“de significación izquierdista, sin manifiestas actuaciones políticas… suspenso de empleo y sueldo a propuesta del Rectorado”), Genaro del Castillo (en sus oposiciones habría declarado “que trataba de difundir el materialismo histórico”), Sancho Izquierdo (“manifestaciones claras y sin rebozo de ideales comunistas y socialistas… los tres Profesores de Filosofía del Derecho más perniciosos de la Universidad Española son, por este orden: González Vicén, Medina Echevarría y Ramos Sobrino… Su conducta privada dejaba bastante que desear. Se presentó en Valladolid con una alemana: después decía haberse casado con ella”). A pesar, según propuesta de resolución, de presentar “actas, cartas para demostrar que era falangista antes del Movimiento”, se solicita (17 de mayo, 1937) separación definitiva e inhabilitación para cargos de confianza.

1937, 15 de marzo. Pliego de descargo. Sobre la acusación de izquierdismo protesta no haber militado en partido alguno y haberse encontrado desde 1933 en el extranjero (Alemania, Italia y Holanda) hasta el momento de ocupar la cátedra, “dedicado simplemente al estudio… El punto cardinal en mi conciencia política ha sido siempre un profundo sentido nacional”; en esa estancia y en Sevilla estaba suscrito –“la Comisión misma va a extrañarse de ello”– al diario ABC, de lo que se adjunta certificado. Sobre su enemiga al Frente Popular aporta artículos de El Norte de Castilla, de 1931 y 1932 (se manifiesta ferozmente contra el uso de la lengua catalana). Alega además la ideología derechista de sus dos ayudantes de Sevilla, José Mª Hernández Rubio y Manuel Díaz Crespo (adjunta una carta), al primero de los cuales dirigió a trabajar en Gotinga “con el teórico más conocido de la teoría del Estado y del Derecho nacional-socialista… Prof. Julius Binder”. Jura además la falsedad del cargo de afirmar el uso de la cátedra para difundir ideas marxistas, adjuntando una carta firmada por sus alumnos sevillanos en prueba de que “en ningún lugar ni momento nos ha instado el Profesor de referencia en favor de sector político alguno”, así como una carta del decano García Oviedo (“no he tenido noticias referentes a difusión o propaganda de doctrinas en su cátedra que hayan podido crear un ambiente propicio al estado de cosas motivado de la presente protesta nacional”). En otro escrito el decano hace constar “que en determinada ocasión, a alguna persona al servicio de la Biblioteca… oyó decir que el Sr. González Vicén, se lamentaba de que se adquiriesen… Revistas procedentes de países que padecían un régimen autoritario”, si bien al volver de Alemania “mostró al informante documentación de Falange Española de Berlín acreditativa de estar afiliado a dicho organismo”; un certificado de la Jefatura Nacional de Prensa y Propaganda de Falange manifiesta, en efecto, que es “afiliado a Falange Española… persona que disfruta de la absoluta confianza de esta organización tanto por sus ideas manifiestas antes del movimiento nacional como por haber intervenido en esta organización y haber prestado servicios a nuestro movimiento”.

1937, 14 de abril. “Como la suspensión de empleo y sueldo… me había colocado en difícil situación económica” acepta una invitación para dar conferencias en Marburgo y Berlín.

1937, 13 de octubre. Cese por separación definitiva. Informado por el decano de Derecho de Sevilla (23 de octubre) se contrata como encargado de curso en la facultad de Derecho de la Universidad de Berlín (Instituto de Derecho Extranjero); el 18 de mayo, 1940, es nombrado lector de español en la facultad de Filosofía y Letras. Permanece en Alemania hasta finales de la guerra.

“Para unir al expediente” existe copia del acta de una sesión extraordinaria del claustro de la Universidad de Valladolid (15 de junio, 1932), convocada con Calixto Valverde como primer firmante, “para tratar de la posición que debe adoptar nuestra Universidad en relación con el Estatuto de Cataluña”, de lo que resulta que Felipe González Vicén votó a favor de la propuesta “no ha lugar a deliberar”.

1946, 17 de abril. Vuelto a España solicita la reposición en su cátedra. Revisa el expediente Arturo Caballero, catedrático de la Universidad de Madrid, como juez instructor.

1946, 8 de julio. Depurado sin sanción, con orden de reincorporación al servicio activo cuando haya vacante. (La cátedra de Sevilla la tenía por entonces Joaquín Ruiz-Jiménez Cortés).

1946, 16 de julio. Una carta del instructor a Carlos Sánchez, jefe de la Sección de Universidades, expresa que “he estudiado con todo detenimiento y atención el expediente… y puedo, después del certificado de Falange… proponer a la superioridad que sea repuesto en su cargo sin sanción alguna”.