En el curso 1939-1940 fue profesor ayudante de clases prácticas de Derecho Romano y de Derecho Civil en la Facultad de Derecho de la Universidad de Sevilla. Después, en virtud de una orden ministerial de 14 de febrero de 1941, fue nombrado profesor auxiliar temporal en la misma Facultad de esta universidad, tomando posesión el 26 febrero. En el curso 1941-1942 fue prorrogado en este puesto y como encargado de la cátedra de Derecho Procesal por una orden ministerial de 1 de agosto de 1941. También fue prorrogado para el curso 1942-1943 mediante una orden ministerial de 25 de julio de 1942.

En mayo de 1943 solicitó ser admitido a la oposición de turno libre convocada por una orden de 3 de abril de 1943 para la provisión de una cátedra de Derecho Romano de la Universidad de Granada.

El 30 de diciembre de 1943, y en virtud de oposición libre, fue nombrado catedrático numerario de Derecho Romano de la Universidad de La Laguna. Tomo posesión el 11 de febrero de 1944, con el sueldo de 12000 pesetas anuales.

En marzo de 1944 solicitó la cátedra de Derecho Romano de la Facultad de Derecho de la Universidad de Santiago de Compostela anunciada a concurso de traslado. Siendo el único aspirante, no requiriéndose, por haber ingresado en la enseñanza con posterioridad a la guerra civil, expediente de depuración, y contando con la aprobación del Rectorado de la universidad convocante, fue nombrado para la plaza mediante una orden ministerial de 12 de mayo de 1944. No obstante, habiendo solicitado realizar la toma de posesión en Sevilla, donde residía en su período de vacaciones, y admitida su petición, ésta se celebró el 13 de junio de 1944.

Por una orden ministerial de 3 de julio de 1944, pasó a desempeñar, en virtud de permuta con Álvaro d'Ors, la cátedra de Derecho Romano de la Facultad de Derecho de la Universidad de Granada. Tomó posesión el 9 de agosto.

Habiendo sido anunciada, mediante una orden ministerial de 5 de junio de 1946, la provisión por concurso de traslado de la cátedra de Derecho Procesal de la Universidad de Sevilla, concurrieron a la plaza Faustino Gutiérrez-Alviz y Miguel Royo Martínez, catedrático de Derecho Civil de la Universidad de Zaragoza. Pero, al presentar este último su renuncia, nuestro personaje fue nombrado para la cátedra en virtud de una orden ministerial de 21 de octubre de 1946 (BOE del 7 de noviembre). Su toma de posesión se realizó el 12 de noviembre. Parece ser que en su cambio de orientación hacia el derecho procesal tuvo gran influencia su estrecha relación con el profesor Leonardo Prieto Castro.

Fue Secretario de la Facultad de Derecho de la Universidad de Sevilla, habiendo tomado posesión del cargo el 20 de enero de 1948.

El 25 de septiembre de 1954 fue designado, por acuerdo unánime de la Junta, Vicedecano de la Facultad de Derecho. Su nombramiento se produjo el 2 de octubre, tomando posesión en la misma fecha.

En sesión de la Junta de Facultad, celebrada el 11 de enero de 1958, fue elegido Decano tras un debate y la consiguiente votación entre los profesores numerarios presentes, que arrojó un balance de seis votos a su favor, uno para Alfonso de Cossío y Corral y uno para Francisco de Pelsmaeker e Ibáñez. Se nombramiento se realizó el 8 de febrero de 1958 y tomó posesión el 10 de febrero. Con posterioridad, habiendo expirado su mandato, el 10 de febrero de 1961, y a propuesta de los propios integrantes de la Junta de Facultad, fue reelegido para dicho cargo tras una votación que dio como resultado nueve votos a su favor y el voto en blanco formulado por él mismo. El Ministerio de Educación Nacional le confirmó en su puesto el 21 de mayo. Permaneció en el puesto de Decano hasta 1965.

En agosto de 1949, habiendo obtenido una de las pensiones otorgadas por la Dirección General de Relaciones Culturales del Ministerio de Asuntos Exteriores, solicitó la concesión de una licencia de tres meses para realizar una estancia en la Facultad de Derecho de la Universidad de Roma.

El 14 de julio de 1954 fue autorizado por el rectorado para realizar un viaje por Francia e Italia para fines relacionados con su cátedra.

El 29 de julio de 1963 fue autorizado por el Ministro de Educación para trasladarse a Francia y Gran Bretaña durante las vacaciones estivales.

Como catedrático de Derecho procesal, dirigió todas las tesis doctorales vinculadas a esta disciplina defendidas en la Universidad de Sevilla entre los años 1955 y 1985. Así, bajo su dirección, obtuvieron el grado de doctor en la universidad hispalense: Manuel Morón Palomino, La nulidad en el proceso civil español (1957); Jerónimo Infantes Florido, El allanamiento a la demanda en el proceso civil español (1957), Manuel González Aguilar, Hacia una reforma de los interdictos (1962), José Almagro Nosete, La prueba de informes en el proceso civil (1966), Manuel Gómez del Castillo y Gómez, El fundamento y la extensión de la jurisdicción militar (1972), Manuel Domínguez Moreno, El secretario judicial en el proceso civil español (1976), Julio García Casas, Vía gubernativa y proceso civil (1974), José Martín Ostos, Para mejor proveer en el proceso civil español (estudio doctrinal, legislativo y jurisprudencial) (1976), Vidal Estepa Moriana, Nuevas orientaciones sobre la historia del juicio ejecutivo en España (1976) y Víctor Moreno Catena, El secreto en la prueba de testigos en el proceso penal (1979). Entre sus discípulos se cuenta también su hijo Faustino Gutiérrez-Alviz y Conradi, quien, sin embargo defendió su tesis doctoral, Il procedimento monitorio nel diritto comparato, en Bolonia, en 1971, bajo la dirección de T. Carnacini.

Se jubiló como catedrático en 1985, con efectos de 30 de septiembre.