1936, 19 de diciembre. Incoación del expediente de depuración. El informe del gobierno civil de Zaragoza lo define como “izquierdista, del Partido Radical”, aunque “subdiácono, familiar del Arzobispo de Valladolid… de sanas costumbres, recta moralidad personal y profesional. Católico”. El gobierno militar de Santiago se limita a reconocer “su vida y conducta buena”. El informe del rector de la Universidad de La Laguna, José Escobedo, comunica severas irregularidades durante su borrascoso período al frente de esa institución (“una etapa de desacuerdos torpemente disimulados con pretensiones de política republicana, que no tienen precedentes en la Universidad española”), en connivencia con el gobernador civil Pina; censurado por el claustro (7 de diciembre, 1932) se envió al catedrático de Sevilla, Francisco Candil Calvo, para instruir expediente, no concluido… “[t]otal, un sujeto digno de lástima, pero pernicioso en extremo” que tuvo que trasladarse por el mal ambiente (“incompatibilidad moral con casi todos sus compañeros”) de la universidad canaria. Este informe fue decisivo como cargo, con propuesta unánime de la comisión depuradora (26 de febrero, 1937) de separación definitiva del servicio e inhabilitación para cargos públicos.

1939, 20 de febrero. Presenta declaración jurada con “ruego de que se me reingrese en la cátedra de Derecho Mercantil de la Universidad de Zaragoza… a fin de colaborar, en la forma y lugar que se me designe, al engrandecimiento de la España Nacional”. Al iniciarse el alzamiento estaba en Hoyo de Manzanares, Madrid, donde facilitó salvoconductos a personas perseguidas por su ideología política; salió de Madrid a Barcelona en octubre de 1937 “con el exclusivo objeto de preparar mi marcha al extranjero para pasarme a la España Nacional”; a su favor cita varios nombres (Felipe C. de Diego; Agustín Peláez, presidente de la Bolsa; jesuitas de la Universidad de Deusto; Francisco y Joaquín Solá, redactor de la Vanguardia Nacional…)

1939, 17 de marzo. Manifiesta su sorpresa al Jefe del Servicio Nacional de Enseñanzas Superior y Media por “haber sido separado del Escalafón de Catedráticos de Universidad” y suplica término para descargo.

1939, 25 de marzo. Se devuelve el expediente a la comisión depuradora y se habilita trámite para descargo. El interesado presenta escrito con ese propósito en Zaragoza, 1 de abril, 1939, donde se declara “de derechas por ser siempre católico”; militó en el ala derechista del Partido Radical, con el visto bueno de un religioso al que consultó; no ha sido ordenado de subdiácono; no sería responsable de irregularidades durante su rectorado, en su caso imputables al decano de Derecho Sr. Pina. El expediente puramente informativo (“acerca de las relaciones existentes entre los catedráticos de la Universidad de La Laguna”) “fué sobreseído en enero del 36 ó diciembre del 35”; no se aferró al cargo, sino que presentó su dimisión ante el ministro, que le rogó esperase a trasladarse a la península para que no hubiese “vencedores y vencidos”. Hay informes a su favor de la Falange de Daimiel (“se distinguió por su verbo anti-marxista”), del alcalde de la misma localidad (“campaña en contra de los ideales marxistas… de profundos sentimientos católicos”), de la secretaría de Educación Nacional del Movimiento de Madrid (“de intachable conducta, de antecedentes religiosos y de ideas políticas netamente Nacionalista”), de fray José López Ortiz (“persona perfectamente honorable, de sentimientos y práctica religiosa; derechista de corazón). Obra otra carta favorable a Hernández Borondo de este mismo profesor y eclesiástico dirigida a Arturo Caballero, en vista de la revisión del expediente de depuración (“sin ser un profesor brillante, creo cumple decorosamente su función… creo en lo arraigado de su fe católica. Sobre su actuación como rector de la Universidad de La Laguna se ha exagerado notablemente… el hecho en sí: una concesión de plazo extralegal de exámenes a favor de un pariente [Aurelio Lerroux] de un político entonces encumbrado… no creo que sea de tan enorme gravedad”).

1939, 10 de agosto. Sin encontrar “elementos nuevos de juicio” el instructor propone confirmar la resolución anterior, pero cuatro días después oficia en el sentido de “haber llegado a [su] poder nuevos antecedentes que pudieran influir en la resolución definitiva del expediente; en cualquier caso,

1940, 16 de abril. El instructor propone la separación de servicio, con baja en el escalafón e inhabilitación perpetua.

1940, 13 de mayo. El interesado solicita la remisión de su expediente a la Junta Superior Dictaminadora del Ministerio, para aportar nuevos elementos de juicio “que afectan a la esencia misma del expediente”.

1946, 24 de octubre. José López Ortiz, obispo de Tuy, se dirige a Cayetano Alcázar interesándose por el “tristísimo caso de Borondo, a quien he tenido por casa, en situación de inspirarme una gran compasión”.

1948, 20 de diciembre. Reintegración en el servicio activo de la enseñanza, con traslado a otra universidad y pérdida de haberes.