Por Real Orden de 27 de junio de 1891 fue nombrado Auxiliar supernumerario gratuito de la Facultad de Derecho de la Universidad de Salamanca, plaza de la que tomó posesión el 6 de agosto. En los años inmediatamente siguientes, sobre todo en 1892 y 1893, solicitó y obtuvo en varias ocasiones que se le abonase la gratificación correspondiente a los Auxiliares numerarios cuando éstos desempeñaban las cátedras vacantes y cobraban los dos tercios de la remuneración correspondiente al catedrático.

Como consecuencia de la situación generada en virtud del Real Decreto de 8 de marzo de 1894, que unificaba en una sola clase a los Auxiliares, presentó instancia al Ministro de Fomento el 12 de julio de 1894 en la que argumentaba que, como Auxiliar más antiguo de su Universidad, y pese a que fue nombrado como supernumerario, debía tener preferencia para el desempeño de las cátedras vacantes, por lo que rogaba declaración expresa en tal sentido.

El 13 de mayo de 1895 se le nombró Auxiliar numerario de la misma Facultad, tomando posesión el día 25 de ese mes. Lo había solicitado mediante instancia fechada el 5 de mayo, de conformidad con la Real Orden de 11 de diciembre de 1894 (aclaratoria del Real Decreto de 8 de marzo anterior), al resultar vacante la plaza por haber tomado posesión Prudencio Requejo Alonso, que la desempeñaba, de la cátedra de Derecho mercantil de la Universidad de Santiago. A la vista de lo establecido en la citada normativa y del hecho de ser Isidoro Iglesias el Auxiliar gratuito más antiguo, se resolvió su nombramiento. Tenía asignado un sueldo de 1750 pesetas. En ese cargo quedaría hasta su cese el 31 de diciembre de 1917 por su acceso a la cátedra de Instituciones de Derecho Canónico de Santiago.

Durante esos largos años de auxiliar desempeñó encargos docentes en un crecido número de las materias que se cursaban en la licenciatura. En breves sustituciones por ausencias o enfermedad, o durante cursos completos por vacancia, dio clases de las siguientes asignaturas: Derecho penal, Derecho civil, Derecho procesal, Derecho mercantil, Derecho canónico, Derecho político y administrativo, Derecho internacional público y privado, Procedimientos judiciales y práctica forense, Derecho romano, Economía política y Hacienda pública, Derecho natural e Historia general del Derecho.

Esa variabilidad en la docencia fue coherente con sus coetáneos empeños para acceder a una cátedra, pues lo intentó firmando oposiciones durante veinticinco años en muy diversas materias.

Dos meses después de obtener su doctorado, solicitó mediante instancia firmada en Salamanca el 29 de agosto de 1890 ser admitido a la oposición convocada en la Gaceta el 16 de junio anterior para la cátedra de Derecho Civil Español Común y Foral de la Universidad de Granada. La oposición se celebró en Madrid en 1892, adonde fue autorizado a desplazarse el 5 de febrero, y quedó en séptimo lugar. Puesto que obtuvo número en la lista de mérito relativo de los opositores, lo que implicaba haber aprobado los ejercicios, lo consignó como mérito en oposiciones posteriores.

El 4 de abril de 1892 firmó en Salamanca la instancia en la que solicitaba ser admitido en la oposición a la cátedra de Derecho Natural de la Universidad de Santiago, convocada en la Gaceta de Madrid de 10 de enero anterior.

El 4 de diciembre de 1893 solicitó mediante instancia participar en la oposición a la cátedra de Derecho Civil Español Común y Foral de la Universidad de Salamanca, anunciada en la Gaceta de Madrid de 8 de septiembre.

El 29 de junio de 1894 pidió ser admitido a la oposición convocada en la Gaceta de Madrid de 31 de marzo para cubrir la cátedra de Derecho Mercantil de la Universidad de Salamanca. En noviembre de 1898 solicitó el necesario permiso con el fin de desplazarse a Madrid para opositar. Terminados los ejercicios en 1899, obtuvo lugar en la calificación de mérito relativo, circunstancia que de la que años después (6 de septiembre de 1910) solicitó certificación para alegarla como mérito.

El 26 de noviembre de 1900 fue remitida al Subsecretario de Instrucción Pública y Bellas Artes la instancia firmada ese mismo día por Isidoro Iglesias García para tomar parte en las oposiciones a cátedras de Derecho Canónico de las Universidades de Santiago y Zaragoza convocadas en la Gaceta de Madrid de 30 de agosto. El 18 de enero de 1901 remitió el interesado la documentación pertinente. El 17 de noviembre de 1902, con la licencia requerida, partió hacia Madrid para realizar los ejercicios, pero tuvo que regresar al mes siguiente a Salamanca por motivos de salud.

El 26 de marzo de 1901 solicitó ser admitido a las oposiciones a las cátedras de Derecho Canónico de las Universidades de Sevilla y Salamanca. El 15 de abril de 1903 la Universidad salmantina comunicó al Subsecretario del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes que el interesado había salido hacia la corte para participar en las oposiciones; regresó el 1 de junio. El 20 de septiembre de 1903 el opositor autorizó a José María Castila para hacerse cargo de la documentación que aportó, y éste firmó en Madrid el 5 de octubre una solicitud dirigida al Subsecretario de Instrucción Pública para que se le permitiese recoger en nombre de Isidoro Iglesias García la documentación que había presentado en las oposiciones a las cátedras de Derecho Canónico de Sevilla, Salamanca, Santiago y Zaragoza.

El 23 de octubre de 1903 presentó instancia al Subsecretario del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes para tomar parte en las oposiciones a la cátedra de Instituciones de Derecho Canónico de la Universidad de Santiago, que se celebraron en 1904. El opositor estuvo ausente de Salamanca desde el 8 de febrero hasta el 4 de mayo, y obtuvo un voto que posteriormente (instancia de 6 de septiembre de 1910) pidió se le certificara como mérito.

El 20 de octubre de 1904 pidió mediante instancia ser admitido a las oposiciones, turno de Auxiliares, convocadas para proveer la cátedra de Instituciones de Derecho Canónico de la Universidad de Salamanca. Partió hacia Madrid para participar en ellas el 17 de enero, y el 25 de febrero estaba de vuelta.

El 26 de octubre de 1907 presentó instancia para participar en oposiciones a idéntica plaza en la misma Universidad, convocadas en la Gaceta de Madrid de 2 de agosto de 1907. Tras realizar los ejercicios, regresó a Salamanca el 18 de enero de 1909. El 6 de septiembre de 1910 solicitó mediante instancia dirigida al Jefe de Archivo del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes que se le remitiera certificado de haber aprobado ambas oposiciones, en cada una de las cuales había obtenido un voto.

El 11 de octubre de 1912 presentó dos instancias para participar en oposiciones. En una de ellas solicitaba ser admitido en las convocadas en turno libre en la Gaceta de 12 de agosto para proveer la cátedra de Derecho Canónico de la Universidad de Barcelona. En la otra pedía tomar parte en las convocadas en turno de Auxiliares en la Gaceta de 13 de agosto para la cátedra de Derecho Civil, Común y Foral en la Universidad de Valencia.

El 10 de septiembre de 1913 pidió ser admitido a las oposiciones anunciadas para turno de Auxiliares en la Gaceta de 14 de agosto para proveer la cátedra de Instituciones de Derecho Romano vacante en la Universidad de Valladolid.

El 10 de octubre de 1913 solicitó ser admitido a las oposiciones convocadas en turno de Auxiliares para proveer la cátedra de Historia General del Derecho vacante en Oviedo.

El 25 de septiembre de 1915 solicitó ser admitido a las oposiciones convocadas en turno libre en la Gaceta de 6 de agosto para proveer la cátedra de Instituciones de Derecho Canónico de la Universidad de Salamanca.

En 1917 accedió por fin a la cátedra, pero no por oposición, sino mediante concurso de traslado. Éste se había anunciado en la Gaceta de Madrid de 26 de septiembre, para proveer la cátedra vacante de Instituciones de Derecho Canónico de La Universidad de Santiago. Isidoro Iglesias presentó instancia firmada en Salamanca el 10 de octubre, alegando que tenía reconocido su derecho al amparo del Real Decreto de 26 de agosto de 1910 y de la Real Orden de 1 de marzo de 1911 (Gaceta de 5 de marzo); señalaba además que había “explicado varios cursos completos y sin interrupción la asignatura objeto del concurso” (lo había hecho, ciertamente, durante los cursos 1900-01, 1901-02 y 1902-03); el Rector de Salamanca, al margen, informaba favorablemente. La Comisión permanente del Consejo de Instrucción Pública dictaminó el 1 de diciembre sobre la propuesta favorable al concursante del Negociado y Sección correspondientes del Ministerio: la de Isidoro Iglesias era la única solicitud y en virtud de las disposiciones vigentes y de sus méritos se proponía la provisión de la cátedra a su favor. Así pues, por Real Orden de 11 de diciembre de 1917 se le nombró catedrático numerario de Instituciones de Derecho Canónico de la Universidad de Santiago de Compostela, con un haber anual de 4000 pesetas. El 24 de diciembre solicitó al Ministerio se le permitiese tomar posesión en Salamanca, pues necesitaba tiempo para trasladar casa y familia. Se le autorizó por Real Orden cuatro días después, y tomó posesión el 1 de enero de 1918.

Quiso el catedrático volver a Salamanca, pero sólo pudo acercarse. Por Real Orden de 30 de octubre de 1918 se anunció concurso de traslado para proveer la cátedra de Historia General del Derecho Español de la Universidad de Salamanca. El mismo día se anunció también concurso de traslado, conforme al Real Decreto de 30 de abril de 1915, para la de Instituciones de Derecho Canónico de la Universidad de Valladolid. Isidoro Iglesias presentó sendas instancias el 11 de noviembre para concurrir a ambos concursos. El día 30 del mismo mes presentó nueva instancia en la que manifestaba que deseaba con preferencia la cátedra de Historia del Derecho de la Universidad de Salamanca; el aspirante argumentaba en su solicitud la analogía entre la materia que desempeñaba y aquella a la que aspiraba en su Universidad de origen, debido a la influencia que el Derecho canónico había ejercido en la formación de “nuestro Derecho patrio”. Sin embargo, el Negociado y la Sección correspondientes del Ministerio propusieron que se declarase desierto el concurso salmantino, pues la asignatura pretendida no figuraba en la Real Orden de 24 de mayo de 1902 como análoga a la de su titularidad, y que fuese nombrado catedrático de Valladolid; requerido el pronunciamiento del Consejo de Instrucción Pública, su Comisión permanente emitió dictámenes el 9 y el 11 de enero de 1919 referidos, respectivamente, a las cátedras de Historia del Derecho de Salamanca y a la de Derecho Canónico de Valladolid; en ellos proponía se declarase desierto el primero y se proveyese para Isidoro Iglesias la cátedra vallisoletana. No constan en el expediente las fechas de nombramiento y toma de posesión, pero el 5 de diciembre de 1919 ascendió en el escalafón ya como catedrático de la Universidad de Valladolid.