10 de enero de 1870: nombrado auxiliar para la cátedra vacante de derecho canónico en la Universidad Central por el paso de Eugenio Montero Ríos al ministerio de Gracia y Justicia. Ocupa el cargo hasta final del curso.

En 1872, solicita tomar parte en las oposiciones para cubrir la cátedra de procedimientos, vacante en Oviedo. En aquella ocasión, recusa a dos miembros del tribunal: Benito Gutiérrez y Benigno Cafranga.

4 de abril de 1874: real orden de la fecha nombrándolo, en virtud de oposición, catedrático numerario de teoría y práctica de los procedimientos judiciales y práctica forense de la Universidad de Oviedo. Toma posesión el 9 de abril. En 7 de mayo del mismo año, nombrado, en virtud de concurso de traslado, titular de la cátedra de disciplina general de la Iglesia y particular de España de la Universidad de Valencia, de la que toma posesión el 20 de junio.

20 de abril de 1875: junto a los catedráticos Eduardo Pérez Pujol y José Villó y Ruiz, protesta contra unas disposiciones del gobierno aprobadas el 26 de febrero, solicitando su derogación, por atentatorias de la libertad de enseñanza. Por orden del 27 del mismo mes se transmitió oficio al rector de la Universidad de Valencia, para que diese conocimiento a los interesados, de que se había mandado sin más archivar su protesta. Eduardo Soler contestó el 17 de mayo a esta última orden ministerial: «el modo con que se ha procedido contra ellos [en referencia al profesorado que declaró su desobediencia a las citadas disposiciones, entre los que figuraban Francisco Giner de los Ríos, Gumersindo de Azcárate, Nicolás Salmerón, Emilio Castelar o Eugenio Montero Ríos], inaugurando una época de persecuciones, que hasta ahora en la historia de nuestras discordias civiles, no había trascendido de la esfera de los partidos políticos militantes, y más aun, el menosprecio con que por el Gobierno se ha mirado la actitud de aquella posicion del Profesorado, tanto mas digna de tenerse en cuenta cuanto mas que otra alguna ha expresado concretamente el alejamiento de la política de la vida de la Enseñanza pública, juntamente con la desestima que en la ocasion presente se ha tenido á la opinion de la Europa culta manifestada resueltamente en la prensa mas imparcial y agena á nuestras internas luchas, exigen de los que solicitaron del gobierno la derogacion de las indicadas medidas resoluciones que guarden analogía con la actitud del mismo, el que suscribe debe declarar: 1º Que no siendo la obediencia á las disposiciones emanadas de los Poderes públicos, incondicional y absoluta, de suerte que haya de prestarse siempre, sin exámen de su contenido y de su relacion con otras á que puedan afectar (doctrina, por fortuna para la Nacion y el Estado, jamás enseñada en las aulas y contradicha terminantemente en distintos monumentos legales antiguos y modernos), al someter al criterio jurídico el Decreto y Circular de 26 de Febrero, el que suscribe halla que en ellos se desconoce la independencia del profesorado en el hecho de imponer límites á la obra de la enseñanza de la Ciencia, cuya imposicion no solo repugna á la naturaleza de la misma sino que significa que el Estado se considera competente en la investigacion de la verdad, como si de ella, aun queriéndolo, pudiera ser Juez ó Maestro; en cuya absorbente tendencia tiene contra sí no solo la Escuela que no reconoce otra autoridad en el órden científico que la de la Razon, sino la que á él por el momento interesa más, ó sea aquella que, contando en su seno insignes Prelados, ha combatido en Alemania, Bélgica y Francia, durante el régimen parlamentario, en pro de la libertad de la Cátedra y contra lo que el Obispo de la histórica Maguncia llamaba el absolutismo del Estado. 2º. Que contra la doctrina usualmente enseñada en las cátedras de Derecho y sobre la cual existe plena conformidad entre todos nuestros jurisconsultos, de que cada Poder reforma sus propios actos con otros de igual género (las Leyes con las Leyes, los Decretos con los Decretos), doctrina admitida y expuesta con repeticion por el Tribunal Supremo de Justicia, al declarar que las R.O. publicadas no pueden derogar los preceptos consignados en las Leyes, no por consiguiente tienen fuerza de ley, la Circular dictada por V.E. pretende derogar, entre otras disposiciones, el Decreto de 21 de Octubre de 1868, que por referirse á puntos establecidos en la Ley de instruccion pública, derogándola en ellos, no puede menos de ser considerado como dictado por el Gobierno provisional, ejerciendo el Poder legislativo, y en tal concepto fué elevado á Ley por otra de las Cortes Constituyentes en 20 de Junio de 1869; sin que obste alegar las facultades discrecionales de que en los momentos actuales está investido el Gobierno, pues, aun en su ejercicio, el mismo distingue el diferente valor de sus disposiciones, en el hecho de llamarlas Decretos, Reales Ordenes, Circulares ó Reglamentos y requerir cada una diversas solemnidades externas. Estas consideraciones, cuyo valor solo la pasion puede amenguar, sirven para justificar la conducta que en vista de las medidas de 26 febrero último, han creido deber adoptar los Profesores, que obrando de tal suerte, demuestran en cuanto estiman el imperio de la Ley, al cual antes que á toda otra disposiciones que á ella se oponga, han ajustado sus actos», invocando, en definitiva, «los vicios legales de que adolec[ían]» aquellas disposiciones gubernativas, que le «eximían de su cumplimiento».

Esta respuesta supuso la suspensión indefinida de empleo y sueldo, «por su desobediencia y violenta actitud», acordada por orden del 26 de mayo de 1875. Medida que implicaba, de acuerdo con la legislación vigente, la apertura de expediente disciplinario promovido por el consejo universitario de Valencia, el cual se reunió en sesión de 15 de octubre para tratar el asunto: en esta reunión el rector propuso que se hiciese constar «primero, si dicho señor presentó oportunamente el programa de su asignatura; y segundo, que se pasara una comunicación al Sr. Decano de la facultad de Derecho para que se sirviera informar oyendo á los Jurados que han actuado en los examenes de la asignatura del Sr. Soler sobre si las doctrinas emitidas por dicho señor en su Cátedra se hallaban ajustadas á los principios establecidos en la circular del Excmo. Sr. Ministro de Fomento de 26 de febrero», propuesta que fue aprobada por el consejo. Se aprobó también pasar a Soler el «pliego de cargos» elaborado por el rector a fin de que «contestase á los mismos».

El mismo 21 de octubre, el decano de la facultad, Antonio Rodríguez de Cepeda, elevaba el informe solicitado, consignando lo siguiente: «Los catedráticos de esta Facultad, Sres. Manuel Bartolomé Tarrasa, D. Juan Jusen y D. Juan Espinos, que en el último curso han formado el tribunal de exámen de la asignatura de Disciplina eclesiástica a cargo del catedrático Sr. D. Eduardo Soler, me han manifestado que á juzgar de las doctrinas vertidas por dicho Señor en la cátedra de su cargo tanto por el programa que les entregó, para que con sugecion a él se verificasen los exámenes, como por las contestaciones dadas por los alumnos, no han encontrado en ellas punto alguno en que no esten conformes con los principios establecidos en la circular del Excmo. Sr. ministro de Fomento».

Y el 24 de octubre, Eduardo Soler contestaba al pliego de cargos: «Acatando y respetando la autoridad del Gobierno […] presto á sus órdenes aquella obediencia que puede exijirse racionalmente de todo hombre, esto es, la obediencia debida, ‘la que no pugna con ningun otro deber directo y de mas importancia’, como entiende Pacheco comentando el Código. Obediencia debida, que enseñada sin interrupcion por los Doctores de la Iglesia, singularmente por St. Tomás, ha sido recordada recientemente por el Episcopado alemán como reguladora de sus relaciones con el Poder civil y es precepto legal en España, y como tal obligatorio sobre cualquier otro de menos valor, porque la consignan la ley 2ª, tít. 4º, lib. 3º de la Novísima Recopilación, el art. 8.12 del Código penal vigente y con directa aplicación al caso, el 380 del mismo, puesto que las disposiciones de 26 de Febrero último pugnan abiertamente con los arts. 21, 27 y 30 de la Constitucion, expresamente mantenidos por el Gobierno, como lo atestiguan los hechos. Tomando por norma de mi conducta estas disposiciones, cumplo con las leyes, las cuales deben servir de base para la interpretación de los arts. 18 y 19 del Reglamento de 22 de Mayo de 1859, excluyendo toda posibilidad de contradiccion y mas aun, de derogacion de parte de estos, el valor subordinado que al Reglamento en concurrencia de la Ley se atribuye. Por no caber ignorancia de estas doctrinas, que repugna tener que recordar en plena civilizacion moderna, no ha podido menos de extrañarme que en la R.O. de 26 de Mayo, por la cual se me impone una suspension que en sí misma está fuera de los Reglamentos vigentes y en sus efectos es una abierta infraccion del art. 27 del de 22 de Mayo de 1859, se califique de violenta mi actitud, y mas aun, que el Consejo universitario, sin pararse á considerar, cuando ménos, que según los términos de la R.O. esta actitud se expresa de una manera reverente, acepte la calificación y la presente como uno de los cargos á que debo contestar. A la ilustracion del mismo queda apreciar si es violento obrar conforme á la Ley y si á lo que intenta derogarla y sustituirla con el puro arbitrio, no ya la Razon ilustrada del jurisconsulto sino el sentido comun, lo ha considerado alguna vez como legal».

El 6 de noviembre vuelve a reunirse el consejo para «dictar sentencia». Enumerados los antecedentes del caso, se establece lo siguiente: «en la conducta del Catedrático D. Eduardo Soler y Pérez hay una discrepancia notable entre sus actos y sus palabras, pues mientras con aquellos obedecía las órdenes del Gobierno, presentando dentro del plazo fijado el programa de su asignatura, en el cual no en las doctrinas emitidas en sus explicaciones hay nada contrario á la circular de 26 de Febrero […], con sus palabras, consignadas en la exposicion que ha dado motivo á la formacion de este expediente negaba al Gobierno competencia para vigilar acerca de las doctrinas vertidas en la enseñanza oficial, atribuyendo al profesorado encargado de ella una independencia absoluta en lo que llama investigacion de la verdad, independencia cuyas consecuencias podrían llegar al extremo de que el profesor de Química enseñase la Alquimia, el de Astronomía la Astrología judiciaria y el de moral, el Ateísmo y como consecuencia de él la negacion de todo orden y ley moral […] Considerando que esta discrepancia solo puede explicarse por un exagerado espíritu de compañerismo hacia la exigua minoría de profesores que desconociendo la suprema inspeccion que á todo Gobierno compete y no puede menos de competir sobre la enseñanza oficial costeada por el Estado, se negaron á obedecer lo mandado en el Real decreto de 26 de febrero, que se propuso hacer efectiva aquella suprema inspeccion consagrada en el artículo ciento cincuenta y siete de la ley de Instrucción pública. / Considerando que por parte del Catedrático D. Eduardo Soler no llegó á haber verdadera desobediencia, puesto que obedeció y cumplió con lo mandado por el Gobierno, sino un desconocimiento de la inspeccion suprema que á este compete y debe competir sobre la enseñanza pública […] y un alarde de independencia de caracter, hijo quizá de la dependencia de compromisos y afectos de compañerismo que al parecer le ligaban con los profesores cuya conducta se limitó a defender aunque sin imitarla […] Considerando que la teoría de la obediencia debida que el Catedrático D. Eduardo Soler expone […] es completamente inoportuna é inaplicable al caso; pues para que lo fuera sería preciso, que la prohibicion contenida en dicha circular de enseñar doctrinas contrarias al dogma Católico ó á la Monarquía constitucional pugnase con otro deber directo y de más importancia, deber que no existe, pues aun suponiendo vigentes los artículos 21, 27 y 30 de la Constitucion de 1869, el 21 al garantizar el ejercicio público ó privado de cualquier otro culto que el Católico, no impone á los que los profesen el deber de inculcar sobre todo en la enseñanza oficial máximas contrarias á aquel; el 27 al declarar que todos los españoles son admisibles á los empleos y cargos públicos, no les impone el deber de obrar, en el ejercicio de tales cargos, contra la religion católica, que es la de la inmensa mayoría de los españoles, ni contra la Monarquía constitucional; y para que el 30 fuera aplicable á este caso era preciso que al abstenerse de inculcar en la enseñanza oficial doctrinas contrarias á la Religion Católica ó á la Monarquía constitucional cumpliendo la circular de 26 de Febrero se cometiese con ello una infraccion manifiesta clara y terminante de una prescripción constitucional. / Considerando por todo ello, que el cargo de desobediencia al Gobierno ha quedado desvanecido […] pero subsiste el de haber desconocido y negado la autoridad del mismo Gobierno en los términos inconvenientes en que hizo en su exposicion […] Considerando que este desconocimiento y negacion de la autoridad del Gobierno constituye una falta de disciplina contraria a la subordinacion de la que los profesores deben dar ejemplo. / El Consejo propone que sirviendo de pena al Catedrático D. Eduardo Soler y Perez la suspensión sufrida, se le aperciba de ser tratado con mayor rigor, si en lo sucesivo desconociendo la legítima autoridad del Gobierno incurriere en semejantes faltas».

Estando suspendido, entre 1876 y 1881, explica en la Escuela de Institutrices, perteneciente a la Asociación para la Enseñanza de la Mujer, la asignatura de psicología. Durante el curso 1879-80, se encarga de la asignatura de nociones de legislación mercantil en la Escuela de Comercio de la citada asociación pedagógica. Durante el curso de 1876 a 1877, profesa derecho mercantil y penal en la escuela de derecho de la Institución Libre de Enseñanza, en cuyos estudios de segunda enseñanza también sirve como profesor, concretamente de lógica y ética, durante los cursos de 1877 a 1880.

30 de marzo de 1881: repuesto en su cátedra de disciplina eclesiástica en la Universidad de Valencia por derogación de la real orden de 26 de mayo de 1875, con abono de todos los haberes que había dejado de percibir debido a la suspensión. Tomó posesión el 30 de abril.

El 25 de septiembre de 1884, debido a la reorganización de los estudios de la facultad de derecho, se le confirma en el cargo de catedrático, encargándosele la cátedra de derecho político y administrativo de la Universidad de Valencia.

Entre 1886 y 1887 toma parte del concurso para proveer la cátedra de instituciones de derecho canónico de la Universidad Central, siendo propuesto en segundo lugar por el Consejo de Instrucción Pública. En febrero de 1891, aspira por concurso a la cátedra de historia y disciplina de la iglesia, vacante en la Universidad Central.