El 11 de marzo de 1826 fue designado sustituto de la cátedra de Instituciones Canónicas por nombramiento de la Junta de Estudios de la Universidad de Toledo. De acuerdo a los certificados, este nombramiento se realizó en calidad de ‘Regente de Jurisprudencia’. En la comunicación de marzo de 1826 donde se informa del nombramiento se indica: «Con la Junta de Estudios de esta Real Universidad autorizada competentemente por el Claustro general, he nombrado a V.S. para regentar la Catedra de Instituciones canonicas cuarto años de la carrera de ambos derechos; y al paso tengo la satisfacción de comunicárselo, espero que contribuirá con todo celo al cumplir este encargo con el mayor esmero por el bien y adelantamiento de la juventud, esperando así mismo me haga aviso de recibo de este y aceptación de este encargo».

En noviembre de 1828 se convierte en Catedrático en propiedad de la Universidad de Toledo. De acuerdo a la Real Cédula que contiene su nombramiento como ‘Catedrático propietario en la Universidad literaria de Toledo y toma de posesión’, con fecha 22 de noviembre de 1828: «Don Fernando Séptimo por la gracia de Dios, Rey de Castilla […] Por cuanto hallándose vacante en la Universidad de Toledo, la Catedra primera de instituciones Canónicas se sacó á concurso y fijaron edictos, se nombraron los censores y Jueces de la oposición y verificada esta se remitió el espediente á nuestra Inspección General de Instrucción Pública, la cual en consulta de diez de Octubre anterior me propuso lo que tuvo por conveniente y por Real resolución de 28 del mismo, he venido en nombrar para la citada catedra a el Dr. D. Manuel Calisto Manso. Por tanto mando que jure y tome posesión… haciendo que os guarden las exenciones y preeminencias que os corresponden y deban ser guardadas según y como se practicó con vuestros antecesores».

La toma posesión de la Cátedra se produjo el 6 de diciembre de 1828. Es interesante el relato que hace del acto José Maza, Maestrescuela Dignidad y Canónigo en la Santa Iglesia Primada de las Españas, Rector de su Real y Pontificia Universidad. Según este último, después de leer el juramento de rigor ante testigos, «prevenido en el artículo ciento sesenta y siete del Plan de Estudios vigente y estatutos de esta Universidad, lo que verificó en forma legal; y tomándole su Señoría de la mano le subió y sentó en la Catedra, haciendo otros actos en señal de posesión real, actual, corporal, vel quasi de la Cathedra de Instituciones Canónicas, la que tomó quieta y pacíficamente, sin contradicción alguna».

Con el plan de 1842, se confirma su situación. El Sr. Presidente de la dirección general de Estudios, Solanot, en comunicación del 19 de Octubre de 1842, indica sobre la distribución de profesores de leyes y cánones: «Excmo. Sr. S.A. El Regente del reino, en vista de las comunicaciones de esa dirección de 11 y 13 del actual de los estados remitidos por V.E. en consecuencia de la órden del 17, se ha servido disponer que los actuales profesores de leyes y cánones se encarguen en el inmediato curso de las enseñanzas designadas en las adjuntas distribuciones. En ellas se ha procurado conservar la mayor parte de los maestros en iguales ó muy análogas enseñanzas que las que actualmente desempeñan, y se he reducido el número de excedentes a alguno de los sustitutos de cada escuela, los cual segun esa dirección no pueden alegar ningunos derechos á recompensas ó indemnizaciones. […] Distribuciones de los profesores de Leyes y de Canones en Cada Universidad citadas en la Orden Anterior. Universidad Literaria de Toledo […] 4.° D. Manuel Calixto Manso, catedrático propietario de instituciones canónicas, queda en la misma enseñanza. Madrid 19 de Octubre de 1842. Solanot. Sr. Presidente de la dirección general de Estudios. (Extraído de: Colección de las Leyes, Decretos y Declaraciones de las Cortes y de los Reales Decretos, ordenes, resoluciones y reglamentos generales expedidos por las Secretarías del Despacho. Desde el 1de julio hasta fin de diciembre de 1842. Tomo XXIX. De orden de S.M., Madrid en la imprenta nacional. Año de 1843. Páginas: 407, 417-418).

Ante la supresión de la Universidad de Toledo, decretada por el Plan de Estudios de 17 de septiembre de 1845, solicita una certificación del Secretario del Gobierno Político de Toledo ‘de haber continuado en la enseñanza sin interrupción alguna de tiempo desde el 4 de marzo de 1826 hasta el 28 de septiembre de 1845 que S.M. le trasladó á la Universidad literaria de Barcelona’. La certificación es firmada por el Secretario del Gobierno Político de la Provincia por orden del Jefe Político.

De tal manera, el 28 septiembre de 1845 pasa a ser catedrático de Derecho Canónico en la Universidad de Barcelona por Real Orden. De acuerdo al texto de esta ‘Real orden de traslación á la Universidad literaria de Barcelona y toma de posesión en la misma’ a D. Manuel Calixto Manso ‘se le designa para la asignatura de Derecho Canónico de la facultad de Jurisprudencia de la Universidad de Barcelona con el carácter de propietario’ en el cuarto año de la carrera.

En esta etapa en Barcelona se hace una evaluación de su desempeño en la Cátedra. De acuerdo a un ‘Informe acerca de las calidades personales de cada uno de los catedráticos de la Universidad de Barcelona, que da el Rector de la misma al Gobierno de S.M. en cumplimiento de RR.OO. de 24 de octubre de 1845 y 30 de abril de 1846’, la evaluación que se hace del Catedrático es la siguiente: «Doctor don Manuel Calixto Manso, Catedrático de 4.° año. Su asignatura, Historia e Instituciones de Derecho Canónico. Este sujeto, que también es eclesiástico, fue traslado en el planteamiento del nuevo Plan de la suprimida Universidad de Toledo a la presente y, durante el poco tiempo que enseña en ella, ha dado pruebas de una conducta muy arreglada, ha cumplido con todas las obligaciones de su cargo, ha asistido con puntualidad a su Cátedra, ha sabido hacerse respetar de sus discípulos, no ha tenido repasos en su casa, su moralidad es la que ha correspondido a su estado, posee el saber y capacidad necesaria para el desempeño de su Cátedra, es de una edad regular y sin achaques, y por lo tanto, es muy acreedor a que continúe en ella» [Documento citado por Palomeque Torres, p. 125 ver infra].

El 12 junio 1847 por Real Orden de S.M. se le concede la categoría de catedrático ascenso en la Facultad de Jurisprudencia.

Mediante carta del 6 noviembre de 1847 solicita su jubilación, dado que motivada por ‘impedirle continuar con el desempeño su quebrantada salud’, acompañando la documentación correspondiente. Se le concede la jubilación por Real Orden. Al acceder a la instancia promovida, se ordena la jubilación de catedrático con el sueldo que por clasificación le corresponda.

Lo anterior motivó a que el Catedrático presentara documentos para justificar sus servicios para que proceda la calificación. La Junta de Calificación de Derechos de los Empleados Civiles encontró problemas para determinar su sueldo y solicitó a la Dirección de Instrucción Pública que informe de los salarios históricos. Siendo Director General de Instrucción Pública Antonio Gil de Zárate, se generó un procedimiento de averiguación de los salarios pasados. Se remitieron comunicaciones y respuestas entre Instrucción Pública, Universidades y la Junta. Finalmente, la Junta de Calificación de Derechos de los Empleados Civiles le reconoció como tiempo de servicios 29 años, 3 meses y 24 días, ‘previa deducción, por el tiempo en que sirvió de sustituto de la cátedra de Instituciones Canónicas por nombramiento de la Junta en 1826’.