Durante la guerra civil, Francisco Marcos permaneció en la zona republicana, actuando como Vocal del Tribunal de Garantías Constitucionales.

Las autoridades franquistas incoaron contra él expediente de depuración. El 24 de septiembre de 1937 se dictó resolución mediante la que se le imponía la sanción de separación definitiva del servicio y se acordaba su inhabilitación para cargos directivos y de confianza, decretándose su baja en el escalafón de catedráticos de Universidad.

El 4 de febrero de 1939 Francisco Marcos pasó a Francia, siendo internado en un campo de concentración, desde donde fue trasladado a un hospital militar, para pasar después a un hospital civil de la ciudad francesa de Béziers.

Desde este hospital remitió el 22 de mayo de 1939 un escrito dirigido al Vicepresidente del Gobierno español, en el que decía que los “rojos” lo habían trasladado desde Barcelona a Francia “a la fuerza, y haciéndome creer, además, que me llevaban a un aeródromo de la L. A. P. E. para ir en avión a Albacete”. Asimismo, felicitaba “al Generalísimo y, en su persona, a nuestra Patria”, y ofrecía al “nuevo Régimen” su “firme adhesión” y su “obediencia incondicional”. Concluía en los siguientes términos: “Pediré el reingreso […] y anhelo volver a España, lo cual ahora no puedo hacer por imposibilidad física, pero ahora no se trata de pedir nada, sino de cumplir con un elemental deber de español y de caballero”. Pocos días después, el 29 de mayo de 1939, envió otro escrito al Vicepresidente del Gobierno español en el que subsanaba un error en que había incurrido en su escrito anterior.

El 22 de septiembre de 1939 regresó a España a través de la frontera de Irún. La Comandancia Militar de Fuenterrabía le expidió una autorización para trasladarse a Madrid, con el fin de presentarse ante el Gobernador Civil y las autoridades docentes. El 23 de septiembre de 1939 llegó a Madrid.

El 15 de noviembre de 1940 el Ministerio de Educación Nacional acordó, a petición de Francisco Marcos, incoar el procedimiento de revisión de su expediente de depuración.

El 29 de julio de 1941, mientras se tramitaba el expediente de revisión, Francisco Marcos Pelayo presentó una instancia pidiendo que le fueran abonados sus haberes de catedrático correspondientes al mes de julio de 1936 y a los veinticuatro primeros días del mes de agosto de 1936. La razón por la que limitó su solicitud a los primeros veinticuatro días de agosto de 1936 radicaba en que, desde el día 25 del mismo mes, había actuado como Vocal del Tribunal de Garantías Constitucionales, percibiendo la correspondiente retribución. El Ministerio de Educación Nacional acordó archivar aquella petición hasta que se resolviera el expediente de revisión de la depuración.

El 7 de agosto de 1946, cuando aún estaba a la espera de resolverse el procedimiento de revisión de su expediente de depuración, Francisco Marcos falleció.

El 13 de enero de 1947, su viuda presentó una instancia en la que, a efectos de poder solicitar la pensión de viudedad, pedía que se le expidiera un certificado en el que se hiciera constar la fecha en que su marido había cesado en el desempeño de la cátedra que tenía adscrita en la Facultad de Derecho de la Universidad de la Laguna.

El 14 de junio de 1947 el Director General de Enseñanza Universitaria pidió al Juez Superior de Revisiones que le comunicara la propuesta o resolución que se hubiera adoptado respecto de la revisión del expediente de depuración de Francisco Marcos.

El 25 de noviembre de 1947 el Ministerio de Educación Nacional, “en atención a las circunstancias que concurren en dicho expediente” acordó “declarar a Don Francisco Marcos Pelayo depurado sin sanción alguna, debiendo trasladarse esta Orden a la Dirección General de la Deuda y Clases Pasivas en cuanto a los derechos que a sus derechohabientes por clasificación les corresponda, con pérdida de los haberes activos no percibidos por el causante”. Así pues, se dejaban sin efecto, aunque a título póstumo, las sanciones que se le habían impuesto en el expediente de depuración.

El 9 de diciembre de 1947 el Ministerio de Educación Nacional dictó otra resolución como complemento de la Orden de 25 de noviembre de 1947, reconociendo a Francisco Marcos “la situación escalafonal que le correspondía en la fecha de su fallecimiento”.

No se conservan las pruebas de que hizo uso Francisco Marcos en el procedimiento de revisión de su expediente de depuración, pero probablemente fueron las mismas que aportó al expediente de responsabilidades políticas tramitado contra él, al que se hará referencia a continuación.

El expediente de depuración no fue el único procedimiento sancionador abierto contra Francisco Marcos. El 18 de octubre de 1939 el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Albacete acordó incoarle un expediente, encargándose de su tramitación el Juzgado Instructor Provincial de Responsabilidades Políticas de Cuenca. A su vez, el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Las Palmas, que no tenía noticia del expediente que se estaba tramitando en Cuenca, ordenó incoarle otro expediente el 12 de marzo de 1940, atribuyéndose la instrucción del procedimiento al Juzgado Instructor Provincial de Responsabilidades Políticas de Santa Cruz de Tenerife.

El 26 de agosto de 1941 Francisco Marcos presentó un escrito ante el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Madrid en el que manifestaba que, a su juicio, era ese Tribunal el competente para conocer de los expedientes incoados por los Tribunales Regionales de Responsabilidades Políticas de Albacete y Las Palmas, ya que él tenía su vecindad en Madrid desde antes de la guerra civil.

Pero el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Albacete requirió de oficio al Tribunal de igual clase de Las Palmas, a fin de que se inhibiese de seguir conociendo del expediente incoado contra Francisco Marcos, con la consiguiente remisión de las actuaciones al Tribunal requirente. Así lo acordó el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Las Palmas mediante Auto de 9 de diciembre de 1941.

Como consecuencia de lo previsto en la Ley de 19 de febrero de 1942, que modificó la Ley de Responsabilidades Políticas, las competencias que esta Ley atribuía a los Tribunales Regionales de Responsabilidades Políticas fueron asignadas a las Audiencia Provinciales, y, a su vez, las funciones encomendadas a los Juzgados Instructores Provinciales de Responsabilidades Políticas pasaron a ser ejercidas por los Juzgados de Instrucción ordinarios. Por ello, el Tribunal Regional de Responsabilidades Políticas de Albacete remitió el expediente abierto contra Francisco Marcos a la Audiencia Provincial de Cuenca, la cual encargó la instrucción del procedimiento al Juzgado de Primera Instancia e Instrucción de Belmonte, por encontrarse en este partido judicial la localidad natal del inculpado.

El 16 de diciembre de 1942 Francisco Marcos presentó otro escrito ante la Audiencia Provincial de Madrid, insistiendo en que era esta Audiencia la competente para conocer del expediente, porque él tenía su residencia en Madrid desde antes de la guerra.

El 9 de marzo de 1943 la Audiencia Provincial de Madrid dictó un Auto aceptando la tesis propugnada por el inculpado respecto de la determinación del Tribunal competente, y acordó requerir de inhibición a la Audiencia Provincial de Cuenca. Mediante Auto de 22 de junio de 1944, la Audiencia Provincial de Cuenca acordó su inhibición y ordenó remitir el expediente a la Audiencia Provincial de Madrid.

Los dos cargos principales que se imputaban a Francisco Marcos eran: a) haber militado en el Partido Socialista Obrero Español; b) haber sido compromisario en la elección de Manuel Azaña como Presidente de la República.

El inculpado refutó documentalmente y de forma concluyente el segundo cargo. En cuanto a la otra imputación, admitió que había estado afiliado al Partido Socialista Obrero Español desde octubre de 1933 hasta diciembre de 1938, pero que no era “exacto que se haya significado en actividades políticas y que, si bien estuvo ‘camuflado’ en la Agrupación socialista madrileña, lo fue atendiendo a los consejos de amigos suyos derechistas por el peligro personal que corría por haber pertenecido a la Unión Patriótica y votado a favor de Don José Calvo Sotelo”, y que la otra finalidad perseguida al ingresar en el Partido Socialista consistió en “defenderme de las persecuciones de que era víctima por parte de la Institución Libre de Enseñanza”.

Francisco Marcos aportó una ingente cantidad de testimonios y documentos que acreditaban que había utilizado su influencia como Vocal del Tribunal de Garantías Constitucionales para salvar la vida y conseguir la excarcelación de numerosas personas que sufrieron persecución en la zona republicana. Asimismo, el imputado alegó insistentemente en su defensa el hecho de que no había sido detenido ni había estado preso desde su regreso de Francia.

No se conserva copia de la resolución definitiva del expediente. Pero el informe de 20 de marzo de 1944 redactado por el Juez de Instrucción de Belmonte es extremadamente benévolo para el inculpado. Aunque reconoce la militancia socialista de éste, señala que “no consta interviniese en la política activa y proselitista del partido y sí únicamente que dio alguna conferencia en el pueblo de su naturaleza, Pedroñeras, sobre temas más bien doctrinales”, y además “obran en la causa antecedentes sobre que frecuentemente empleó el singular ascendiente de que gozaba en las esferas gubernamentales de la zona roja, para apoyar y defender a diversos elementos perseguidos por el marxismo”.

Por ello, lo más probable es que el expediente terminara sin imposición de sanciones o, como mucho, con una sanción relativamente leve.