Ya en el curso 1843-44, a propuesta de su propietario, Francisco de P. Ruiz Marrón, y por acuerdo del claustro de la facultad, sustituye la cátedra de segundo año de sagrada teología. El curso siguiente, a propuesta de Ruiz Marrón y de Manuel Jesús Carmona, propietario de la cátedra de lugares teológicos, y por acuerdo del claustro, sustituye ambas asignaturas. En el año 1845-46, sirve la cátedra de tercer año, hasta finalizar el curso.

Casi al concluir ese curso, por orden del rector, Alberto Lista, del 29 de mayo de 1846, es nombrado regente agregado y secretario interino y único de la facultad de teología, por enfermedad, y después fallecimiento, de José Ramírez Cruzado. Desempeña el cargo de regente y secretario hasta el 30 de septiembre de 1847. Estos nombramientos fueron contestados por las autoridades académicas. El rector expuso en su descargo, el 22 octubre 1846, lo siguiente: «Gago fue elegido en defecto del Diputado D. José Ramírez Cruzado; y su elección parecía justificada ya en la necesidad de atender al servicio, ya en las atribuciones concedidas á los Rectores. Muerto el Secretario de la facultad teológica, era de suma urgencia habilitar persona que concurriese á los exámenes, á los grados, á los actos todos inherentes al servicio. Creada la plaza, designada expresamente en la plantilla de esta Universidad, y ocurriendo atenciones de interes y urgencia, era inevitable proveer á las necesidades presentes, para no causar perjuicios. A los Rectores se habilitó en la Real Orden del 28 de septiembre del año anterior para nombrar interinamente plazas vacantes con la obligación de dar cuenta al Gobierno. Así, nombrándose á Gago, y dándose parte a VE se pensó cumplir un deber […] Por lo demas, al elegido no se ha dado sueldo alguno, sin embargo de haber desempeñado puntualmente su oficio».

El curso de 1846-47, sustituye la cátedra de sagradas escrituras en ausencia de su propietario, Manuel López Cepero, y, continuando ausente a principios del curso posterior, la sirve hasta el 22 de Octubre de 1847.

Nombrado el 12 de noviembre de 1848 agregado sin sueldo de la facultad de teología; en calidad de tal, sustituye «las clases que se le encomendaron por ausencia y enfermedad de los respectivos profesores hasta la supresión de la Facultad en 1852, teniendo el cargo de dos clases á la vez y el nombramiento de Secretario interino de la misma desde 1849». Restablecida la facultad de teología, el 12 de noviembre de 1852, es propuesto para el nombramiento como catedrático interino de fundamentos de religión y lugares teológicos. Estimada la propuesta, desempeña esa cátedra, en calidad de interino, hasta finalizar el curso de 1855-56.

Entre marzo de 1855 y abril de 1856, concurre a las oposiciones para proveer la cátedra que sirve como interino. En el mes de abril de 1856, propuesto por el tribunal para que sea nombrado catedrático numerario de lugares teológicos y fundamentos de la religión de la facultad de teología de la Universidad de Sevilla. Atendiendo la propuesta, resulta nombrado para dicha plaza el 3 de julio.

Posibles reformas y arreglos inminentes de los estudios teológicos le pueden afectar. Escribe a la reina el 5 de septiembre de 1856: «Encargado de una familia que por circunstancias especiales no puede salir de Sevilla, ni el esponente abandonarla por el cuidado que necesitan la ancianidad de unos y la enfermedad de otros, se encuentra imposibilitado de pasar á otra Universidad mientras tenga estas obligaciones, y siempre temerá como un mal de consecuencias funestas para él, la traslación que algún dia pueda hacerse de la Facultad de Teologia de esta á otra Escuela. El temor cesará luego que se verifique el arreglo pendiente de los estudios del cual ha de resultar si se conserva ó no la enseñanza Teologica en la Universidad de Sevilla. Si el nuevo plan de estudios priva á esta escuela de dicha facultad, se encontrará el esponente con un destino honrosísimo pero inutil y dañoso por cuanto le privará de la plaza de segundo Bibliotecario con la que hoy ha susistido». Suplica entonces poder decantarse por un cargo o por otro hasta que se apruebe el nuevo arreglo de facultades. Se desestima su solicitud.

Sustituye la cátedra de tercer año de teología por ausencia del propietario desde 1º de diciembre de 1856 hasta la conclusión del curso en mayo de 1857. Desde el 1 de octubre de 1860 hasta el 17 de marzo de 1865 acumula la enseñanza de oratoria sagrada, recibiendo la gratificación pertinente solo hasta el 21 de diciembre de 1861, y desempeñando el servicio con carácter gratuito el resto del tiempo.

El 10 de diciembre de 1868 se le declara excedente por supresión de la facultad de teología, disfrutando de dos terceras partes del sueldo. El 3 mayo de 1870, «en vista de haberse negado a prestar juramento á la Constitucion del Estado», se ordena que deje de percibir sus haberes. Presenta alegaciones, asegurando que prestó juramento «pero con salvedades», algo admitido para profesores de religión por orden de 18 de abril de 1872. Su salvedad fue la siguiente: juró la Constitución «en cuanto esté conforme con la ley de Dios y doctrina de la Iglesia»; en sus alegaciones asegura que la suspensión de sueldo no tiene en cuenta que su salvedad «en nada afecta á la esencia del juramento y que está garantida por el Código fundamental», al reconocer la libertad de conciencia. Estimadas sus alegaciones, regresa a la situación de excedente, con dos terceras partes del sueldo.

Restaurada la monarquía, tanto él como su hermano, el sacerdote Francisco Mateos Gago, solicitan el 23 de septiembre de 1875 percibir los haberes atrasados por no haber jurado la Constitución «de un modo absoluto sino con formula especial», haberes correspondientes, en concreto, al periodo que va desde el 3 de mayo de 1870 hasta el 17 de agosto de 1872. En octubre de 1875 se le reconoce el pago de esos atrasos y se le coloca en expectativa de destino.

En aplicación del real decreto de 21 de julio de 1876, por orden del 26 del citado mes, se le devuelve al servicio activo, concediéndosele en propiedad la cátedra numeraria de disciplina general de la iglesia y particular de España de la facultad de derecho, sección de civil y canónico, de la Universidad de Sevilla, vacante por el paso a Madrid de Pedro López Sánchez. Toma posesión el 1 de agosto de 1876. El 26 de junio, había solicitado cubrir dicha vacante, y en el informe preceptivo, Manuel Bedmar, invocaba sus méritos, que «le han conquistado el buen nombre y consideración que goza entre las personas distinguidas de esta Ciudad». Categoría de término concedida el 26 de julio de 1890. Jubilado el 20 de octubre de 1900.