El 23 de febrero de 1939 solicitó desde Barcelona el reingreso a su cátedra de la Universidad de Valencia. Acompañaba a esta solicitud la declaración jurada preceptiva para ser depurado, fechada tres días antes, de la que se suministra a continuación una transcripción abreviada:

«[…] b) Al iniciar el Movimiento me encontraba en Madrid como Secretario del Tribunal de Garantías.

c) Para sumarme al alzamiento me he abstenido deliberadamente de todo acto que pudiese vigorizar la resistencia armada y he mostrado mi adhesión a la Causa Nacional en múltiples ocasiones, entre otras, como ejemplo, al retener en mi poder sin entregarla ni firmarla la hoja correspondiente al Tribunal de Garantías en el libro homenaje a Rusia que se preparó en 1937, la que envío con otra declaración jurada a la Vicepresidencia del Gobierno; haciendo una gestión en el SIM, á donde llegué invocando el cargo que desempeñaba, a favor de Manuel Tarragona a sabiendas de que dicho señor había eludido sus deberes militares en el ejército rojo; oponiendo resistencia a intervenir en actos públicos o radiados para los que recibió invitación; eludiendo con éxito las presiones que se me hicieron en Valencia para ingresar en la FETE, filial de las sindicales socialistas o comunistas, etc. etc.

d) Presté adhesión al Gobierno marxista al solicitar la continuación en mi cargo y en el escalafón universitario. Ambas peticiones fueron hechas bajo la coacción del peligro que significaba un distinto proceder.

e) Bajo el mando de jefes marxistas no he desempeñado ningún cargo que suponga acatamiento ni he obtenido ascenso, nombramiento ni remuneración especial; pero he de declarar que al ser trasladado por el Gobierno rojo con el Tribunal de Garantías a Valencia fui requerido por el Ministerio de Instrucción para tomar parte en unos cursillos de terminación de carrera que habían organizado siendo encargado de la asignatura de Filosofía del Derecho. Con esta declaración presento las notas que me sirvieron de guión en las explicaciones inspiradas principalmente en la obra del profesor Del Vecchio y otros autores alejados de todo materialismo histórico. Posteriormente al llegar a Barcelona, con el Organismo en donde yo servía, á fines de 1937, fui encargado de la explicación de un curso de Historia Política que, dado sin gran diligencia, no pasé de la Edad Antigua. Por mis explicaciones en Valencia no fui retribuido en ninguna forma […]

f) He cobrado personalmente hasta el 1º de Enero de 1939 mis haberes en el Tribunal de Garantías a más de una gratificación de diez pesetas diarias por desplazamiento que se nos concedió al salir de Madrid.

g) No he sido destituido ni declarado cesante desde el 18 de Julio sino por el contrario conformado en mi condición de catedrático, lo que puede explicarse por mi corta actuación (siete meses) en la Universidad de Valencia y ser por tanto poco conocido. Hasta 1932 permanecí en la Universidad de La Laguna en donde mi conducta tuvo una significación definida. Sirva de ejemplo el que habiendo sido nombrado Rector a propuesta del Claustro en Julio de 1931 al llegar a la inauguración de curso en octubre 1931 tuve un choque con la FUE por oponerme terminantemente a sus demasías y dimití del Rectorado.

h) No he pertenecido nunca a partidos políticos ni aun después de Julio de 1936 en que han sido frecuentemente buscados como salvaguarda.

[…] j) No he contribuido con cantidad alguna voluntariamente a favor de entidades políticas. Únicamente ha sufrido durante casi todo este periodo el descuento mensual de un día de haber que se había por el Habilitado contando con el asentimiento tácito de los que le sufríamos.

k) No he pertenecido nunca a la Masonería.

[…] m) Nunca me han sido encomendados trabajos de índole de guerra. Únicamente en Madrid fui requerido para hacer fortificaciones logrando eludir la coacción alegando otras ineludibles ocupaciones.

n) Nunca he pertenecido a Milicias o cuerpo armado.

[…] p) De lo que dejo manifestado pueden testimoniar: de mi gestión en favor de D. Manuel Tarragona, su padre D. Domingo Tarragona […]; de mi actuación en Canarias, el Magistral de la Catedral de La Laguna y auxiliar de la Universidad Heraclio Sánchez; de mi conducta general y política el Comandante médico Julián M. Renedo y por último solicito que sean oídos los señores Marqués de Lozoya y Sancho Izquierdo para que digan cómo tomé parte, en unión de ellos mismos, en los trabajos realizados por un tribunal constituido para nombrar un catedrático de Ciencia Política para el Centro de Estudios Universitarios que fundó El Debate en los primeros meses de 1936, lo que a mi juicio bien indica mis inclinaciones en materia política.

q) Por último he de declarar que sobre el día diez de Enero del corriente año apareció en los periódicos de Barcelona un manifiesto de protesta por las bombas caídas en el recinto universitario el 31 de Diciembre. Para que pueda juzgarse del grado de voluntariedad y expontaneidad con que yo puse mi nombre en el mismo hago notar que nunca hasta esa fecha había aparecido mi firma en los múltiples documentos publicados por los llamados intelectuales y no parece que fuese el mejor momento para iniciar los entusiasmos rojos cuando se veía como inmediato e ineludible el triunfo aplastante de las tropas Nacionales.

q’) Por haber tenido escasa relación con los medios universitarios limitándome a dar la cátedra cuando así era indispensable no conozco hechos de alguna importancia en relación con el Ministerio de Educación Nacional».

Adjuntaba una declaración del teniente coronel José Ferrero Rodríguez, fechada el 18 febrero de 1939, en el que éste afirmaba que le constaba «que la actitud política de dicho señor con anterioridad al 18 de julio era afín a las aspiraciones que persigue el glorioso Movimiento Nacional» y mencionaba que «iniciado este ha realizado actos de adhesión y simpatía de los que entre otros tengo noticia del estímulo y aliento que prestó al soldado Luis Serrano Díaz para que desertara del ejército rojo y pasase a las filas nacionales como así lo verificó ocupando hoy dicho soldado el puesto de Alférez provisional».

El 15 de diciembre de 1939 el juez depurador de universidades, Arturo Caballero Segares, enviaba un oficio a la Dirección General del ramo solicitando todos los datos y antecedentes del encausado. A principios de 1940, se le abrió un «sumarísimo de urgencia» por el juzgado militar de funcionarios. El 20 de febrero, el teniente juez militar al frente de dicho juzgado solicita al jefe de personal del Ministerio indicación del domicilio de Carlos Sanz Cid e información «sobre la conducta político social observada por el mismo durante el Glorioso Movimiento y antes de él». Esa solicitud llegó a primeros de marzo a Arturo Caballero, quien, en respuesta, comunicó que en su juzgado no se tramitaba el expediente de depuración de Sanz Cid, «sin duda por haber correspondido al Juez Especial nombrado para aquella Universidad», en referencia a la de Valencia. El 8 de marzo, el director general de enseñanzas superior y media enviaba al juez instructor del personal docente de la Universidad de Valencia noticia del requerimiento del juzgado militar. Finalmente, el 28 de junio de 1940, dicho juez instructor, que firmaba como F. Beltrán, examinada la solicitud, la declaración y los documentos aportados por Sanz Cid, proponía su rehabilitación sin sanción pero «conservando su situación de excedencia». El 4 de julio de 1940, el director general, en nueva respuesta a otro oficio del teniente juez militar encargado del sumarísimo (nº 56.863) que se le instruía, indicaba que aún no se había resuelto su depuración y que constaba solo que «el cargo que venía desempeñando» era «en el Tribunal de Garantías Constitucionales». El mismo director general, en oficio del 28 de octubre, indicaba que aún no había «recaído acuerdo alguno» sobre la resolución de su expediente depurador. Ya el 9 de noviembre de 1940, la Dirección General de Enseñanza Superior y Media, a la vista de la propuesta emitida por el juez instructor encargado del distrito valenciano, confirmaba su propuesta de rehabilitación manteniéndolo en excedencia.

Al ser, además de catedrático, técnico del Tribunal de Garantías, sufrió otro proceso de depuración de funcionarios, resuelto esta vez por orden del 22 de noviembre de 1940 (BOE, 5 de diciembre), que le readmitía sin sanción, pero sin prejuzgar «lo que pueda resolver respecto a su admisión el Ministerio de que dependa el interesado, en el caso de pertenecer, además, a otro Cuerpo de la Administración». Y tal era, en efecto, el caso de Sanz Cid. Su expediente de depuración como dependiente del Ministerio de Educación siguió, sin embargo, sin resolverse.

Todavía el 5 de enero de 1942 el juez instructor adscrito a la sección de justicia de la capitanía general de la primera región militar solicitaba a la Dirección General de Enseñanza Superior y Media, «con la mayor urgencia, informe de conducta social y política». El 20 de enero contestaba el director general indicando que aún no se había resuelto su expediente. El 1 de febrero del año siguiente, 1943, a la vista de la falta de resolución, el director general solicitaba del juez depurador del profesorado universitario de Valencia todos los antecedentes de su expediente de depuración. Si hubo una nueva respuesta o propuesta no queda rastro en su expediente personal. Así, tras varios años sin resolverse su depuración, ya en 1946, «recibidas instrucciones verbales del Sr. Ministro», se acordó su rehabilitación sin sanción, pero continuando en excedencia. La orden del 21 de febrero de 1946 sancionó su depuración en esos términos, sin acceso garantizado a la cátedra, a la que no volvería hasta 1961, dos años antes de jubilarse. El motivo para mantenerlo en excedencia era que habían pasado más de cinco años desde la orden que lo declaró excedente, por lo que, según la legislación vigente (ley de 17 de julio de 1918), debía pasar a la situación de excedente voluntario y su cátedra debía convocarse al turno de provisión que correspondiese, que fue finalmente el de oposición.