Fue notario por oposición de Sabiñán (Zaragoza) en 23 de junio de 1903 y, por permuta, de Brea (Zaragoza) en 24 de junio de 1905. Tras ejercer varios años como notario, se decantó finalmente por la carrera académica y docente en la universidad, aunque antes lo intentó como profesor de enseñanza secundaria. Presentó instancia para la cátedra vacante de latín en el Instituto de Canarias fechada en Zaragoza a 31 octubre de 1904; para la cátedra vacante de psicología, lógica, ética y rudimentos de Derecho del Instituto de Teruel, en Zaragoza a 25 octubre de 1905; para la cátedra vacante de lengua, literatura castellana de Instituto de Baeza, Zaragoza 25 octubre de 1905; para la de latín en el Instituto de Figueras Zaragoza 30 octubre de 1905; geografía descriptiva general de Europa y de España e historia de España e historia universal, en el Instituto de Baeza, Zaragoza 25 octubre de 1905, y geografía descriptiva general de Europa y de España e historia de España e historia universal en el Instituto de Mahón, Zaragoza 31 octubre 1904.

Desde el 2 de enero de 1905 hasta el 30 de septiembre de 1906 trabajó como profesor auxiliar interino gratuito en la Facultad de Derecho de Zaragoza. En el curso 1906-1907 fue nombrado profesor auxiliar interino retribuido en la misma Facultad, pero no tomó posesión de ese puesto ya que ganó en 23 de diciembre de 1906 la plaza de profesor auxiliar numerario de segundo grupo en la Facultad de Derecho de Zaragoza. Desde febrero de 1907 se hizo cargo de la cátedra de Historia General del Derecho español, y desde el 4 de abril del mismo año actuó como vicesecretario de la Facultad de Derecho. Cargo y enseñanza que seguía ejerciendo cuando se presentó a la oposición a cátedra en 1911. En 29 de octubre de 1910 había pedido permiso de traslado a Madrid para participar en los ejercicios de la cátedra de Historia General del Derecho en la Universidad de Valladolid.

Ingresó como catedrático por oposición el 5 de mayo de 1911 en Historia General del Derecho Español en la Universidad de Zaragoza, cesando como profesor auxiliar del segundo grupo en la Facultad de Derecho de dicha universidad.

Hacia 1911 Minguijón había realizado ya algunos trabajos para la enseñanza en Historia del Derecho, en concreto una serie de cuadernos de los que llegaría a publicar hasta 12 denominados Elementos de Historia del derecho español. Destacó como autor de obras de conjunto sobre Historia del Derecho Español, especialmente su Manual que apareció por primera vez en la editorial Labor en 1927 y contó con sucesivas ediciones. García-Gallo exponía esta opinión acerca de los manuales elaborados por Minguijón: “Juan Salvador Minguijón Adrián (n. 1874), en la Universidad de Zaragoza, renueva el contenido de la Historia del Derecho español. Llega a la cátedra a los treinta y seis años, abandonando el camino trillado de los viejos manuales, carentes de todo valor, para seguir las huellas de Hinojosa. Sigue de cerca el manual y los estudios de este, recoge las conclusiones de las monografías españolas aprovechables y tiene en cuenta las más autorizadas obras de conjunto publicadas en Alemania, Francia e Italia. No es tampoco, propiamente, un investigador, pero busca en los fueros municipales y en los Códigos de la Edad Media los datos necesarios para bosquejar un cuadro de conjunto de nuestras instituciones. Su atención se orienta hacia estas, con preferencia a las fuentes, y dentro de aquellas hacia las del Derecho privado. Con esta orientación ha comenzado a publicar, en cuadernos, una Historia del Derecho español, dirigida a la enseñanza, en los que en forma sumaria recoge las conclusiones más aceptables, superando rotundamente todos los manuales en uso aunque no llegue a escribir el apetecido”.