Por real orden de 8 de febrero de 1827 previa oposición, se le nombró catedrático de derecho patrio de la Universidad de Oviedo.

En febrero de 1827 tomó posesión de la cátedra de Historia, elementos e Instituciones de derecho patrio que ganó por oposición en la Universidad de Oviedo.

El 15 de enero de 1836 fue suspendido con un tercio de su sueldo (por real orden de 25 de diciembre de 1835, expedida por el Ministerio de la Gobernación). La suspensión estaba motivada por sus opiniones políticas. En realidad, según algunos testigos, se trataba de algo más: en uno de los informes se refiere que el verdadero motivo de la separación de la cátedra fue su voto como co-juez de la Real Audiencia en 1820 a favor de la pena de muerte para varios individuos de la Junta de Gobierno. Además, siempre mostró su desafección a las instituciones liberales.

El 9 de mayo de 1846, fue rehabilitado para volver a la enseñanza. Estuvo cesante hasta que el 25 de enero de 1851 fue nombrado catedrático de Historia e instituciones de derecho romano.

En 1852, su esposa presentó una instancia en la que hacía presente que continuos disturbios domésticos "la colocaron en la precisión de abandonar su casa y compañía de sus hijos, amparándose de la de su padre en el concejo de Gijón". Y que al morir su padre y no siendo posible volver al seno de la familia por fundados temores, se encontraba careciendo de todo recurso. Por ello, la Universidad ordenó que a Pérez Ortiz se le descontasen 8 reales diarios de su sueldo y se entregasen a su esposa. Ante el desacuerdo del catedrático, en 1857 el director general de Instrucción pública confirmó la medida adoptada por la Universidad.