El 10 de abril de 1939 suscribía su declaración jurada en el proceso depurador. En ella indicaba que el día 18 de julio de 1936 se encontraba en Madrid desempeñando el «cargo de interventor del Patronato Universitario», ciudad de la que no se apartó «un solo día, ni una sola hora».

Respecto a su posición política durante la guerra indicó lo siguiente: «[d]esde un principio, y por disparidad absoluta y repugnancia invencible a los crímenes cometidos en Madrid, rehuí la colaboración con el Gobierno del Frente Popular, haciendo propósito (que he cumplido honradamente) de no realizar acto alguno que significara apoyo o cooperación; en cambio, con mi actividad personal y profesional procuré ayudar a cuantos padecían persecución y favorecer a los elementos que, entre riesgos y dificultades, secundaban la causa nacional en esta zona». «No presté adhesión en ningún momento al Gobierno marxista, evitando toda ocasión de solidarizarme con sus actuaciones. Ni siquiera he firmado ningún Manifiesto de los múltiples que Profesores o intelectuales han lanzado en la Prensa española o extrajera. Y sin que ello implique mérito extraordinario, es de justicia proclamar que no siempre resultaba fácil ni cómoda esta abstención».

Sobre su labor profesional tras el golpe declaró lo que sigue: «Desde fines de Agosto al 30 de Septiembre de 1936 fui Secretario General […] Me nombró para dicho cargo (sin estar yo conforme, ni siquiera enterado) el Sr. Barnés (Don Francisco). Consulté con mi Decano, el Sr. Posada, y comprendimos que no había posibilidad de rehusar, como me hizo entender amablemente el propio Ministro. Desempeñé la función sin causar agravio ni daño a nadie (puede acreditarlo todo el personal de Secretaría); tuve la fortuna de no facilitar dato alguno contra Profesores o alumnos a las Comisiones de Milicias o Policía que con frecuencia acudían a buscarlo para perseguir a alguien; y abrigaba la esperanza de que, pasada la agitación existente, podría devolver la plaza a su legítimo titular (mi malogrado compañero Román Riaza), que en aquellos momentos no podía razonablemente actuar sin grave peligro. Pero el cambio de Ministerio, y las técnicas comunistas en que el nuevo Subsecretario pensaba inspirarse, determinaron mi apartamiento: el Sr. Naval, en nombre del Sr. [Wenceslao] Roces, me expuso en 30 septiembre que yo no servía para la tarea depuradora que debía de emprenderse; mostré mi conformidad con tal opinión, y cesé en el cargo. Mi sucesor, Don José Miranda, al despedirme yo de los Jefes de la Casa, y manifestar mi satisfacción por no haber herido a nadie, hubo de expresar que él iba con misión política, que no le permitiría análoga conducta. Me interesa hacer constar que durante mi breve etapa de Secretario no percibí más que 800 pesetas en números redondos (pues me pagué de mi peculio el teléfono y la correspondencia, e incluso los gastos de locomoción, cuando iba con algún dependiente a recoger firma, etc., etc., los aboné de mi bolsillo). Pues bien, esas 800 pesetas se distribuyeron en esta forma: 200 para la Institución protectora de Huérfanos de la Abogacía; 200 para la Institución protectora de huérfanos de la Tabacalera; 200 para el Consejo Nacional de Protección de Menores y 200 para el Montepío de Porteros de los Ministerios civiles. Es decir, que ni me lucré ni un céntimo, ni contribuí con nada a suscripciones de guerra: cuanto obtuve quedó deliberadamente para atenciones de tipo benéfico y humanitario, desvinculadas por completo de la contienda». «En 8 de diciembre de 1937, y con antigüedad de 5 de enero anterior, ascendí a la Sección 7ª del Escalafón, a virtud de corrida de escala, esto es, automáticamente y no por concesión graciosa o privilegiada. En cambio, desde principios de 1937 dejé de cobrar la gratificación de Interventor del Patronato Universitario, por haber acumulado tal servicio, al parecer, la Secretaría general de la Universidad». «Cobré mis haberes en Madrid hasta mi excedencia en el mes de noviembre de 1937 (con las alternativas de cuantía a que luego aludiré); y a fin de febrero de 1938 se me liquidó, también en Madrid, la diferencia de sueldo correspondiente a mi referido ascenso».

Interrogado acerca de sus filiaciones y militancias políticas con anterioridad a la sublevación contestaba: «No he pertenecido nunca a ningún partido político: Oficial de la Secretaría del Congreso desde que tenía 22 años (es decir, desde 1912), seguí la tradición de aquel Cuerpo, donde estaba moralmente vedada la afiliación política, para merecer por igual la confianza de todos los sectores. Catedrático de Derecho político desde 1932, mantuve la misma línea de conducta por razones de pulcritud que son obvias». Acerca de su apoyo financieras a iniciativas de apoyo a la República como el Socorro Rojo respondía: «No he contribuido a ninguna suscripción en favor del Gobierno, con excepción de algún descuento obligado hecho en nómina. Tampoco he entregado cantidad alguna a partidos, Sindicales y organizaciones análogas, no habiendo hecho donativos al Socorro Rojo Internacional ni a los amigos de la Unión Soviética ni a entidades similares». Y sobre su pertenencia a la masonería: «Nunca he pertenecido, ni pertenezco, a la Masonería, cuyo carácter secreto era título bastante para repudiarla, aparte otras razones relativas a su obra disociadora y a sus ritos poco serios». También aseguraba no haber «formado parte de ninguno de los Comités constituidos después del 18 de julio en el Ministerio de Instrucción pública».

Tuvo el proyecto de escapar de «zona roja»: «Cuando la tensión se prolongó y mi numerosa familia padecía privación ya excesiva inicié gestión para salir de esta Zona y al habla he estado para estos fines con dos amigos excelentes (Don Recaredo Fernández de Velasco y Don Manuel Raventós), habiéndome servido también Don Isidro Lorca, con quien empecé la labor de obtener pasaporte». Y el «día y lugar» en que «hizo su presentación» ante la «Autoridad» fue el «mismo día 28 de marzo de 1939, a las once y media de la mañana», en que hizo «entrega del Colegio de Abogados a los elementos de Falange Española Tradicionalista que habían de incautarse de la Corporación». Se presentó asimismo «ante el Juez especial de Funcionarios» y visitó «en la Universidad al Sr. Rubio en cuanto supe que actuaba como Secretario interino».

Preguntado sobre «Si fue destituido, declarado cesante o jubilado a partir de la indicada fecha del 18 julio» continuó exponiendo su trayectoria profesional durante la guerra: «En 22 de enero de 1937 fui declarado disponible gubernativo en mi Cátedra. Aunque el Vicerrector, Sr. Cardenal, por explicable delicadeza, no quiso darme traslado oficial del acuerdo, la Orden Ministerial obra en la Universidad (como obran otras análogas y simultáneas relativas a los Señores Luna, Palacios, etc.). Según parece, el diagnóstico de que fui objeto o víctima me calificaba de “antimarxista y anticatalanista”, amén de otros reproches (que no he podido puntualizar), referentes a haber preparado para el Congreso un Reglamento retrógrado, y a haber realizado con otros profesores una campaña contraria al Frente Popular, y de la cual se ocupó Mundo Obrero. Permanecí en la situación de disponible gubernativo hasta que en 14 de octubre de 1937, y sin yo solicitar cosa alguna, se me rehabilitó, reintegrándome a la condición de activo, pero ordenándome el traslado a Valencia. Se me conminó en 29 de octubre para que en 24 horas consignara mi domicilio y el número de familiares que habían de acompañarme a dicha población. Contesté invocando mi condición de Secretario del Colegio de Abogados de Madrid para excusar mi traslado. De nuevo se me apremió en 22 de noviembre para que en plazo de ocho días me incorporase a Valencia (bajo apercibimiento de considerarme incurso en abandono de destino). Respondí anunciando que tenía pedida la excedencia. Y en efecto, no habiendo conseguido una licencia sin sueldo ni cualquiera otra fórmula menos drástica, se me concedió la excedencia…».

Inquirido sobre los nombres que podía invocar en apoyo de sus declaraciones indicó lo siguiente: «Conocen mi conducta en la Facultad y en la vida profesional y privada todos mis Jefes, compañeros y alumnos. Me remito a lo que digan Don Felipe Clemente de Diego y Don Eloy Montero; invoco asimismo el testimonio de Don Antonio de Luna y Don Federico de Castro, mis compañeros de Claustro, que han permanecido en Madrid toda esta temporada; no quiero molestar con apelación a otras personas de ambiente universitario (Don Alvaro Calvo, Don Carlos Roda, etc.) o de esfera forense (todos los Letrados que han ejercido en el Colegio durante estos 32 meses) para que depongan respecto a mi posición espiritual y a mi labor. He de añadir que no he solicitado ningún aval: espontáneamente han venido a ofrecerme el suyo, y no he podido rechazarlo por la cariñosa bondad con que se ofrecía, el Comandante Pérez Viñeta y el Alférez Elías de Tejada. Modestia aparte, creo que el mejor aval está en mi vida honrada de siempre, en mi actuación sincera durante esta triste etapa, y en la justicia con que procedan los que hayan de enjuiciar mi conducta, sin olvidar el ambiente en que esta Capital ha vivido, las privaciones materiales que hemos sufrido, las angustias espirituales que hemos pasado, y la facilidad con que hubiéramos podido redimirnos de todo ello con una colaboración, a veces solicitada con empeño, siempre negada con tesón. Ante encumbramientos tan frecuentes como notorios, no constituye orgullo desmedido pensar que lo difícil ha sido rehuir el trance de ocupar posiciones holgadas o cargos brillantes, que pródiga y reiteradamente se brindaban a cambio de una adhesión o de un concurso». Además, se mostraba dispuesto a ampliar las pruebas documentales presentadas, «así como a puntualizar otros extremos que la delicadeza veda exhibir, si ello es posible (favores personales y profesionales realizados, que ya proclamarán los beneficiarios, si lo creen justo)».

Por último, impelido a declarar cuanto supiese del «período revolucionario» contestó: «Poco puedo aducir respecto al desenvolvimiento público y administrativo del Ministerio y actuación de mis compañeros durante este período. Sospechoso de desafección o tibieza, no me era fácil inspirar confianza; recluído en voluntario apartamiento, para evitar ocasiones de nuevo compromiso, poco contacto podía mantener con los Centros oficiales; e incluso ocupado el principal de los cargos computables a estos efectos, a saber, la Secretaría general de la Universidad, por persona hostil, desagradable y desagradecida, nada sé en concreto respecto al tema. La justicia me obliga, sin embargo, a decir que encontré siempre cordial acogida en el personal de Secretaría (Sres. Aragón y Blaya, sobre todo), y que me consta la labor arriesgada y perseverante llevada a cabo por algún compañero (el Sr. Luna, por ejemplo). La vida del Ministerio, por lo demás, fue prácticamente nula, porque destituciones, traslados y pequeñas codicias no son verdadera vida, sino aberración lamentable».

En la documentación presentada en apoyo de sus declaraciones figuran las diferentes manifestaciones que él mismo indicó. Así, Alfonso Pérez Viñeta, «Comandante del Décimo Tabor de Regulares de Alhucemas», hacía constar el 4 de abril lo siguiente: «Que conozco de antiguo a Nicolás Pérez Serrano, y sé de ciencia cierta que es persona de orden, sinceramente patriota y de espíritu francamente adicto a los postulados del Glorioso Movimiento Nacional». Y Francisco Elías de Tejada Espínola, «Alférez Asimilado de Ingenieros» certificaba el 7 de abril: «Que me es conocida la conducta social y política de D. Nicolás Pérez Serrano durante el Glorioso Movimiento Nacional, y me consta por haberle tratado antes […] su identificación con los ideales del mismo».

El 20 de julio de 1939 se vio obligado a ampliar su declaración, concretamente sobre los extremos concernientes a las actividades del resto de profesores de la Central durante el «período revolucionario». Así decía: «[El interrogado m]anifiesta que se ratifica en lo escrito en su declaración jurada. Amplía su declaración correspondiente a la pregunta 8ª en los siguientes términos: D. José Gaos y González Pola, Rector de la Universidad durante el período rojo era socialista afiliado antes del Movimiento; obligó a inscribirse en un batallón de voluntarios al personal de Secretaría; intervino en la depuración del personal universitario con criterio severo de persecución a compañeros. D. José Miranda González, Secretario General de la Universidad estaba afiliado a las JSU y al PSOE antes del 18 de julio de 1936; persiguió a profesores, ayudantes y funcionarios; según le han dicho al declarante actuó al servicio de abastecimientos y en la Checa de Bellas Artes. D. Luis Jiménez de Asúa, Diputado Socialista, Ministro de España en Checoslovaquia, al desaparecer dicha Nación pasó a ocupar un cargo en la Delegación Española cerca de la Sociedad de Naciones; en asuntos universitarios no intervino. D. Fernando de los Ríos fue Ministro Socialista en Estados Unidos. No estuvo en España. D. Felipe Sánchez Román como los anteriores es caracterizado político de izquierdas; según se dice fue el autor del manifiesto electoral del Frente Popular, del que sin embargo no formó [parte]. Diputado de las Cortes Constituyentes, puede dar noticia respecto a su actuación D. José Gascón y Marín. Otro Catedrático que el declarante no incluye entre los enemigos del Movimiento Nacional es D. Joaquín Garrigues; perteneció a la FUE; sin embargo, antes del 18 de julio le consta actuó en alguna ocasión en contra del parecer de dicha entidad; se remite a las actas de Junta de Facultad para aclarar los extremos de esta actuación; en una gestión que se inició para llamar la atención del Gobierno acerca de la anarquía que reinaba en el país en Abril de 1936 también se adhirió el Sr. Garrigues a tal efecto. D. Luis Recasens fue Subsecretario de Industria, del Frente Popular, miembro destacado del partido de izquierdas de Unión Republicana; ha estado explicando Filosofía del Derecho en Méjico».

De esa misma fecha, 20 de julio de 1939, es un oficio anónimo en el que se certifica lo que sigue: «En abril de 1936 los Sres. Pérez Serrano, Beceña, Prieto Bances, Antonio de Luna, alarmados por la situación de anarquía de España, iniciaron una gestión, cerca de universitarios prestigiosos, para llamar la atención del Gobierno acerca de la situación de España. Encontraron buena acogida en los Seres Marañón, algo menos en el Sr. Sánchez-Román, que parecía procurar únicamente el asunto hacia el robustecimiento de su partido, por creer que la solución era incrementar el partido republicano; en el Sr. Ortega y Gasset, que creyó equivocada esa gestión por estimar en buenas manos las riendas del Gobierno y en vías de rectificación de este, que tales desmanes eran fastidiosamente de la calle y que los universitarios no tenían peso para actuar con eficacia, que él no podía reintegrarse a la vida política activa sin comprometer a los que le seguían, etc. Con esta opinión quedaron desanimados y a los pocos días el Mundo Obrero inició una campaña contra los iniciadores de la gestión».

El 22 de agosto de 1939 el juzgado instructor encargado de la depuración del personal docente proponía su readmisión sin imposición de sanción. Sin embargo, el 22 de septiembre, el mismo juez instructor reclamó el expediente remitido a la Dirección General de Enseñanza Superior y Media «por haber tenido noticias contradictorias sobre los antecedentes y actuación» «durante el período revolucionario» de Pérez Serrano. Una vez recibida de nuevo la documentación en el juzgado, procedió a «pedir informes de su conducta y actuación, primero al Decanato de Derecho y más tarde a los Catedráticos de dicha Facultad D. Antonio Luna y D. Federico de Castro, los que por haber permanecido durante el periodo rojo en zona sujeta al poder del Gobierno marxista, podrían muy bien conocer las actividades de su compañero».

Tales fueron los informes:
En el suscrito por el decano de la facultad de derecho de la Universidad Central puede leerse lo siguiente: «Como catedrático es excelente y ha cumplido siempre con toda fidelidad sus deberes profesionales. Como persona está formada en la escuela liberal, aunque no ha sido sectario. Desempeñó el cargo de Secretario en el Colegio de Abogados en Madrid y Secretario de esta Universidad por espacio de algún tiempo durante el período revolucionario. No conviene que continúe explicando la Cátedra y sería de desear pasase a otra dentro de la Facultad». «Como persona es bueno y caballeroso; excelente ciudadano; buen profesor competente y cumplidor de sus deberes profesionales con exactitud. No ha estado afiliado a ningún partido político. Es cierto que su formación es liberal, pero también lo es que no ha sido sectario en ningún sentido. De su actuación durante el período, […] según informes fidedignos, su actuación ha sido limpia y favorable a nuestro Glorioso Movimiento Nacional».

Antonio de Luna afirmaba el 8 de octubre de 1939 que le constaba que «antes del 18 de Julio de 1936, repudió públicamente los excesos del Frente Popular y formó parte de una Comisión que por sugestiones del Debate trataba de agrupar a intelectuales de distintas tendencias para oponer un dique a la barbarie que amenazaba destruir la cultura española». Conocía además que «fue nombrado Secretario General y desde el primer momento condenó y censuró el régimen rojo, actitud que mantuvo en cuantas conversaciones sostuvo con el declarante durante el dominio rojo. Que fue destituido a fines del verano de 1936 […] y declarado disponible gubernativo como catedrático en Enero de 1937, causando baja en la nómina del profesorado a partir de Octubre […] Que posteriormente fue nombrado Secretario del Colegio de Abogados y el que declara sabe por referencias que actuó a favor de elementos nacionales. Que era de ideología liberal, pero anti-marxista y antiseparatista y que evolucionó después hacia el nuevo régimen nacional y ya con anterioridad a la liberación de Madrid tenía casi redactado un libro de Derecho Político en esta tendencia. Que el decidir si debe o no explicar la cátedra que anteriormente desempeñaba u otra de diversa materia, es una apreciación de carácter político que no corresponde al que declara emitir».

Federico de Castro, por su parte, con fecha de 9 de octubre de 1939, informaba que «D. Nicolás Pérez Serrano fue nombrado Secretario General de la Universidad a comienzos del Movimiento Nacional, que durante el tiempo que permaneció en este puesto trató con la máxima cordialidad a sus compañeros, incluso a aquellos que tenía que saber eran francos enemigos del Frente Popular y que ante ellos censuró duramente la conducta de las autoridades rojas y la constante violación de las reglas jurídicas. Que sabe que posteriormente fue destituido de aquel cargo y declarado disponible gubernativo, bajo la acusación, según palabras del interesado, de ser anti-marxista y antiseparatista. Que ha tenido referencias de que más tarde fue nombrado Secretario de Colegio de Abogados, habiendo oído decir que en tal cargo ayudó a algunos abogados de derechas».

Así las cosas, el «Catedrático Juez» instructor concluía el mismo 10 de octubre que «todos los informes recogidos definen al Sr. Pérez Serrano como un hombre íntegro, un Catedrático excelente y un adherido al Movimiento Nacional, e inclusive hacen constar la persecución que sufrió el Sr. Pérez Serrano por los elementos rojos». Ahora bien, «[r]econocido que el Sr. Pérez Serrano es un hombre de ascendencia liberal, el Sr. Decano […] no cree conveniente que el citado Sr. continúe explicando la cátedra de Derecho Político, por el contenido mismo de esta materia, creyendo que sería de desear pasase a explicar otra disciplina dentro de la misma Facultad», aunque lo decisivo es que había quedado «probada la incondicional identificación del mismo con el Movimiento Nacional».

De este modo envió el juez instructor a la Dirección General nueva propuesta de resolución, otra vez en el sentido de rehabilitarlo sin sanción alguna, «pero llamando la atención sobre el parecer del Decano de la Facultad a que pertenece sobre la conveniencia de que dicho señor pase a explicar otra disciplina dentro de la misma Facultad por el contenido de la materia de la Cátedra de Derecho Político de que es titular».

Recibida la propuesta del instructor correspondía informar al Negociado correspondiente de la Dirección General, lo cual hizo el 23 de octubre en idéntico sentido al señalado por el juez instructor. De modo que la resolución consistió en la rehabilitación sin sanción, pero con consignación de la «no conveniencia de que contin[uase] explicando la Cátedra de Derecho Político», petición decanal que fue atendida desde el mismo curso de 1939, en el que Pérez Serrano pasó a explicar la cátedra de doctorado de estudios superiores de derecho privado de la Universidad Central. El entonces decano de la facultad de derecho era el canonista Eloy Montero.

Todavía el 18 de enero de 1941 el juez instructor reclamó su expediente de depuración por haber «llegado a este Juzgado depurador informes que podrían hacer variar la propuesta de rehabilitación sin imposición de sanción». Se trataba de un certificado suscrito por el secretario judicial Alfredo Martínez Paz en el que se daba fe «de que en la Gaceta de la República de 22-X-1937 figura un decreto del Ministerio de Justicia en el que excluye la posibilidad de elegir por sufragio directo la Junta de Gobierno del Colegio, disolviendo por decreto la Junta existente y nombrando una nueva en la que figura como secretario Nicolás Pérez Serrano. De ese nombramiento se hicieron eco los periódicos: El Socialista, martes 9 noviembre, describe un acto republicano donde el decano saliente “terminó proponiendo se redactase un homenaje de adhesión al Gobierno y otro a los heroicos defensores de Madrid”, y el entrante “terminó con un viva la República”». En el mismo certificado del secretario se reseña un informe de la Jefatura del Servicio Nacional de Seguridad en el que «de las diligencias practicadas por personal de esta Jefatura (Brigada de Informaciones), resulta que es ateo y probablemente masón». Se indicaba además que «fue representante en Madrid durante 1937 de la Dirección roja de Valencia. Ha sido además Secretario del Frente Popular del Colegio de Abogados». Por último, la pesquisa policial resaltaba el hecho de que era «amigo de Miaja».

Hasta donde alcanzo a saber, esta segunda revisión de su expediente no dio lugar a nuevas citaciones ni a la imposición de otras sanciones, por lo que no debió de otorgársele validez alguna.

Oponiéndose a la sanción que ya había padecido, Nicolás Pérez Serrano solicitó al Ministerio de Educación el 21 de noviembre de 1944 su reincorporación a la cátedra de derecho político de la que era titular. En su escrito alegaba lo siguiente: «Que la Ley de Ordenación Universitaria de 29 julio 1943 consigna en su art. 59 la obligación que tienen los Catedráticos numerarios de “considerar la labor universitaria como servicio obligatorio a la Patria, que deberán cumplir con exactitud y con la necesaria eficacia”, así como también impone el deber de la “explicación efectiva, durante el curso, del número de lecciones que para cada disciplina fije el Rector” […] Que, ahora como siempre, propicio a cumplir con mis obligaciones, me veo privado, según se me comunica, de la posibilidad de explicar la asignatura de que soy titular. Y que, deseando por propio decoro poner término a esta anómala situación, y conocer oficialmente el criterio de este Departamento, incluso para acudir, si fuere conveniente, a la defensa de mi derecho en vía jurisdiccional», solicitaba impartir su disciplina.

El decano de la facultad de derecho, dando curso a su solicitud, certificaba los siguientes extremos, aparte del hecho de que había sido depurado sin sanción: «Que durante el curso 1939-40 explicó Estudios Superiores de Derecho Privado en el Doctorado y durante el curso 1943-44 (2º cuatrimestre) desempeñó la Cátedra Principios de Derecho Público a satisfacción de la Facultad y sin originar ni ocasionar ninguna queja, disgusto, ni conflicto». «Que, invitado por este Decanato para explicar en el segundo cuatrimestre de este curso la disciplina de “Derecho Político” (Teoría de la sociedad) el profesor susodicho, se ha excusado, alegando su incompetencia en la materia, por ser ésta, a su juicio, propia de la disciplina “Filosofía del Derecho”». «Que sería beneficiosa para la Facultad la intervención activa de dicho Sr. Profesor en la enseñanza. En virtud de lo expuesto, estima el Decano que suscribe, que desde el punto de vista académico no hay inconveniente alguno en que el Sr. Pérez Serrano, cuyo talento y competencia son de todos conocidos, explique la disciplina de que es titular, en conformidad con lo que pide en su solicitud; y que en el caso de las autoridades superiores, por razones no académicas, que trascienden la competencia de este Decanato, estimasen que debiera encargarse de otra disciplina, el Decano cree que debe serle asignada aquélla de modo estable y de acuerdo con el mismo, para que éste trabaje con entusiasmo y a su satisfacción».