En agosto de 1865, toma parte en las oposiciones a la cátedra supernumeraria vacante en la Universidad Central, que tenía adscrita la enseñanza de las asignaturas de teoría y práctica forense, filosofía del derecho y derecho internacional y legislación comparada. El tribunal le otorga entonces el segundo lugar de la terna elevada a las autoridades académicas.

Nombrado auxiliar de la facultad de derecho de la Universidad Central el 29 de diciembre de 1865 (toma posesión el 5 de enero). Se encarga entonces de impartir la asignatura de derecho político y administrativo.

La junio de 1866, toma parte en los ejercicios de oposición para proveer seis cátedras supernumerarias vacantes en las universidades de Barcelona, Granada, Oviedo, Salamanca, Santiago y Zaragoza, que tenían adscritas las materias de derecho romano, canónico y disciplina eclesiástica. Le conceden en esta ocasión el primer lugar de la segunda terna, escogiendo la plaza de Zaragoza. Nombrado el 6 de agosto de 1866 catedrático supernumerario de la facultad de derecho de Zaragoza (toma posesión el primero de octubre). Trasladado en comisión de servicios a la Universidad Central el 2 de enero de 1867, donde ejercería de catedrático supernumerario, «sirviendo accidentalmente casi todas las asignaturas de que consta la facultad», según su propia expresión. Gonzalo Díaz Díaz, en su Hombres y documentos de la Filosofía española, afirma que inició «su actividad docente como Milá y Fontanals».

En virtud de concurso, nombrado catedrático de derecho romano en la Universidad Zaragoza, el 1 de octubre de 1867, tomando posesión al día siguiente. En diciembre de 1868, previo ofrecimiento a la diputación de Zaragoza, se le autoriza explicar gratuitamente un curso libre de filosofía del derecho y derecho internacional, exponiendo dichas materias durante al menos los cinco cursos posteriores, coincidentes con la vigencia de la libertad de cátedra durante el Sexenio. Con posterioridad, ya a comienzos de la Restauración, sin embargo, parece que continúa impartiendo dichas materias.

El 14 de junio de 1876, vuelve así a obtener una autorización, esta vez de la dirección general de instrucción pública, para volver a explicar un curso libre de filosofía del derecho y derecho internacional. Sin embargo, confirmando una decisión adoptada por el rector en el mes de mayo, el ministerio le retira dicha autorización en agosto de 1879. Pou solicita entonces la suspensión de la medida ministerial, alegando no haber podido defenderse ni haber podido conocer los cargos que el rectorado le imputaba. El rectorado eleva al ministerio los motivos, aduciendo que «solo una evidente necesidad le obliga á descender á ciertos detalles enojosos». Aparte de la circunstancia de no haber renovado la autorización de 1876, que era válida para un solo curso, he aquí el centro de la queja del rectorado zaragozano contra Pou: «once años hace, esto es, desde el establecimiento de la libertad de enseñanza en 1868, que dá lecciones extraordinarias. Dentro de esos once años […], á la sombra de la ley que permitia tales enseñanzas libres ó privadas, […] se estableció en esta ciudad, llamando no poco la atención y dando lugar á algunos comentarios, una academia libre, de todas las asignaturas de la Facultad de Derecho, compuesta de todas las asignaturas de esta Universidad, dos de ellos ausentes en la actualidad hace algunos años; el otro era el querellante [esto es, Pou]. En ella se exigia á cada alumno tres duros mensuales y uno mas por cada una que se aumentase. […] Duró esto algunos años: vino la ley que no lo consintió, y el querellante continuó con el sistema de sus lecciones extraordinarias de repasos, dándolos, como dice, todos los años á sus alumnos con raras excepciones […]. Los rumores de que el querellante ha recibido de los alumnos de los repasos ciertas manifestaciones de gratitud de alguna entidad, han sido públicos y han llegado, como era natural, á conocimiento del Consejo Universitario y del Rectorado».

Desempeñando su puesto en Zaragoza, hace varios intentos por marchar a Madrid para impartir la misma asignatura. El 31 de mayo de 1869, solicita tomar parte en las oposiciones a la cátedra de derecho romano vacante en la Universidad Central. El 23 de agosto de 1872, suplica ser admitido al concurso de traslación para proveer la cátedra de historia y elementos de derecho romano, vacante en la Universidad Central. El 18 de mayo de 1873, vuelve a pedir su inclusión en el concurso para proveer la misma cátedra, todavía vacante en Madrid. En julio de 1875, solicita concursar para la cátedra de teoría y práctica de los procedimientos, vacante en Madrid, y dos años después, en septiembre de 1877, aspira a la cátedra de legislación comparada sacada a concurso en la capital. También baraja la posibilidad de trasladarse a Barcelona. Así, el 15 de julio de 1870, pide tomar parte del concurso para proveer la cátedra de ampliación del derecho civil, vacante en la facultad jurídica de la ciudad condal.

En julio de 1879, obtiene la categoría de ascenso. El 17 de noviembre del mismo año se le nombra, por ganar concurso de traslación, catedrático de elementos de economía política y estadística de la Universidad de Barcelona. Toma posesión el 12 de diciembre. Había solicitado tomar parte en ese concurso en el verano de 1879, justo cuando tuvo lugar su enfrentamiento con el rectorado de Zaragoza.

En septiembre de 1882, se le encarga la cátedra de primer año de la Escuela de Notariado de Barcelona sobre nociones de derecho civil, mercantil y penal, tomando posesión el primero del mes de octubre. En septiembre de 1883, acumula la enseñanza de historia general del derecho, de la que se hará cargo durante ese curso. En noviembre de 1883, solicita concursar a la cátedra de historia del derecho de la Central. En 1884, presenta instancia para tomar parte del concurso para proveer la cátedra de doctorado de literatura jurídica de la Universidad Central, que no logra.

El 4 de agosto de 1892, toma posesión de su cátedra de instituciones de derecho romano en la propia Universidad de Barcelona, para la que fue nombrado el 28 de julio, cesando así en economía política, que es la que venía desempeñando. El paso a romano, que estaba por entonces vacante, implica una acumulación de economía política, que explicaba Pou, a la cátedra de hacienda pública, de la que era titular el economista José Doménech y Coll. Esta acumulación era la regla general en todas las universidades, salvo en las de Madrid y Barcelona, por lo que Pou, en junio de 1892, con el consentimiento de Doménech, y alegando posibilidad de ahorro en el gasto público, solicitó que se suspendiese la excepción para Barcelona, acumulándose en un solo catedrático economía política y hacienda pública. En su solicitud, mencionaba además el haber sido profesor de la asignatura de romano durante doce años y el haber publicado obras de la materia. Previamente, entre noviembre y diciembre de 1888, el decanato solicitó que Pou acumulase a su cátedra la de romano, después de quedar vacante por fallecimiento de su titular, José Samsó, y de estar cesante el auxiliar, pero la petición fue denegada.

En febrero de 1893 obtiene la categoría de término. En 1900, cuando fallece, tenía también acumulada la enseñanza de derecho canónico.