Al estallar la guerra civil se encontraba en Madrid. En agosto de 1936, gracias al encargado de Negocios de Gran Bretaña, pasa a Alicante y huye a Marsella en un buque inglés pero, carente allí de recursos y sin posibilidad de viajar a Oviedo (“por estar sitiada la ciudad”), marcha a Londres como profesor de español en la Beckenham and Penge County School. Desde allí escribe el 15 de febrero, 1937, al rector de Oviedo, ofreciéndose a regresar antes de acabar el curso académico, si fueran imprescindibles sus servicios.

1937, 9 de junio. El instructor del expediente gubernativo, Luis Sela Sampil, abierto a Prieto en Oviedo por abandono de destino informa de su estancia injustificada en Londres, donde permanecía contra lo dispuesto por el gobierno de Burgos sobre presentación de funcionarios públicos en su destino.

1937, 6 de abril. Por larga carta suscrita en San Juan de Luz, Prieto contesta a los cargos formulados en su contra, que se le notificaron a su domicilio en Londres. Recuerda en particular su estrechísima amistad con Francisco Franco, “amistad que había de consolidarse por alianzas familiares”. Un telegrama del rector de Oviedo (7 de abril, 1937) manifiesta “que el catedrático esta universidad don Ramón Prieto Bances se halla en Londres sin licencia”.

1937, 30 de junio (BOE de 2 de julio). Cesantía como catedrático de Oviedo.

1937, 26 de agosto. Por conducto del representante del gobierno nacionalista en Berna, solicita al Jefe del Estado y obtiene pasaporte y autorización para marchar a Portugal; allí marcha y da clases en la Universidad de Coimbra.

1937, 23 de septiembre (BOE de 28 de septiembre). Separado del servicio e inhabilitado para el ejercicio de cargos directivos por orden de la Junta Técnica del Estado. En el expediente de depuración (Zaragoza, 11 de febrero, 1937) se le considera “muy afecto a la Institución libre de Enseñanza… muy mal visto en Oviedo entre los elementos de orden por su arribismo y por estar muy ligado a figuras izquierdistas de la Enseñanza… Ministro de Instrucción púbica en el Gabinete Lerroux… a raíz del Movimiento revolucionario de octubre de 1933, cosa que pareció en Oviedo arribismo… Aunque aparenta religiosidad… prestó su colaboración personal a gobiernos cuya finalidad y significación no se ajustaban a los principios religiosos… no expresó directamente su adhesión ni se presentó al Nuevo gobierno”, todo ello fundamentado en informes del gobernador civil y del presidente de la Audiencia Territorial de Oviedo.

1938, 7 de septiembre. Desde Pravia de Ancora (Valença do Minho) recurre la anterior resolución.

1939, 18 de abril. El ministro Serrano Súñer, por carta de esa fecha, le autoriza a prolongar su estancia en Coimbra “para terminar los trabajos de historia del Derecho español, que me dices tienes entre manos” (se trataba de La explotación rural del dominio de San Vicente de Oviedo en los siglos X al XIII. Notas para su estudio, 1940).

1940, 13 de agosto. Se dicta sobreseimiento del expediente instruido contra Prieto Bances ante el Tribunal regional de responsabilidades políticas de Oviedo.

1942, 26 de junio. Se ordena la reapertura del expediente que le costó la expulsión.

1942, 14 de octubre, El juez revisor propone anular la orden de separación dictada en 1937, considerando en particular “que los informes emitidos por el Obispado de Oviedo tienen las garantías suficientes para demostrar la verdadera personalidad del expedientado… habida cuenta de que los mismos son en extremo favorables para él” (por declaraciones y recortes de prensa consta el papel de Prieto Bances en salvar los tesoros de la Cámara Santa de la catedral ovetense). Entre los muchos testimonios y documentos que aporta el interesado destaca una carta “de tu buen amigo que sabes te quiere, Paco” (Francisco Franco Bahamonde), de los exministros de Justicia italianos Pietro De Francisci y Arrigo Solmi (“nunca olvidará lo que en 1935 hizo Prieto Bances por estrechar los lazos de las dos grandes naciones latinas”), del general Moscardó (“asistí al acto solemne celebrado el Domingo de Resurrección de 1935, en la Catedral de Toledo y escuché complacido su discurso de acendrada religiosidad pronunciado ante el Cardenal Gomá”), del fiscal del Tribunal Supremo Blas Pérez González (“debo declarar que la labor de Prieto Bances como Comisario General de la Enseñanza en Cataluña no puede ser más laudable”), de Miguel Asín Palacios y de otros muchos personajes, eclesiásticos y miembros de varias órdenes religiosas.

1944. 13 de enero. A propuesta del Juzgado superior de revisiones y de la Dirección General de Enseñanza Universitaria se anula la orden de 1937 y se reintegra a Prieto Bances al servicio activo, con sanción de traslado a otra universidad y pérdida de haberes no percibidos. (Una nota marginal a lápiz recuerda que “se advirtió al Sr. Cierva –hijo– que no se publicase la resolución).

1946, 9 de mayo (BOE 8 de junio). Se declara depurado sin sanción, con pérdida de haberes no percibidos.