Nombrado catedrático de la asignatura de “Latín y castellano” en la Universidad de Sevilla tras la correspondiente oposición en 1847. En el año 1849 fue uno de los opositores a la cátedra de “Retórica y poética” vacante en uno de los institutos agregados a la Universidad en Madrid. Aprobó los ejercicios y fue colocado en el segundo lugar entre los propuestos para ocuparla.

Se convierte en Agregado a la Facultad de Jurisprudencia de la Universidad de Sevilla, el 8 de julio de 1847, tras realizar el ejercicio y abonar la cantidad estipulada. El mismo puesto ocupará en la Facultad de Jurisprudencia de la Universidad Literaria de Madrid desde el 23 de agosto de 1849, como Agregado supernumerario a esa Facultad con el mismo sueldo, seis mil reales de vellón, que venía recibiendo en Sevilla, “debiendo quedar sin proveer por ahora y hasta que se verifique el arreglo de la clase de los agregados, el destino que ocupaba en la Universidad de Sevilla” dice el nombramiento.

Hallándose enfermo el Decano de la Facultad de Derecho de Madrid, D. Andrés Leal, catedrático de séptimo año de Jurisprudencia y pendiente la elección de sustituto, debe hacerse cargo durante esta enfermedad de la asignatura "Teoría de procedimiento judiciales” en la citada Facultad desde el 10 de enero de1851. Sería sin embargo nombrado sustituto unos días más tarde, el día 6 de febrero de 1851, junto a D. Luis Baguer y Retamas y D. Juan Recio Ruíz.

Por orden de 25 de junio de 1851 se le nombra catedrático de Práctica forense de la Universidad Central, había sido propuesto el primero por el Tribunal de censura tras la celebración de los correspondientes ejercicios. Curiosamente, puesto que el curso había acabado oficialmente el 15 de junio, la toma de posesión no podría efectuarse hasta el siguiente. Como se daba la circunstancia de que venía desempeñando esa cátedra desde enero, se le autoriza, con fecha de 14 de julio, a que se le otorgue en su puesto la antigüedad de la fecha del nombramiento y no de la toma de posesión.

El 14 de marzo de 1860, tras promulgarse un Real Decreto que aprueba el cuadro del personal facultativo en las Universidades del Reino, se le nombra catedrático numerario de la asignatura Instituciones de Derecho Canónico propia de la Facultad de Derecho de la Universidad Central que se hallaba vacante por traslado a otras enseñanzas de su propietario D. Juan Antonio Andonaegui. El Decano interino se lamenta de esta decisión y, con el visto bueno del Rector accidental, envía un escrito al Director General de Instrucción Pública, con fecha 15 de septiembre de 1860 quejándose de esta circunstancia, en la que se refiere a otra comunicación a la superioridad que había hecho el 24 de abril de 1860 (con número 218) en la que expone los motivos por los que entiende se debía suspender aquí la aplicación de esa Real Orden. Se le hace caso y el catedrático retorna a las explicaciones de su asignatura el 27 de septiembre de 1860, mientras se le encomienda a un auxiliar las explicaciones de Derecho Canónico. Sin embargo él continúa con el título de Catedrático de Derecho Canónico, pues oficialmente la de Procedimiento judicial se les encargaba a los supernumerarios. Solicitará tiempo después, el 1 de marzo de 1867 que "suprimida ahora la clase de supernumerarios" se le devuelva su derecho a ser Catedrático de Procedimientos judiciales, la plaza que en su día ganó en la Universidad Central.

El 20 de enero de 1862 pasa a la categoría de catedrático de ascenso.

Otras cátedras solicitadas y vicisitudes académicas

Formará parte de los tribunales que juzgan en junio de 1856 la provisión de la cátedra de “Historia y Elementos de Derecho Civil” de la Universidad de Santiago. Y de las realizadas en noviembre de 1857 para proveer la cátedra de “Procedimientos judiciales y práctica forense” de la Universidad de Oviedo.

A poco de hacerse cargo de la cátedra, en enero de 1852 el médico D. Ramón Plana, certifica que padecía “una gastralgia crónica que se le exaspera con el frío intenso que estamos sufriendo y sobre todo con la vida sedentaria y estudiosa a la que se ve obligado por su profesión, por cuyas razones creo que le convendría mucho para su curación el pasar una temporada en su país nativo mucho más templado, cesando al mismo tiempo de todo trabajo sedentario”. El Rector, acompaña su testimonio aconsejando la licencia que se le concede por dos meses. Pedirá desde Sevilla una prórroga que se le concede.
Tendrá otra baja por el mismo motivo el 16 de noviembre de 1855. Se traslada a Santander para restablecerse y pide la prórroga en su nombre su hermano D. Fermín de la Puente. Se le concederá por un mes.
Solicita el 24 de junio de 1857 permiso para trasladarse a Francia durante las vacaciones a fin de que su hijo pueda tomar unas aguas medicinales que le han prescrito.
De nuevo en 1862 su hermano Fermín solicita una licencia para que pueda restablecer su salud, pues durante las vacaciones en la Villa de Caniles, en Granada “ha vuelto a sufrir dolores de estómago y una medicación mal aplicada le ha producido una neuralgia en la cara” Se le concede por un mes.
El 8 de enero de 1863 presenta un certificado médico que acredita haber sido asistido de una fuerte disnea con la recomendación de que pase una temporada en un lugar más cálido. Se le otorga un mes para restablecerse.
En 1865 vuelve a presentar un certificado médico, el 30 de marzo de1865 en el que se hace referencia a sus problemas con la laringe se aconseja la suspensión de su trabajo en la cátedra. Se le concede de nuevo un mes de licencia.

Sin embargo cuando en enero de 1866 es elegido diputado manifiesta que su intención es seguir desempeñando su cátedra aun sin recibir sueldo por ello. La incompatibilidad la establecía la ley de 22 de junio de 1864. No obstante alguien se da cuenta que es la misma situación en la que se encuentra D. José Moreno Nieto y por consiguiente que cualquier decisión sobre el permitir o no a un diputado continuar con sus obligaciones académicas debería tener carácter general y en consecuencia ser autorizada por el consejo de Instrucción Pública, no siendo por tanto esta cuestión competencia exclusiva del Rector de la Universidad.

El 28 de marzo de 1867 aquejado de una hepatitis crónica, según consta en el certificado médico que adjunta, pretende acudir a tomar las aguas de Vichy pide y se le concede la licencia para hacerlo.
El 9 de octubre de 1867 la pide de nuevo, aunque renunciando a su sueldo. Y es que esta vez la solicita por un año pues su afección en la laringe no le permite dar las clases. Se le otorgan tres meses pero no fue suficiente, a su regreso recae. Pretende volver a Andalucía y recomienda se gratifique con el sueldo que él no recibiría a D. Felipe González Vallarino, doctor a falta de su investidura y que ha servido en la promotoría fiscal, que se podría hacer cargo de sus clases. El 9 de febrero se remite la propuesta al Ministerio estimándose que el auxiliar D. Vicente Olivares es quien debería dar las clases. Pero parece que éste ya tiene una sustitución y quizás una persona del mundo de la práctica, como era el Sr. González Vallarino, vendría mejor para explicar procedimientos judiciales.
Desde Fiñana el 5 de marzo de 1868, vuelve a pedir licencia a causa de su laringitis crónica. Se le abre un expediente de jubilación el 4 mayo de 1868. Pero se presenta el día 23 de mayo dispuesto para dar las clases el lunes 25. Sin embargo vuelve a pedir licencia por tres meses el 6 de abril del 1869 y a proponer a Felipe González Vallarino para que le supla.
El 30 de septiembre de 1869 pide una licencia ilimitada o en otro caso que se le admita la renuncia. Pasan los meses y no se resuelve. El Rector urge al Ministerio el 18 de febrero de 1870 y finalmente no se le concede la licencia de nuevo sino que se insta a que comience el procedimiento de jubilación.

El 22 de febrero de 1870, será él mismo el que solicite la jubilación a la vista del reciente entonces "Reglamento Provisional para el profesorado" de 15 de enero de 1870, concretamente en virtud de su art. 55 que establece que “el gobierno podrá conceder jubilación previos los trámites establecidos en el anterior a los catedráticos cualquiera que sea su edad que tengan impedimento físico o intelectual que les inhabilite para la enseñanza" concediendo por el art. 54 a los que no tuviesen haber pasivo (y el no lo tendría por cesantía por haber sido su ingreso en la carrera en 1845 , con posterioridad a la ley de Presupuestos de aquel año) el nombramiento de un sustituto por la Dirección General de Instrucción Pública, el cual puede proponer el profesor jubilado y al cual se nombra con la mitad de sueldo que disfrutaba el profesor, conservando éste el resto del que disfrute".
Por alguna razón, seguramente el no haberse presentado en octubre a las clases, no percibirá sueldo alguno durante esos meses y lo reclama el 23 de abril de 1870, aludiendo además a que está cubierta la docencia por un sustituto y no por el auxiliar. El ordenador de pagos, a la vista de que no ha firmado el recibí de la nómina de septiembre, suspende el pago de sus haberes y estima por decisión de 25 de mayo de 1870 que no ha lugar a pagarlos. Se le deniega con posterioridad la instancia del recurso, el 6 de junio de 1870. A pesar de esto el 20 de septiembre de 1870 vuelve a solicitar que se le abonen los meses anteriores a su jubilación, pero Ordenación de pagos insiste en que perdió los derechos al no firmar la nómina de septiembre.

El 7 de julio de 1870 se le concede la jubilación y con fecha 9 de julio se remite la decisión a clases pasivas. Más de un año después, el 2 de diciembre de 1871, a la vista de que no hay noticias de la resolución que procede, la Dirección de Instrucción pública dirige un escrito al presidente del Tribunal de primera instancia de clases pasivas que contesta el día 14 diciendo que el interesado no ha incoado expediente solicitando la clasificación en el concepto de jubilado; y recuerda que esta clasificación es un derecho que posee y en consecuencia puede presentar o no ese expediente. Se insta a la Dirección a que interrogue al interesado sobre su intención para, según los términos en que conteste, se proceda en aplicación del art.54 del reglamento de 15 de enero de 1870.

El 22 de junio de 1872, el tribunal de clases pasivas envía un escrito a la Dirección de Instrucción pública en el que explica que no procede su clasificación como jubilado ante clases pasivas en atención a que la RO de 9 de julio, que le declaró en tal situación, no expresa que se haya justificado su imposibilidad física notoria en los términos que previene la RO de 26 de marzo de 1868, siendo preciso que “el interesado presente en este tribunal el expediente de imposibilidad instruido en debida forma con arreglo a las prescripciones de la mencionada Real Orden, si quiere que se lleve a cabo la jubilación”.

Presenta pues el expediente de imposibilidad física instruido en los términos que previene la RO de 26 de marzo de 1868 y desde la Junta de Pensiones civiles, el 20 de abril de 1874 se solicita, ahora a la Dirección de Instrucción Pública, que le sea remitido el expediente que consta en dicho organismo (como ha manifestado el interesado). El negociado no encuentra inconveniente en que mediante índice y con compromiso de devolución se remitan a la Junta de Pensiones los documentos que reclama. Así se hace y consta el índice de lo enviado con fecha 24 de abril de 1874. El 10 de mayo de 1874 Ramiro de la Puente, en nombre de su padre, solicita al Ministerio remita al Tribunal de Cuentas y Pensiones civiles, no solo el expediente, también la certificación sellada y firmada que contuviere todos los servicios prestados, para que decida sobre la jubilación solicitada en 1869. Hasta 105 documentos se relacionan y remiten con fecha 5 de junio de 1874 a la Junta de Pensiones civiles. Pero consta un escrito, de fecha 12 de julio de 1874 en el que se explica que la Junta de Pensiones devolvió el expediente personal que le había sido remitido por considerarlo excesivo en tanto necesitaba sólo la certificación de la imposibilidad física que en tal expediente se recoge. Este documento hubo de ser aportado de nuevo pues aquella certificación "por causa del movimiento de empleados habido últimamente en aquel Tribunal ha sufrido extravío". Suplica se ordene una reproducción de la certificación de sus servicios prestados a la Junta de Pensiones pues en otro caso, haciéndolo de modo particular habría que pasar además por el trámite de compulsas. Así se hace el 16 de julio de 1874.
La Dirección de Instrucción pública se dirige el 10 de diciembre de 1874 a la Junta de pensiones civiles para conocer la fecha en la que ha sido declarado como pasivo el Sr. De la Puente, y la Junta comunica el 20 de enero de 1875 que lo fue en la sesión del 27 de septiembre de 1874. Esta comunicación entra en el Ministerio de Fomento el 25 de enero de 1875 y se comunica al interesado y también a D. Juan Inocencio Conde, el catedrático que ocupó su lugar en la Facultad de Derecho de Madrid.