Fue Ayudante de Clases Prácticas de Derecho Penal desde el curso 1925-26 en la Universidad de Madrid, a propuesta del catedrático de la asignatura, Luis Jiménez de Asúa, y a su completa satisfacción, según certificó en 1929 el Secretario de la Facultad de Derecho Felipe Sánchez Román.

En instancia presentada el 22 de octubre de 1929 exponía que era el Ayudante más antiguo de la cátedra, y solicitaba la percepción del sueldo del Profesor Auxiliar por pasar éste, Eduardo Piñán, a percibir los dos tercios del catedrático ausente; la petición fue resuelta favorablemente el 4 de noviembre con efectos de 18 de septiembre. Según relata el propio González López en sus memorias, quien se ocupaba de hecho de las clases en las ausencias y bajas por sanción de Jiménez de Asúa era él, más resuelto y mejor formado que Piñán.

El 20 de enero de 1931, siendo todavía Ayudante de Clases Prácticas, solicitó que se le concediese la gratificación correspondiente a la Auxiliaría de Derecho penal, vacante por renuncia de quien hasta entonces la desempeñaba; le fue concedida el 7 de febrero de 1931.

La primera plaza que ocupó como catedrático de Derecho Penal la obtuvo en la Universidad de La Laguna tras concurrir a las oposiciones (turno libre) convocadas al efecto mediante Real Orden de 15 de enero de 1929 (Gaceta de Madrid del 19). Pidió tomar parte en ellas mediante instancia firmada en Santiago de Compostela el 16 de marzo de 1929. El nombramiento del Tribunal se publicó en la Gaceta de 27 de marzo de 1930 (con rectificación en la de 1 de abril): lo presidía Antonio Royo Villanova, y los vocales fueron Inocencio Jiménez Vicente, Antonio Mesa y Moles, Luis Jiménez de Asúa y José Antón Oneca (secretario). Terminados los ejercicios, en los que contendió con José Guallart, a la sazón Auxiliar en Zaragoza, la propuesta del tribunal, favorable por mayoría a Emilio González López, fue elevada al Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes el 1 de abril de 1931; según relata en sus memorias y consta en la documentación conservada, votaron por él José Antón Oneca (que no aparecía en principio en la Real Orden de nombramiento del Tribunal antes indicada) y Luis Jiménez de Asúa, dirimiendo en su favor el presidente Antonio Royo Villanova. Se le nombró el 18 de abril de 1931. El interesado solicitó (instancia de 9 de mayo de 1931) y obtuvo (resolución de 18 de mayo) autorización del Ministerio para tomar posesión en Madrid, argumentando el quebranto económico que le supondría su desplazamiento y lo desacertado de incorporarse en unas fechas en las que tendría que examinar a alumnos cuyo plan y método de trabajo desconocía. Tomó posesión en Madrid el día 22 de mayo de 1931.

Su brevísima estancia en La Laguna comenzó a fines del verano de 1931. En los primeros días de octubre fue elegido Decano de la Facultad de Derecho tinerfeña, pero tomó posesión ya en Madrid ese mismo mes. No volvería a Tenerife: a principios de 1932 instó su excedencia forzosa en la enseñanza en razón del cargo político para el que se le había nombrado.

El 3 de mayo de 1933 obtuvo su nombramiento como catedrático de Derecho Penal de la Universidad de Salamanca, en virtud de un concurso de traslado que había sido convocado el 4 de abril anterior (Gaceta del 7) y en el que fue único aspirante. La cátedra había quedado vacante a causa del nombramiento de Antón Oneca, hasta entonces titular de la misma, como magistrado del Tribunal Supremo.

Tampoco tuvo mucha ocasión de frecuentar las aulas salmantinas, pues aunque se reintegró al servicio activo de la enseñanza al día siguiente de su nombramiento (esto es, el 4 de mayo de 1933), el 3 de enero de 1934 solicitó de nuevo al Ministerio su pase a la situación de excedente forzoso a la que le abocaba su condición de diputado electo. El Ministerio ordenó ese mismo día la excedencia, que había de disfrutar reteniendo dos tercios de sus haberes y derechos. Al disolverse las Cortes en enero de 1936, una resolución ministerial del día 14 de ese mes dispuso su reintegración al servicio activo de la enseñanza universitaria. No obstante, González López pidió al rector, Miguel de Unamuno, permiso para ausentarse de su cátedra con objeto de dedicarse a la campaña preparatoria de las inminentes elecciones a Cortes.

El 11 de marzo de 1936, menos de dos meses después de su reincorporación formal a su plaza salmantina, permutó su cátedra con la de Isaías Sánchez y Sánchez Tejerina, convirtiéndose así en titular de la de Derecho Penal en la Universidad de Oviedo. De nuevo autorizado para ello, tomó posesión en Madrid el día 16 de marzo de 1936; en su instancia, de 14 de marzo y resuelta favorablemente el mismo día, argumentaba que no podía desplazarse a Oviedo por estar actuando como vocal en un tribunal de oposiciones a la judicatura.

Esta tercera cátedra tampoco fue efectivamente servida. Elegido otra vez diputado por la circunscripción de La Coruña en las elecciones de 1936, el 6 de abril el Ministerio, previa instancia del interesado, dispuso su pase a la situación de excedencia forzosa que establecía el artículo 2 de la ley de incompatibilidades de 8 de abril de 1933, con derecho a percibir los dos tercios del haber que por entonces disfrutaba.

La Guerra civil y el proceso de depuración de 1937 le despojaron de su cátedra ovetense.

Comenzada la Guerra y siguiendo el traslado de Gobierno y Cortes, pasó de Madrid a Valencia y luego a Barcelona. Pese a lo señalado en algunas biografías, en Valencia no tuvo actividad académica alguna, aunque sí en la capital catalana. El Patronato de la Universidad Autónoma de Barcelona, en sesión de 2 de noviembre de 1937, adoptó el acuerdo de agregar a la institución durante el año académico 1937-38 como encargado de curso a Emilio González López, por entonces todavía en situación de catedrático excedente dada su condición de diputado, ya que la cátedra de Derecho penal estaba de hecho vacante por ausencia de su titular, Eugenio Cuello Calón. El Presidente del Patronato, Pompeu Fabra, lo comunicó formalmente al día siguiente al Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes, que respaldó la decisión el 27 del mismo mes disponiendo que percibiera como gratificación la diferencia existente entre los haberes que por entonces tenía asignados como catedrático excedente (los dos tercios de su sueldo) y los que le corresponderían si se hallara en activo.

Los bombardeos de Barcelona, que imposibilitaron la continuidad de sus clases, y su nombramiento como Cónsul de España en Ginebra interrumpieron definitivamente su carrera académica en España. A causa de ese destino diplomático el Ministerio lo declaró, el 31 de diciembre de 1938 y previa petición del interesado (instancia de 12 de diciembre anterior), en situación de excedencia forzosa sin derecho a percibir los dos tercios de su sueldo.

El 21 de mayo de 1976, por mediación de Manuel Ramírez Jiménez, catedrático de Derecho Político de la Universidad de Zaragoza, dirigió instancia al Director General de Universidades e Investigación solicitando que, puesto que había cumplido setenta años el 13 de noviembre de 1973, se le rehabilitara y se le reconociera el tiempo de servicio que estuvo separado de su cargo como catedrático. Acompañaba a su instancia certificado de antecedentes penales y declaración jurada de “no haber sido expulsado de ningún cuerpo del Estado, provincia o municipio mediante expediente disciplinario o tribunal de honor, ni haber sido inhabilitado a perpetuidad por la jurisdicción militar”. El 29 de mayo fue declarado jubilado con los haberes que por clasificación le correspondían y, de conformidad con lo dispuesto en el Decreto 3357/1975 de 5 de diciembre, se le reconoció a efectos de derechos pasivos el período comprendido entre su separación del servicio (25 de septiembre de 1937) y el momento en que cumplió la edad reglamentaria de jubilación.

No obstante, el 1 de febrero de 1978 elevó instancia al Ministerio argumentando que su separación del servicio se había dictado en aplicación de la ley de 10 de febrero de 1939, la cual disponía en su artículo 11 que todos los acuerdos que se adoptasen en su cumplimiento tenían el carácter de Pronunciado, por lo que podía procederse a la reapertura de los expedientes cuando nuevos elementos de juicio pudieran aconsejar la modificación de la resolución adoptada; lo que solicitaba González López era que se procediese a la revisión de su expediente sin tener en cuenta lo prevenido en el Decreto de 5 de diciembre de 1975. El Ministerio desestimó su solicitud el 19 de mayo de 1978, considerando que no debía reabrirse el expediente de depuración.