Terminada la Guerra Civil, entregó las instalaciones de la Embajada de España a las autoridades belgas para que éstas se la entregaran al nuevo gobierno español y “se traslada con la familia a la Panne, en espera de tomar una decisión, ya que el grueso de los republicanos habían abandonado España, se habían asentado en Francia y a partir de febrero se empezaban a asilar en distintos países principalmente de América Latina. Ante la inminencia de la invasión alemana, no tiene alternativa y decide viajar a América…”

Sobre su salida de Europa y arribo a América da noticias su hija Concepción Ruiz-Funes en el trabajo “Mariano Ruiz-Funes”, donde menciona que su primera solicitud de asilo y trabajo la dirigió al gobierno argentino, pero fue denegada. “Las peticiones enviadas a México, a través de distintos amigos, no obtenían respuesta. Decide entonces ir a La Habana, en donde le habían invitado a dar un curso breve en la Universidad. En enero de 1940, Mariano Ruiz-Funes, con su familia viaja en un barco de carga que sale de Amberes rumbo a La Habana. Lo reciben en esta ciudad Paquito García Lorca y Fernando de los Ríos, lo acoge también el Dr. Pittaluga y otros muchos refugiados que ya habían encontrado asilo en la isla. No le dan muchas esperanzas, sólo podrá dar un ciclo de conferencias y buscar la posibilidad de conseguir algún trabajo que le permita quedarse en Cuba. Pero recibe toda la hostilidad de los españoles antiguos residentes agrupados en el Centro Gallego y de los grupos de derecha cubanos que inician una campaña en la prensa de La Marina en contra del político rojo. A pesar de tener una buena relación con la universidad, sólo puede permanecer en La Habana siete meses, después ya no le renuevan la visa.”

El siguiente destino fue México, país al que ingresó por el puerto de Veracruz en septiembre de 1940 en calidad de “inmigrante asilado político” y se instaló en la Ciudad de México. En esta ciudad los amigos le habían conseguido un contrato temporal en el Colegio de México, sin embargo, al arribar se encontró con que “el momento político ya no era el mismo que cuando llegaron la mayoría de los refugiados. Acababa de subir a la presidencia Manuel Ávila Camacho, cuya política y actitud hacia los refugiados, si bien fue respetuosa en lo que se refiere a las relaciones oficiales con el gobierno de la república en el exilio, no fue de ayuda para los refugiados en el aspecto laboral.”

A su llegada a México se encuentra con la imposibilidad de integrarse al Colegio de México pues su presidente, Alfonso Reyes, “le manifiesta con pesar la imposibilidad de darle trabajo pues han hecho un recorte presupuestal en la institución que impide su contratación. Se acercó entonces a los penalistas mexicanos que lo recibieron muy bien, pero sin poderle ofrecer en ese momento ningún trabajo fijo, sólo algunas asesorías esporádicas. Por otro lado, como abogado no podía ejercer, ya que no tenía revalidado el titulo y, seguramente, porque su formación de jurista le impedía litigar en un sistema judicial cuya honestidad y la independencia de sus componentes estaban en duda.”

Conocedores de su valor intelectual, los licenciados José Ángel Ceniceros, Raúl Carrancá y Trujillo, Carlos Franco Sodi, Luis Garrido, Francisco González de la Vega, Emilio Pardo Aspe, Javier Piña Palacios, Alfonso Teja Zabre y Francisco Argüelles, profesores de las asignaturas penales de la UNAM, dirigieron una petición al presidente de El Colegio de México, en la que le expresaban que desde hacía algunas semanas “se encuentra entre nosotros el Profesor Mariano Ruiz-Funes, Catedrático de Derecho Penal en la Universidad de Murcia y diplomático de la extinta República Española, autor de numerosas obras de Criminología… Dicho profesor fue invitado por el Gobierno mexicano para venir a radicarse entre nosotros, y su estancia aquí representa una oportunidad para que el Gobierno Mexicano pueda llevar a cabo con nuestros esfuerzos y con los del Colegio de México, la creación del Instituto de Estudios penales, cuya creación y funcionamiento podría quedar a cargo de la Secretaría de Gobernación, pero como para conseguir el presupuesto del referido Instituto se requeriría algún tiempo, nos permitimos sugerir a ese honorable Colegio que mientras se aprueba la creación del Instituto mencionado, se aprovechen por el Colegio de México las actividades del señor Ruiz-Funes, encargándole en la Facultad de Derecho una cátedra regular de Criminología.” La petición aseguraba que así se lograría que esa disciplina, “que hoy no figura incluida en el cuadro de enseñanzas de la Facultad, obtuviera un reconocimiento de oficialidad.” Esta iniciativa de los catedráticos de la UNAM tuvo buena acogida por el presidente de El Colegio de México y el 27 de diciembre de 1940 les contesta que estaría en espera de que la Facultad de Derecho de la UNAM solicite la colaboración del profesor Ruiz-Funes.

En diciembre de 1940 inicia su colaboración con el licenciado Octavio Vejar Vázquez, Procurador General de Justicia del Distrito Federal. Este mismo mes y año fue nombrado profesor Honorario de la Escuela de Policía Judicial dependiente de la Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal (México).

El 13 de diciembre de 1940 el presidente de El Colegio de México, Alfonso Reyes, dirigió una carta a Mariano Ruiz-Funes en la que le transmitía que por encargo de la Junta de Gobierno de El Colegio, “mucho agradeceré a usted que se moleste en enviarme un pequeño memorándum sobre la creación del Instituto Penal previsto por nuestro Código de Procedimientos Penales y de acuerdo con éste, aprovechando naturalmente lo esencial de su anteproyecto español.” A esta petición accedió Ruiz-Funes y remitió un proyecto del Instituto de Estudios Penales.

El 2 de enero de 1941 le informó el presidente de El Colegio de México que la Junta de Gobierno del citado Colegio resolvió considerarlo miembro de dicha institución. Como parte de la planta de profesores de El Colegio, durante 1941 impartió cursos en el Colegio de Estudios Superiores de Guanajuato, “La pena de muerte y el indulto”; en la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, “La peligrosidad y sus fórmulas legales”; en la Universidad de San Luis Potosí, “La especialización del juez y la enseñanza de las ciencias penales”. Impartió las siguientes conferencias: “Meditación actual sobre la pena”, trabajo leído en la recepción como socio de la Academia Mexicana de Ciencias Penales; “El testimonio: su valor probatorio”, conferencia dictada en la Escuela de Policía de la Ciudad de México; “Entre dos guerras”, conferencia sustentada en el Centro Español.

En 1941 inició su colaboración en la Secretaría de Educación Pública. El subsecretario de Educación Pública, José Ángel Ceniceros, penalista también y excelente amigo fue quien hizo posible esta colaboración, por la que le ofreció un sueldo de 300 pesos mensuales para que, sin ningún compromiso, se dedicara a continuar su labor científica. A Mariano Ruiz-Funes aceptar la oferta en estos términos le pareció deshonesto, el sueldo había que devengarlo, por lo tanto realiza “una serie de trabajos para la Secretaria de Educación como asesorías, elaboración de algunos discursos, ediciones de clásicos de la literatura, rehace reglamentos…”

El 24 de septiembre de 1941, “a demanda del Magistrado del Tribunal Superior de Justicia de Veracruz, Lic. Celestino Porte Petit,” redactó un dictamen sobre el Anteproyecto de la Parte General de un Código Penal para dicho estado.

Por otra parte, ya instalado en México, empiezan a “llegarle invitaciones de diferentes universidades de Latinoamérica y Estados Unidos para impartir cursos y conferencias. Este trabajo, -de agente viajero del Derecho Penal- le permite mantener a la familia.” Colaboraba, además, con ensayos y artículos sobre su especialidad para la Revista Criminalia de México, Bohemia de Cuba, La Ley de Buenos Aires, La Justicia [sic] Penale de Turín, Cuadernos Americanos y otras muchas. Realizó, por otro lado, una serie de trabajos de asesoría en su especialidad que le pedían sus colegas mexicanos. Trabajos en los que, si bien nunca apareció su nombre, le satisfacían mucho más que el viajar para dar conferencias o cursos ya que le proporcionaban material para continuar sus investigaciones. Así colaboró con Alfonso Quirós Cuarón, eminente penalista mexicano, en la elaboración de la reforma penitenciaria que, por esos años, intentaban hacer en México.”

En Brasil, en 1947, le otorgaron el premio “Afranio Peixoto” por su trabajo Criminología de guerra.

Participó en la organización de la Unión de Profesores Universitarios Españoles en el Exilio, de la que fue su presidente. También colaboró en la Unión de Intelectuales Españoles en el Exilio y el Ateneo Ramón y Cajal. En el Ateneo Español de México dictó algunas conferencias. Tuvo gran influencia en la elaboración del derecho penal en Latinoamérica (Cuba, Brasil, República Dominicana, Argentina, Guatemala, El Salvador y México).

El primero de febrero de 1950 se incorporó como asesor técnico de la rectoría de la Universidad Nacional Autónoma de México. Renunció a este cargo el 16 de marzo de 1952 por haber sido promovido a otro puesto.

El primero de marzo de 1950 fue designado profesor de la cátedra de Criminología del Doctorado en Derecho que se impartía en la Escuela Nacional de Jurisprudencia de la UNAM; a partir del 16 de julio de 1952 fue nombrado profesor interino para impartir un curso de Estudios Superiores de Derecho Penal en este mismo doctorado.

Fue designado, a partir del 16 de marzo de 1952, investigador científico del Instituto de Investigaciones Sociales de la UNAM, ocupando la plaza que antes disfrutaba el licenciado Jorge Minvielle Porte Petit. El propósito que se perseguía con este nuevo nombramiento era formar en el mencionado Instituto una pequeña sección dedicada exclusivamente a estudios de Sociología Criminal enfocados a la realidad de México. Este mismo año fue nombrado profesor interino de Derecho Penal del segundo curso de la Facultad de Derecho.

En síntesis tenemos que durante los años de exilio fue profesor del doctorado en Derecho de la Universidad Nacional Autónoma de México, en el que impartió la cátedra de Estudios Superiores de Criminología y Derecho Penal, en ese mismo país impartió conferencias en las Universidades de Morelia, Monterrey, San Luis Potosí, Veracruz y Guanajuato. Fue miembro de la Sociedad Argentina de Criminología; de la Sociedad Argentina de Sexología, Biotipología y Eugenesia; del Instituto Nacional de Criminología de Cuba; de la Academia Mexicana de Ciencias Penales; fue profesor honorario de la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales en la Universidad de San Carlos de Guatemala y en la Universidad Autónoma de El Salvador; catedrático honorario de la Facultad de Derecho en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de Lima; miembro honorario de la Sociedad Peruana de Ciencias Penales: de la Academia Latino-Americana de Neurología, Psiquiatría y Medicina Legal de Sáo Paulo; del Colegio de Abogados del Estado de Zulia de Venezuela; decano de honor del Colegio de Abogados de Santa Clara (Cuba); socio honorario de la Asociación de Abogados de Puebla (México); y doctor en Derecho ex-oficio en la Universidad Nacional Autónoma de México.