Además de las estrictamente académicas relacionadas con la Universidad y las mencionadas como funcionario civil, desarrolló asimismo otros dos tipos de actividades de singular importancia, relacionadas las primeras con cuestiones legislativas, constitucionales e institucionales y, las segundas, son de carácter científico, vinculadas con, aunque no incardinadas en, el marco universitario.
Al primer grupo pertenece su gestión e intervención en la redacción de la Constitución de 1978 que fue más allá de las labores correspondientes a su calidad de Secretario General del Congreso de los Diputados, cargo al que accedió en 1977. De hecho, su labor de asesoramiento viene reconocida expresamente por el tarjetón firmado por los siete padres de la Constitución el 1 de diciembre de 1977 en el que le deseaban un pronto restablecimiento ante una dolencia transitoria y su incorporación rápida. Y también por la carta dirigida el 23 de octubre de 1978 por el entonces presidente del partido socialdemócrata, Lasuen Sancho, en la que le comunica que “a la vista del espíritu de los debates previos al Reglamento y del Derecho comparado” le enviará los tres dictámenes encargados por su grupo a “expertos constitucionalistas de España, Italia y Francia sobre ¿Quién puede constituir el grupo mixto?”.
Figuran asimismo en este grupo las relaciones epistolares sostenidas con los más conspicuos representantes de la política española sobre temas diversos (p. ej., las cartas a Sánchez Carvajal de 20 de noviembre de 1994 y 7 de marzo y 21 de octubre de 1995 sobre la enseñanza del latín, acerca del progresismo y progreso y sobre las universidades) o en las que respondía a consultas de relevancia constitucional trascendental. Como la contestación a la carta del president Pasqual Maragall acerca de la reforma de los estatutos de autonomía, en cuya respuesta del 12 de enero de 2005, Rubio definía a España como “nación de naciones” desde un planteamiento político territorial para la primera y étnico-cultural para las autonomías históricas, señalando los riesgos de confundir estos términos.
Finalmente, se incardinan asimismo en esta sección, entre otros, por una parte, el “Informe sobre la modificación de la Constitución española” elaborado desde marzo de 2005 por una comisión de estudio presidida por él y creada ad hoc en el Consejo de Estado cuando era presidente de esta institución y, por otro lado, las reformas operadas en ese órgano bajo su presidencia. Conocido el primero también por su nombre, fue redactado a petición del Gobierno Rodríguez Zapatero, al que se entregó finalizado por el Consejo de Estado el 1 de marzo de 2006, y versaba, fundamentalmente, sobre la reforma territorial del Estado y modificación de las competencias estatales y autonómicas. Por su parte, las reformas del Consejo de Estado afectaron tanto a su estructura -incorporaba como miembros a los expresidentes- como a sus competencias, al incrementar nuevas de carácter consultivo.
En lo referente a sus actividades científicas no universitarias sensu stricto resalta sobre todo la creación del Centro de Estudios Constitucionales. Fue una oferta del entonces Ministro de la Presidencia Pérez-Llorca que aceptó, pero contra ofertando su propia visión al respecto que consistía en poner a este organismo ante todo al servicio de las Cortes. No obstante, entendía también que “este eventual servicio a las Cortes no significa qué. el centro no deba servir también al Gobierno y sobre todo al Departamento del que orgánicamente depende, pero entiendo que este servicio se debe prestar mediante la realización de aquellos estudios o la preparación de aquellos proyectos que sirvan a los planes de acción del Gobierno, no mediante la emisión de informes o dictámenes que ocasionalmente se soliciten. Dicho de otra manera, el Centro debe someter sus planes anuales de actuación (estudios e investigaciones a realizar, cursos a impartir, proyectos a elaborar o revisar etc.) a la aprobación de la presidencia y debe estar en condiciones de ofrecer a esta tanto el resultado de estos trabajos como toda ]a documentación que, sobre cualquier tema, le sea solicitada, pero el Centro no puede "asesorar", como se dice en la Orden, mediante la emisión de dictámenes”. Y añadía, “De momento creo que quizás la primera tarea que debe encomendarse al Centro es la preparación de un plan legislativo de desarrollo constitucional que el Gobierno aprobaría y que debería permitir una actuación ordenada durante toda la actual legislatura a partir del pr6ximo periodo de sesiones. Para el periodo en curso no debería intentarse otra cosa que las Leyes del Tribunal Constitucional, la del Consejo del Poder Judicial y la de regulación de las distintas formas de referéndum, indispensable para la puesta en marcha de los Estatutos de Autonomía”.
Le exponía estos pensamientos al Ministro en carta fechada el 14 de abril de 1978, exactamente el mismo día en que escribía otra a Landelino Lavilla, presidente del Congreso de los Diputados, en la que le comunicaba su propósito de aceptar la oferta arguyendo que era “muy tentadora para mí no sólo por la naturaleza cuasi académica de esa institución, sino por el papel que ahora, en el inmediato futuro, puede jugar como órgano de estudio indispensable para llevar a cabo el desarrollo constitucional. Yo he aceptado en principio esa oferta, qué me obligaría a pedir la excedencia en las Cortes, pero condicionando la aceptación a la posibilidad de mi sustitución en la Secretaría General”.
Desempeñó la presidencia desde 1978 hasta su nombramiento como magistrado del Tribunal Constitucional en marzo de 1980. Durante ese tiempo fundó la editorial del CEC y la Revista española de derecho constitucional de la que fue director y son muy destacables los cursos que proyectó e impartió. En particular es muy significativo el dedicado al Parlamentarismo contemporáneo (1982), en el que procuró llevar a cabo un análisis del mismo prescindiendo ”en toda la medida de lo posible, de las consideraciones históricas, tarea no del todo fácil”.
Entre los méritos académicos están sus doctorados honoris causa por las Universidades de Oviedo (1991) y Valladolid (2013). El 8 de enero de 1991 le comunicaba el secretario de la Academia Europea que ha sido nombrado Auctoritate concilii collegam optime de suis scientiarum studiis merentem hac uerborum formula in societatem adsciscimus Academiae Europaeae de la Universidad de Cambridge. En la década 1994-2004 fue director del Departamento de Estudios Europeos del Instituto Universitario Ortega y Gasset. Fue nombrado profesor emérito de la UCM el 1 de octubre del 2000 y Profesor honorífico de esta Universidad para los cursos 2014-15 (1 de octubre de 2014) y 2015-16 (1 octubre 2015). Fue miembro del Consejo Científico del Annuaire International de Justice Constitutionnelle, del Instituto Euroregions de la Universidad de Friburgo y correspondiente de la Academia Argentina de Derecho Constitucional. El 16 de junio de 2011 recibió el Premio Pelayo para juristas en su decimoséptima edición.
Desempeñó cargos públicos de gran relevancia y en momentos clave de la reciente historia española. Además de los ya citados de Secretario General del Congreso de los Diputados (1977-79), Presidente del Consejo de Estado entre 2004 y 2012 (RD 572/2004, de 19 de abril 557/2012, «BOE» núm. 96, de 20 de abril de 2004 y RD de 23 de marzo de 2012,
«BOE» núm. 72, de 24 de marzo de 2012), presidente, con rango de Director General, del CEC entre 1979 y 1980 (RD 820/1979, de 20 de abril, «BOE» núm. 96, de 21 de abril de 1979 y 334/1980, de 22 de febrero, «BOE» núm. 47, de 23 de febrero de 1980) y uno de los primeros magistrados constitucionales de 1980 a 1992 (RD 810/1992, de 2 de julio, «BOE» núm. 161, de 6 de julio de 1992) fue vicepresidente de este Tribunal de 1989 a 1992 (RD 815/1992, de 2 de julio, «BOE» núm. 161, de 6 de julio de 1992) en sustitución de la magistrada Gloria Begué, y vocal permanente de la Comisión General de Codificación por nombramiento del Ministro de Justicia Íñigo Cavero Lataillade comunicado el 18 de octubre de 1979.
Entre los honores y condecoraciones reconocidos están la gran cruz de la orden de San Raimundo de Peñafort (RD 495/2013, de 21 de junio,.
«BOE» núm. 150, de 24 de junio de 2013); la gran cruz de la orden del mérito civil (RD 1568/2000, de 8 de septiembre,
«BOE» núm. 217, de 9 de septiembre de 2000); la orden del mérito constitucional (RD 1868/1997, de 5 de diciembre,
«BOE» núm. 292, de 6 de diciembre de 1997), la Medalla de Extremadura y la gran cruz del mérito militar con distintivo blanco (2007)
Con motivo de su jubilación sus discípulos Manuel Aragón, Juan José Solozábal Echevarría y Javier Jiménez Campo y colegas le dedicaron el libro La democracia constitucional: estudios en homenaje al profesor Francisco Rubio Llorente. Madrid, Congreso de los Diputados, 2002 y en 2018, Reflexiones sobre la forma del poder: estudios sobre la obra de Francisco Rubio Llorente coord.. por M. Paloma Biglino Campos y Francisco Javier Bastida Freijedo. Madrid, Centro de Estudios Políticos y Constitucionales y Fundación Coloquio Jurídico Europeo.